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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ATG4C_chr1_62779132_62870516	62803574	CTGTT CTGTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp2 others(12): Show HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03225.hp2 HG03486.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG06807.hp1 NA18522.hp1 NA18906.hp2 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0287 a0001c0001t0002g0288 others(11): Show a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0287 a0001c0001t0002g0288 a0001c0001t0002g0289 a0001c0001t0002g0290 a0001c0001t0002g0291 a0001c0001t0002g0292 a0001c0001t0002g0293 a0001c0001t0002g0294 a0001c0001t0002g0295 a0001c0001t0002g0296 a0001c0001t0002g0297 a0001c0001t0002g0298 a0001c0001t0002g0299	15	322	0.0466	-4	c.-68 others(19): Show c.-68-143_-68-140delGTTT	ATG4C	ENSG00000125703.15	transcript	ENST00000317868.9	protein_coding	1/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
ATG4C_chr1_62779132_62870516	62825234	TAAAA TAAAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(123): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00438.hp2 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01943.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02523.hp1 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02818.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG03041.hp1 HG03139.hp2 HG03492.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03710.hp1 HG03831.hp1 HG03831.hp2 HG03834.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04228.hp2 NA18522.hp2 NA18747.hp1 NA18939.hp1 NA18940.hp2 NA18945.hp2 NA18948.hp1 NA18952.hp2 NA18953.hp2 NA18954.hp2 NA18959.hp2 NA18961.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp2 NA18968.hp2 NA18969.hp2 NA18971.hp2 NA18972.hp1 NA18975.hp1 NA18978.hp1 NA18979.hp2 NA18980.hp2 NA18981.hp1 NA18982.hp2 NA18995.hp1 NA18995.hp2 NA18999.hp1 NA19000.hp2 NA19001.hp1 NA19002.hp1 NA19005.hp1 NA19009.hp2 NA19011.hp2 NA19012.hp1 NA19054.hp2 NA19058.hp1 NA19060.hp1 NA19062.hp1 NA19063.hp1 NA19064.hp1 NA19074.hp2 NA19076.hp1 NA19077.hp1 NA19078.hp1 NA19079.hp1 NA19080.hp2 NA19082.hp2 NA19088.hp2 NA19089.hp2 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(5): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0002t0002 a0001c0004t0002	a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0010 others(115): Show a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0002g0117 a0001c0001t0002g0118 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0002g0120 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0002g0122 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0125 a0001c0001t0002g0128 a0001c0001t0002g0129 a0001c0001t0002g0130 a0001c0001t0002g0131 a0001c0001t0002g0132 a0001c0001t0002g0133 a0001c0001t0002g0136 a0001c0001t0002g0147 a0001c0001t0002g0148 a0001c0001t0002g0149 a0001c0001t0002g0150 a0001c0001t0002g0152 a0001c0001t0002g0153 a0001c0001t0002g0154 a0001c0001t0002g0155 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0002g0159 a0001c0001t0002g0160 a0001c0001t0002g0161 a0001c0001t0002g0163 a0001c0001t0002g0164 a0001c0001t0002g0166 a0001c0001t0002g0167 a0001c0001t0002g0168 a0001c0001t0002g0169 a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0002g0176 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0002g0181 a0001c0001t0002g0205 a0001c0001t0002g0206 a0001c0001t0002g0207 a0001c0001t0002g0211 a0001c0001t0002g0212 a0001c0001t0002g0213 a0001c0001t0002g0217 a0001c0001t0002g0218 a0001c0001t0002g0221 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0002g0223 a0001c0001t0002g0224 a0001c0001t0002g0225 a0001c0001t0002g0226 a0001c0001t0002g0227 a0001c0001t0002g0228 a0001c0001t0002g0229 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0002g0232 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0126 a0001c0001t0003g0127 a0001c0001t0003g0151 a0001c0001t0003g0156 a0001c0001t0003g0157 a0001c0001t0003g0178 a0001c0001t0003g0182 a0001c0001t0003g0183 a0001c0001t0003g0184 a0001c0001t0003g0185 a0001c0001t0003g0186 a0001c0001t0003g0187 a0001c0001t0003g0188 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0003g0190 a0001c0001t0003g0191 a0001c0001t0003g0192 a0001c0001t0003g0193 a0001c0001t0003g0194 a0001c0001t0003g0196 a0001c0001t0003g0197 a0001c0001t0003g0198 a0001c0001t0003g0199 a0001c0001t0003g0200 a0001c0001t0003g0201 a0001c0001t0003g0202 a0001c0001t0003g0203 a0001c0001t0003g0208 a0001c0001t0003g0209 a0001c0001t0003g0210 a0001c0001t0003g0214 a0001c0001t0003g0215 a0001c0001t0003g0219 a0001c0001t0003g0220 a0001c0001t0003g0233 a0001c0001t0003g0234 a0001c0001t0004g0006 a0001c0001t0004g0134 a0001c0001t0004g0135 a0001c0001t0007g0145 a0001c0001t0008g0216 a0001c0001t0009g0170 a0001c0002t0002g0007 a0001c0002t0002g0009 a0001c0002t0002g0146 a0001c0002t0002g0162 a0001c0002t0002g0165 a0001c0002t0002g0174 a0001c0002t0002g0175 a0001c0002t0002g0204 a0001c0002t0002g0243 a0001c0004t0002g0177	126	322	0.3913	-4	c.797 others(21): Show c.797-3789_797-3786delAAAA	ATG4C	ENSG00000125703.15	transcript	ENST00000317868.9	protein_coding	6/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
ATG4C_chr1_62779132_62870516	62850854	GTATA GTATA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG00544.hp1 HG01243.hp2 others(15): Show HG00323.hp2 HG00544.hp1 HG01243.hp2 HG02080.hp1 HG02523.hp2 HG02615.hp2 HG02809.hp1 HG03453.hp2 HG03704.hp1 HG03704.hp2 HG03710.hp2 HG04115.hp2 HG04228.hp1 NA18939.hp2 NA18952.hp1 NA19009.hp1 NA19012.hp2 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0047 others(15): Show a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0304	18	322	0.0559	-4	c.120 others(23): Show c.1209+9352_1209+9355delTATA	ATG4C	ENSG00000125703.15	transcript	ENST00000317868.9	protein_coding	10/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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