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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ARL13B_chr3_93975155_94060678	94029332	ATATT ATATT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01358.hp1 HG01928.hp1 HG01943.hp2 others(1): Show HG01358.hp1 HG01928.hp1 HG01943.hp2 HG03239.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0003c0003 a0001c0001 a0003c0003	a0001c0001t0001 a0003c0003t0001 a0001c0001t0001 a0003c0003t0001	a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0257 others(1): Show a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0257 a0003c0003t0001g0186	4	264	0.0152	-4	c.381 others(21): Show c.381-5993_381-5990delATTT	ARL13B	ENSG00000169379.17	transcript	ENST00000394222.8	protein_coding	3/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ARL13B_chr3_93975155_94060678	94047999	GACAC GACAC	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01071.hp1 HG01884.hp1 HG02896.hp1 others(3): Show HG01071.hp1 HG01884.hp1 HG02896.hp1 HG03225.hp2 NA19079.hp1 NA20805.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0002c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0002c0002t0001	a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0255 others(3): Show a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0001g0264 a0001c0001t0003g0071 a0002c0002t0001g0039	6	264	0.0227	-4	c.102 others(23): Show c.1025-1372_1025-1369delACAC	ARL13B	ENSG00000169379.17	transcript	ENST00000394222.8	protein_coding	7/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ARL14EPL_chr5_116027472_116064489	116038782	GACTA GACTA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02280.hp2 HG02572.hp1 others(9): Show HG01243.hp1 HG02280.hp2 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp2 HG03130.hp2 HG03453.hp2 HG03540.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0055 others(6): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0002g0074 a0001c0001t0003g0075 a0001c0001t0004g0053 a0001c0001t0009g0131 a0001c0001t0010g0130 a0001c0001t0011g0129	12	462	0.0260	-4	c.-10 others(21): Show c.-10+6282_-10+6285delACTA	ARL14EPL	ENSG00000268223.7	transcript	ENST00000686077.1	protein_coding	1/3		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr5	TogoVar
ARL14EPL_chr5_116027472_116064489	116045745	AGTGT AGTGT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp1 HG01891.hp2 HG02080.hp2 others(10): Show HG00621.hp1 HG01891.hp2 HG02080.hp2 HG02129.hp2 HG02280.hp2 HG02486.hp1 HG02818.hp1 HG02922.hp2 HG03098.hp1 HG03579.hp2 NA18906.hp2 NA18973.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0009 a0001c0002t0002	a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0257 others(9): Show a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0257 a0001c0001t0002g0081 a0001c0001t0003g0084 a0001c0001t0003g0085 a0001c0001t0003g0188 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0009g0131 a0001c0002t0002g0045 a0001c0002t0002g0338 a0001c0002t0002g0373	13	462	0.0281	-4	c.-9- others(19): Show c.-9-5679_-9-5676delGTGT	ARL14EPL	ENSG00000268223.7	transcript	ENST00000686077.1	protein_coding	1/3		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr5	TogoVar
ARL14EPL_chr5_116027472_116064489	116045778	GTGTA GTGTA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 others(102): Show HG00323.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01256.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01993.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02056.hp1 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp1 HG02135.hp1 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02257.hp2 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG03017.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp2 HG03669.hp1 HG03831.hp1 HG03831.hp2 HG03834.hp2 HG03942.hp2 HG04184.hp1 NA18612.hp1 NA18939.hp2 NA18942.hp1 NA18942.hp2 NA18944.hp1 NA18949.hp2 NA18951.hp1 NA18952.hp1 NA18953.hp1 NA18954.hp1 NA18954.hp2 NA18959.hp2 NA18961.hp1 NA18962.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18968.hp1 NA18969.hp2 NA18972.hp2 NA18973.hp2 NA18977.hp1 NA18979.hp1 NA18983.hp2 NA18984.hp1 NA18984.hp2 NA18985.hp1 NA18986.hp2 NA18988.hp2 NA18989.hp1 NA18989.hp2 NA18992.hp1 NA18995.hp2 NA18999.hp1 NA18999.hp2 NA19001.hp1 NA19004.hp1 NA19004.hp2 NA19007.hp2 NA19009.hp1 NA19010.hp1 NA19055.hp1 NA19055.hp2 NA19056.hp1 NA19056.hp2 NA19060.hp1 NA19063.hp1 NA19064.hp1 NA19064.hp2 NA19065.hp2 NA19075.hp1 NA19075.hp2 NA19076.hp1 NA19080.hp1 NA19080.hp2 NA19082.hp2 NA19086.hp2 NA19089.hp2 NA19090.hp2 NA19240.hp1 NA20805.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0002c0004 a0004c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0002t0002 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0002t0002 a0001c0003t0002 a0002c0004t0001 a0004c0006t0002	a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0026 others(86): Show a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0165 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0222 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0270 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0292 a0001c0001t0001g0293 a0001c0001t0001g0296 a0001c0001t0001g0300 a0001c0001t0001g0309 a0001c0001t0001g0312 a0001c0001t0001g0313 a0001c0001t0001g0319 a0001c0001t0001g0325 a0001c0001t0001g0330 a0001c0001t0001g0331 a0001c0001t0001g0350 a0001c0001t0001g0355 a0001c0001t0001g0356 a0001c0001t0001g0363 a0001c0001t0001g0374 a0001c0001t0001g0378 a0001c0001t0001g0379 a0001c0001t0001g0382 a0001c0001t0001g0383 a0001c0001t0001g0384 a0001c0001t0007g0019 a0001c0002t0002g0025 a0001c0002t0002g0033 a0001c0002t0002g0037 a0001c0002t0002g0057 a0001c0002t0002g0099 a0001c0002t0002g0102 a0001c0002t0002g0152 a0001c0002t0002g0153 a0001c0002t0002g0158 a0001c0002t0002g0173 a0001c0002t0002g0174 a0001c0002t0002g0177 a0001c0002t0002g0262 a0001c0002t0002g0281 a0001c0002t0002g0349 a0001c0002t0002g0359 a0001c0003t0002g0002 a0001c0003t0002g0041 a0001c0003t0002g0095 a0001c0003t0002g0154 a0001c0003t0002g0186 a0001c0003t0002g0210 a0001c0003t0002g0244 a0001c0003t0002g0274 a0001c0003t0002g0341 a0002c0004t0001g0006 a0004c0006t0002g0239	105	462	0.2273	-4	c.-9- others(19): Show c.-9-5675_-9-5672delATGT	ARL14EPL	ENSG00000268223.7	transcript	ENST00000686077.1	protein_coding	1/3		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr5	TogoVar
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