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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABHD3_chr18_21645901_21709774	21650998	AAGTT AAGTT	A A	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG04115.hp1 HG04115.hp2 HG00140.hp2 HG04115.hp1 HG04115.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0006 a0001c0001t0006	a0001c0001t0006g0151 a0001c0001t0006g0154 a0001c0001t0006g0198 a0001c0001t0006g0151 a0001c0001t0006g0154 a0001c0001t0006g0198	3	304	0.0099	-4	c.58 others(13): Show c.589_*592delAACT	ABHD3	ENSG00000158201.10	transcript	ENST00000289119.7	protein_coding	9/9	589		chr18	TogoVar
ABHD3_chr18_21645901_21709774	21700827	CAAAA CAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG01975.hp1 HG02257.hp2 others(20): Show HG01243.hp2 HG01975.hp1 HG02257.hp2 HG02723.hp1 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp1 HG03139.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03453.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp1 NA19043.hp2 NA20300.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0007 a0001c0001 a0002c0007	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0002c0007t0005	a0001c0001t0002g0234 a0001c0001t0002g0235 a0001c0001t0002g0236 others(20): Show a0001c0001t0002g0234 a0001c0001t0002g0235 a0001c0001t0002g0236 a0001c0001t0002g0237 a0001c0001t0002g0238 a0001c0001t0002g0239 a0001c0001t0002g0240 a0001c0001t0002g0241 a0001c0001t0002g0242 a0001c0001t0002g0243 a0001c0001t0002g0244 a0001c0001t0002g0245 a0001c0001t0002g0246 a0001c0001t0002g0247 a0001c0001t0002g0248 a0001c0001t0002g0249 a0001c0001t0003g0273 a0001c0001t0005g0278 a0001c0001t0005g0279 a0001c0001t0005g0280 a0001c0001t0005g0282 a0001c0001t0005g0283 a0002c0007t0005g0281	23	304	0.0757	-4	c.509 others(21): Show c.509+1485_509+1488delTTTT	ABHD3	ENSG00000158201.10	transcript	ENST00000289119.7	protein_coding	3/8			chr18	TogoVar
ABHD3_chr18_21645901_21709774	21702158	AAAAG AAAAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01952.hp2 HG02451.hp1 HG02559.hp1 others(6): Show HG01952.hp2 HG02451.hp1 HG02559.hp1 HG02922.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03486.hp2 NA19030.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0010 others(2): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0017	a0001c0001t0005g0276 a0001c0001t0005g0277 a0001c0001t0007g0285 others(6): Show a0001c0001t0005g0276 a0001c0001t0005g0277 a0001c0001t0007g0285 a0001c0001t0007g0286 a0001c0001t0007g0287 a0001c0001t0010g0274 a0001c0001t0010g0275 a0001c0001t0011g0289 a0001c0001t0017g0284	9	304	0.0296	-4	c.509 others(19): Show c.509+154_509+157delCTTT	ABHD3	ENSG00000158201.10	transcript	ENST00000289119.7	protein_coding	3/8			chr18	TogoVar
ABHD4_chr14_22593300_22617963	22600829	GGGGT GGGGT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 others(70): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00544.hp1 HG00597.hp1 HG00609.hp1 HG00733.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG01074.hp1 HG01099.hp1 HG01109.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01261.hp1 HG01361.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01943.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02165.hp2 HG02273.hp1 HG02486.hp2 HG02602.hp1 HG02615.hp2 HG02738.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG02970.hp2 HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG03490.hp2 HG03492.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03710.hp2 HG04199.hp1 NA18522.hp1 NA18612.hp2 NA18945.hp2 NA18948.hp1 NA18952.hp1 NA18953.hp1 NA18955.hp2 NA18957.hp2 NA18967.hp1 NA18971.hp1 NA18971.hp2 NA18981.hp2 NA18986.hp1 NA18993.hp2 NA18995.hp2 NA19011.hp2 NA19012.hp1 NA19054.hp2 NA19062.hp2 NA19064.hp1 NA19064.hp2 NA19066.hp1 NA19068.hp1 NA19070.hp1 NA19076.hp1 NA19077.hp2 NA19085.hp2 NA19086.hp1 NA20805.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0017 a0001c0002t0004 a0001c0002t0006	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0026 others(24): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0096 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0017 a0001c0001t0002g0025 a0001c0001t0002g0080 a0001c0001t0002g0083 a0001c0001t0002g0084 a0001c0001t0002g0111 a0001c0001t0002g0139 a0001c0001t0003g0039 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0003g0055 a0001c0001t0003g0110 a0001c0001t0003g0135 a0001c0001t0004g0108 a0001c0001t0017g0018 a0001c0002t0004g0015 a0001c0002t0006g0109	73	424	0.1722	-4	c.24- others(17): Show c.24-836_24-833delGGTG	ABHD4	ENSG00000100439.11	transcript	ENST00000428304.7	protein_coding	1/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr14	TogoVar
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