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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AZIN1_chr8_102821308_102869163	102848323	CAAAA CAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00558.hp1 HG00741.hp1 others(55): Show HG00408.hp1 HG00558.hp1 HG00741.hp1 HG01109.hp2 HG01243.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG02004.hp2 HG02027.hp1 HG02055.hp2 HG02132.hp2 HG02258.hp2 HG02293.hp2 HG02647.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp1 HG03041.hp1 HG03225.hp1 HG03453.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03579.hp2 HG03669.hp1 NA18612.hp2 NA18940.hp2 NA18941.hp1 NA18945.hp2 NA18948.hp1 NA18949.hp2 NA18951.hp1 NA18959.hp1 NA18963.hp2 NA18965.hp2 NA18969.hp2 NA18971.hp1 NA18977.hp2 NA18979.hp1 NA18991.hp2 NA18998.hp1 NA19001.hp2 NA19002.hp2 NA19003.hp2 NA19004.hp1 NA19005.hp1 NA19009.hp1 NA19011.hp2 NA19058.hp1 NA19062.hp1 NA19063.hp2 NA19066.hp1 NA19077.hp2 NA19079.hp1 NA19082.hp2 NA19084.hp2 NA19086.hp2 NA19088.hp2 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 a0001c0001t0019 others(3): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 a0001c0001t0019 a0001c0003t0002 a0001c0003t0020 a0001c0003t0021	a0001c0001t0002g0188 a0001c0001t0007g0029 a0001c0001t0007g0030 others(34): Show a0001c0001t0002g0188 a0001c0001t0007g0029 a0001c0001t0007g0030 a0001c0001t0007g0149 a0001c0001t0007g0150 a0001c0001t0007g0183 a0001c0001t0007g0184 a0001c0001t0007g0185 a0001c0001t0007g0186 a0001c0001t0007g0189 a0001c0001t0007g0190 a0001c0001t0007g0191 a0001c0001t0007g0193 a0001c0001t0019g0187 a0001c0003t0002g0004 a0001c0003t0002g0005 a0001c0003t0002g0013 a0001c0003t0002g0014 a0001c0003t0002g0015 a0001c0003t0002g0032 a0001c0003t0002g0033 a0001c0003t0002g0198 a0001c0003t0002g0200 a0001c0003t0002g0201 a0001c0003t0002g0202 a0001c0003t0002g0203 a0001c0003t0002g0204 a0001c0003t0002g0205 a0001c0003t0002g0207 a0001c0003t0002g0209 a0001c0003t0002g0210 a0001c0003t0002g0211 a0001c0003t0002g0214 a0001c0003t0002g0215 a0001c0003t0002g0217 a0001c0003t0020g0206 a0001c0003t0021g0208	58	380	0.1526	-4	c.-95 others(21): Show c.-95-4580_-95-4577delTTTT	AZIN1	ENSG00000155096.15	transcript	ENST00000337198.10	protein_coding	2/11			chr8	TogoVar
AZIN1_chr8_102821308_102869163	102867217	CAAAA CAAAA	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG01261.hp2 HG02080.hp1 others(5): Show HG00323.hp1 HG01261.hp2 HG02080.hp1 HG02735.hp2 HG03831.hp1 NA18942.hp1 NA18978.hp1 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0005 others(1): Show a0001c0001t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0005 a0001c0004t0003	a0001c0001t0003g0002 a0001c0001t0003g0180 a0001c0002t0004g0007 others(5): Show a0001c0001t0003g0002 a0001c0001t0003g0180 a0001c0002t0004g0007 a0001c0002t0004g0018 a0001c0002t0004g0247 a0001c0002t0005g0255 a0001c0002t0005g0267 a0001c0004t0003g0144	8	380	0.0211	-4	c.-36 others(15): Show c.-3648_-3645delTTTT	AZIN1	ENSG00000155096.15	transcript	ENST00000337198.10	protein_coding		3055		chr8	TogoVar
AZU1_chr19_822837_837018	823120	AAAAC AAAAC	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG00673.hp1 HG01069.hp1 others(51): Show HG00323.hp2 HG00673.hp1 HG01069.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01884.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01975.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02148.hp1 HG02257.hp2 HG02273.hp2 HG02293.hp1 HG02300.hp1 HG02738.hp1 HG02897.hp2 HG03017.hp1 HG03239.hp1 HG03471.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp2 HG03654.hp1 HG03688.hp2 HG04115.hp1 HG04115.hp2 HG04199.hp1 HG04204.hp1 HG04228.hp2 NA18522.hp1 NA18747.hp2 NA18906.hp1 NA18980.hp1 NA19010.hp2 NA19030.hp1 NA19066.hp2 NA19067.hp1 NA19240.