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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ATP8A2_chr13_25366974_26030851	25859327	TAACA TAACA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG01243.hp1 HG02280.hp1 others(2): Show HG00642.hp2 HG01243.hp1 HG02280.hp1 HG02559.hp2 HG03540.hp2	a0001 a0001	a0001c0004 a0001c0009 a0001c0016 others(1): Show a0001c0004 a0001c0009 a0001c0016 a0001c0020	a0001c0004t0003 a0001c0004t0068 a0001c0009t0037 others(2): Show a0001c0004t0003 a0001c0004t0068 a0001c0009t0037 a0001c0016t0045 a0001c0020t0019	a0001c0004t0003g0007 a0001c0004t0068g0071 a0001c0009t0037g0008 others(2): Show a0001c0004t0003g0007 a0001c0004t0068g0071 a0001c0009t0037g0008 a0001c0016t0045g0105 a0001c0020t0019g0067	5	122	0.0410	-4	c.295 others(21): Show c.2957-864_2957-861delAAAC	ATP8A2	ENSG00000132932.19	transcript	ENST00000381655.7	protein_coding	30/36		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
ATP8A2_chr13_25366974_26030851	25859563	GAAAA GAAAA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02257.hp2 HG02280.hp2 HG02896.hp1 others(2): Show HG02257.hp2 HG02280.hp2 HG02896.hp1 HG03130.hp1 NA18906.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0005	a0001c0001t0005 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 others(2): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0035 a0001c0005t0012	a0001c0001t0005g0102 a0001c0001t0025g0009 a0001c0001t0026g0090 others(2): Show a0001c0001t0005g0102 a0001c0001t0025g0009 a0001c0001t0026g0090 a0001c0001t0035g0043 a0001c0005t0012g0020	5	122	0.0410	-4	c.295 others(21): Show c.2957-622_2957-619delAAAA	ATP8A2	ENSG00000132932.19	transcript	ENST00000381655.7	protein_coding	30/36		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
ATP8A2_chr13_25366974_26030851	25864272	TGACA TGACA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01261.hp1 others(1): Show HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01261.hp1 HG06807.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0018 a0001c0001t0042 a0001c0002t0001 others(1): Show a0001c0001t0018 a0001c0001t0042 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004	a0001c0001t0018g0041 a0001c0001t0042g0059 a0001c0002t0001g0039 others(1): Show a0001c0001t0018g0041 a0001c0001t0042g0059 a0001c0002t0001g0039 a0001c0002t0004g0056	4	122	0.0328	-4	c.318 others(23): Show c.3183+1869_3183+1872delGACA	ATP8A2	ENSG00000132932.19	transcript	ENST00000381655.7	protein_coding	33/36		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
ATP8A2_chr13_25366974_26030851	25869068	CAAAA CAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG01496.hp1 HG02015.hp2 others(15): Show HG00642.hp2 HG01496.hp1 HG02015.hp2 HG02257.hp2 HG02273.hp1 HG02559.hp1 HG02630.hp2 HG02809.hp1 HG02886.hp2 HG03225.hp1 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03540.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp1 NA18952.hp1 NA19004.hp2 NA19091.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0011	a0001c0001t0016 a0001c0001t0026 a0001c0001t0035 others(14): Show a0001c0001t0016 a0001c0001t0026 a0001c0001t0035 a0001c0001t0064 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0039 a0001c0002t0070 a0001c0003t0007 a0001c0003t0008 a0001c0003t0065 a0001c0003t0073 a0001c0004t0003 a0001c0005t0044 a0001c0006t0006 a0001c0006t0043 a0001c0011t0017	a0001c0001t0016g0104 a0001c0001t0026g0090 a0001c0001t0035g0043 others(15): Show a0001c0001t0016g0104 a0001c0001t0026g0090 a0001c0001t0035g0043 a0001c0001t0064g0072 a0001c0002t0001g0032 a0001c0002t0001g0035 a0001c0002t0002g0037 a0001c0002t0039g0099 a0001c0002t0070g0068 a0001c0003t0007g0109 a0001c0003t0008g0010 a0001c0003t0065g0033 a0001c0003t0073g0001 a0001c0004t0003g0007 a0001c0005t0044g0018 a0001c0006t0006g0098 a0001c0006t0043g0095 a0001c0011t0017g0121	18	122	0.1475	-4	c.318 others(23): Show c.3183+6682_3183+6685delAAAA	ATP8A2	ENSG00000132932.19	transcript	ENST00000381655.7	protein_coding	33/36		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
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