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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABR_chr17_998519_1184981	1152282	CAAAA CAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02523.hp1 others(7): Show HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02523.hp1 HG03834.hp2 HG04199.hp2 NA18747.hp2 NA18954.hp2 NA18980.hp1 NA19063.hp1 NA19074.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0013 a0001c0001t0026 a0001c0001t0030 a0001c0001t0033 a0001c0001t0078	a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0004g0257 a0001c0001t0004g0293 others(7): Show a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0004g0257 a0001c0001t0004g0293 a0001c0001t0007g0288 a0001c0001t0009g0046 a0001c0001t0013g0043 a0001c0001t0026g0027 a0001c0001t0030g0107 a0001c0001t0033g0327 a0001c0001t0078g0289	10	337	0.0297	-4	c.62- others(21): Show c.62-26919_62-26916delTTTT	ABR	ENSG00000159842.16	transcript	ENST00000302538.10	protein_coding	1/22			chr17	TogoVar
ABR_chr17_998519_1184981	1159284	GAGGT GAGGT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00408.hp1 others(173): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00544.hp1 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02293.hp1 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