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0006 a0001 a0002 a0006	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0005 a0006c0017	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0003t0001 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0005t0001 a0006c0017t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0076 others(12): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0076 a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0006 a0001c0002t0001g0009 a0001c0002t0001g0017 a0001c0003t0001g0002 a0001c0003t0001g0019 a0001c0003t0001g0053 a0001c0004t0001g0052 a0001c0004t0001g0066 a0002c0005t0001g0058 a0006c0017t0001g0002	54	391	0.1381	-4	c.-47 others(15): Show c.-4726_-4723delAAAC	AZU1	ENSG00000172232.10	transcript	ENST00000233997.4	protein_coding		4716		chr19	TogoVar
AZU1_chr19_822837_837018	829936	ATGTG ATGTG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00423.hp2 others(77): Show HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG01074.hp1 HG01106.hp2 HG01243.hp1 HG01258.hp1 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01952.hp1 HG02055.hp1 HG02056.hp2 HG02080.hp2 HG02083.hp2 HG02129.hp2 HG02155.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02523.hp1 HG02735.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp2 HG03139.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03831.hp1 NA18747.hp1 NA18940.hp1 NA18942.hp1 NA18944.hp2 NA18945.hp1 NA18945.hp2 NA18946.hp1 NA18947.hp2 NA18948.hp2 NA18952.hp2 NA18955.hp1 NA18955.hp2 NA18961.hp1 NA18961.hp2 NA18962.hp2 NA18964.hp2 NA18966.hp2 NA18970.hp2 NA18980.hp2 NA18982.hp1 NA18984.hp1 NA18985.hp2 NA18990.hp1 NA18995.hp1 NA18995.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp2 NA19005.hp2 NA19010.hp1 NA19055.hp1 NA19056.hp1 NA19057.hp1 NA19058.hp2 NA19065.hp1 NA19070.hp1 NA19079.hp1 NA19079.hp2 NA19086.hp1 NA19240.hp1 NA20129.hp1 NA20300.hp2 NA20905.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0003 a0008 a0001 a0003 a0008	a0001c0002 a0001c0003 a0001c0008 others(2): Show a0001c0002 a0001c0003 a0001c0008 a0003c0006 a0008c0016	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0003t0001 others(3): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0003t0001 a0001c0008t0001 a0003c0006t0001 a0008c0016t0005	a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0004 a0001c0002t0001g0016 others(12): Show a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0004 a0001c0002t0001g0016 a0001c0002t0001g0032 a0001c0002t0001g0040 a0001c0002t0001g0041 a0001c0002t0001g0043 a0001c0002t0001g0048 a0001c0002t0002g0016 a0001c0003t0001g0019 a0001c0003t0001g0023 a0001c0003t0001g0086 a0001c0008t0001g0003 a0003c0006t0001g0023 a0008c0016t0005g0044	80	391	0.2046	-4	c.360 others(19): Show c.360+266_360+269delGTGT	AZU1	ENSG00000172232.10	transcript	ENST00000233997.4	protein_coding	3/4		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
AZU1_chr19_822837_837018	833316	AGAAG AGAAG	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	NA18944.hp1 NA18947.hp1 NA18952.hp1 NA18944.hp1 NA18947.hp1 NA18952.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0004g0001 a0001c0002t0001g0056 a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0004g0001 a0001c0002t0001g0056	3	391	0.0077	-4	c.14 others(15): Show c.1440_*1443delGAAG	AZU1	ENSG00000172232.10	transcript	ENST00000233997.4	protein_coding		1299		chr19	TogoVar
AZU1_chr19_822837_837018	835477	CGCGT CGCGT	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG02523.hp1 HG03516.hp1 others(2): Show HG01891.hp1 HG02523.hp1 HG03516.hp1 NA18983.hp1 NA19000.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0002t0001g0012 a0001c0002t0001g0016 others(1): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0002t0001g0012 a0001c0002t0001g0016 a0001c0002t0001g0040	5	391	0.0128	-4	c.36 others(15): Show c.3601_*3604delGCGT	AZU1	ENSG00000172232.10	transcript	ENST00000233997.4	protein_coding		3460		chr19	TogoVar
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