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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AUTS2_chr7_69593475_70798506	70338833	CTTAT CTTAT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02257.hp2 NA19030.hp2 others(2): Show HG01243.hp2 HG02257.hp2 NA19030.hp2 NA19240.hp2 NA20752.hp2	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0007 others(1): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0007 a0004c0009	a0001c0001t0006 a0001c0004t0012 a0001c0004t0013 others(2): Show a0001c0001t0006 a0001c0004t0012 a0001c0004t0013 a0001c0007t0006 a0004c0009t0001	a0001c0001t0006g0010 a0001c0004t0012g0024 a0001c0004t0013g0025 others(2): Show a0001c0001t0006g0010 a0001c0004t0012g0024 a0001c0004t0013g0025 a0001c0007t0006g0027 a0004c0009t0001g0043	5	76	0.0658	-4	c.661 others(23): Show c.661-96876_661-96873delATTT	AUTS2	ENSG00000158321.19	transcript	ENST00000342771.10	protein_coding	4/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
AUTS2_chr7_69593475_70798506	70364566	AAAAT AAAAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01952.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp2 others(16): Show HG01952.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03579.hp1 HG03704.hp1 NA18952.hp2 NA19030.hp2 NA19240.hp2 NA20752.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0004 a0002c0002 others(1): Show a0001c0001 a0001c0004 a0002c0002 a0002c0010	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(13): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0020 a0001c0001t0022 a0001c0001t0032 a0001c0001t0034 a0001c0001t0035 a0001c0004t0012 a0001c0004t0013 a0002c0002t0024 a0002c0002t0036 a0002c0010t0033	a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0074 others(16): Show a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0003g0031 a0001c0001t0005g0005 a0001c0001t0005g0020 a0001c0001t0006g0010 a0001c0001t0015g0001 a0001c0001t0016g0002 a0001c0001t0020g0029 a0001c0001t0022g0032 a0001c0001t0032g0016 a0001c0001t0034g0018 a0001c0001t0035g0019 a0001c0004t0012g0024 a0001c0004t0013g0025 a0002c0002t0024g0059 a0002c0002t0036g0017 a0002c0010t0033g0014	19	76	0.2500	-4	c.661 others(23): Show c.661-71138_661-71135delTAAA	AUTS2	ENSG00000158321.19	transcript	ENST00000342771.10	protein_coding	4/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
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AUTS2_chr7_69593475_70798506	70377325	AATAT AATAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02055.hp1 HG03225.hp1 HG03516.hp1 others(2): Show HG02055.hp1 HG03225.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp2 HG04199.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0025 others(2): Show a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0025 a0001c0001t0028 a0002c0002t0036	a0001c0001t0009g0006 a0001c0001t0011g0041 a0001c0001t0025g0050 others(2): Show a0001c0001t0009g0006 a0001c0001t0011g0041 a0001c0001t0025g0050 a0001c0001t0028g0021 a0002c0002t0036g0017	5	76	0.0658	-4	c.661 others(23): Show c.661-58381_661-58378delTATA	AUTS2	ENSG00000158321.19	transcript	ENST00000342771.10	protein_coding	4/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
AUTS2_chr7_69593475_70798506	70399752	AAAAT AAAAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00741.hp1 HG02630.hp2 others(1): Show HG00099.hp2 HG00741.hp1 HG02630.hp2 HG03239.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 others(1): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0003t0008	a0001c0001t0003g0035 a0001c0001t0007g0040 a0001c0001t0009g0023 others(1): Show a0001c0001t0003g0035 a0001c0001t0007g0040 a0001c0001t0009g0023 a0001c0003t0008g0069	4	76	0.0526	-4	c.661 others(23): Show c.661-35996_661-35993delTAAA	AUTS2	ENSG00000158321.19	transcript	ENST00000342771.10	protein_coding	4/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
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