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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAM23_chr2_206438532_206626127	206439644	TAGAG TAGAG	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00609.hp1 HG01433.hp1 others(23): Show HG00099.hp1 HG00609.hp1 HG01433.hp1 HG02071.hp2 HG02258.hp1 HG02451.hp2 HG03225.hp1 HG03516.hp2 HG04184.hp2 HG04204.hp1 HG06807.hp1 NA18940.hp1 NA18940.hp2 NA18945.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp2 NA18965.hp1 NA18965.hp2 NA18966.hp2 NA19003.hp1 NA19057.hp1 NA19063.hp1 NA19078.hp1 NA19081.hp1 NA19081.hp2 NA19085.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0012 a0001c0001t0031 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0002c0003t0001	a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0128 others(23): Show a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0001g0283 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0001g0286 a0001c0001t0001g0293 a0001c0001t0001g0308 a0001c0001t0001g0309 a0001c0001t0001g0319 a0001c0001t0001g0331 a0001c0001t0001g0335 a0001c0001t0002g0022 a0001c0001t0005g0213 a0001c0001t0005g0214 a0001c0001t0005g0222 a0001c0001t0005g0229 a0001c0001t0012g0306 a0001c0001t0031g0243 a0001c0002t0001g0258 a0001c0002t0002g0141 a0002c0003t0001g0062	26	358	0.0726	-4	c.-42 others(15): Show c.-4222_-4219delAGAG	ADAM23	ENSG00000114948.13	transcript	ENST00000264377.8	protein_coding		3887		chr2	TogoVar
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