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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ARID5B_chr10_61896699_62101944	62028956	CAAAA CAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00408.hp1 HG00621.hp2 others(29): Show HG00099.hp1 HG00408.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp2 HG01099.hp1 HG01169.hp2 HG01243.hp2 HG01433.hp1 HG01884.hp1 HG02523.hp2 HG02886.hp1 HG03239.hp1 HG03654.hp2 HG03704.hp2 NA18949.hp1 NA18949.hp2 NA18952.hp2 NA18953.hp2 NA18956.hp2 NA18959.hp2 NA18963.hp2 NA18964.hp2 NA18972.hp1 NA18974.hp1 NA18990.hp1 NA19000.hp1 NA19030.hp2 NA19057.hp2 NA19066.hp2 NA19074.hp2 NA19087.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0009 a0001c0001 a0002c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0001t0023 a0002c0009t0004	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0024 others(29): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0002g0022 a0001c0001t0002g0090 a0001c0001t0002g0095 a0001c0001t0002g0118 a0001c0001t0002g0165 a0001c0001t0002g0181 a0001c0001t0003g0021 a0001c0001t0004g0013 a0001c0001t0004g0027 a0001c0001t0004g0032 a0001c0001t0004g0127 a0001c0001t0004g0132 a0001c0001t0004g0138 a0001c0001t0004g0139 a0001c0001t0004g0155 a0001c0001t0004g0175 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0005g0134 a0001c0001t0006g0030 a0001c0001t0007g0131 a0001c0001t0007g0226 a0001c0001t0009g0144 a0001c0001t0010g0093 a0001c0001t0019g0136 a0001c0001t0021g0035 a0001c0001t0023g0117 a0002c0009t0004g0063	32	242	0.1322	-4	c.734 others(23): Show c.734-21917_734-21914delAAAA	ARID5B	ENSG00000150347.17	transcript	ENST00000279873.12	protein_coding	4/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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