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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGMO_chr7_15195317_15567015	15375386	ATTTT ATTTT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00735.hp1 others(10): Show HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00735.hp1 HG01081.hp1 HG01975.hp1 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02109.hp1 HG02293.hp2 HG02486.hp1 HG03195.hp1 NA18945.hp2 NA19012.hp2	a0001 a0006 a0001 a0006	a0001c0001 a0001c0011 a0006c0012 a0001c0001 a0001c0011 a0006c0012	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0009 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0009 a0001c0011t0001 a0006c0012t0001	a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0063 others(10): Show a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0006g0231 a0001c0001t0006g0234 a0001c0001t0009g0119 a0001c0011t0001g0210 a0006c0012t0001g0222	13	236	0.0551	-4	c.107 others(23): Show c.1075-9168_1075-9165delAAAA	AGMO	ENSG00000187546.14	transcript	ENST00000342526.8	protein_coding	10/12			chr7	TogoVar
AGMO_chr7_15195317_15567015	15377451	GTGTC GTGTC	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp2 HG01074.hp1 others(17): Show HG00140.hp1 HG00280.hp2 HG01074.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01255.hp2 HG01433.hp1 HG01515.hp1 HG01517.hp2 HG02055.hp1 HG02165.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02683.hp1 HG02717.hp1 HG02735.hp2 HG02895.hp2 HG03225.hp2 HG03688.hp1 HG03710.hp1	a0001 a0002 a0005 a0001 a0002 a0005	a0001c0001 a0002c0002 a0002c0004 others(1): Show a0001c0001 a0002c0002 a0002c0004 a0005c0010	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0004t0003 a0005c0010t0001 a0005c0010t0003	a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0036 others(17): Show a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0003g0150 a0001c0001t0005g0039 a0001c0001t0005g0115 a0001c0001t0005g0116 a0001c0001t0005g0145 a0002c0002t0001g0060 a0002c0002t0001g0061 a0002c0002t0002g0172 a0002c0004t0003g0012 a0005c0010t0001g0194 a0005c0010t0003g0193	20	236	0.0848	-4	c.107 others(23): Show c.1074+7991_1074+7994delGACA	AGMO	ENSG00000187546.14	transcript	ENST00000342526.8	protein_coding	10/12			chr7	TogoVar
AGMO_chr7_15195317_15567015	15392799	AAAAC AAAAC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp2 HG00558.hp2 others(70): Show HG00140.hp1 HG00280.hp2 HG00558.hp2 HG00741.hp1 HG01074.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01261.hp2 HG01433.hp1 HG01515.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02293.hp1 HG02300.hp2 HG02559.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02683.hp1 HG02723.hp1 HG02735.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03688.hp1 HG03710.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp1 NA19030.hp1 NA19043.hp2 NA19066.hp2 NA19088.hp1 NA19240.hp1 NA20300.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0003 others(4): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0014 a0015	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 others(9): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0002c0002 a0002c0004 a0002c0019 a0003c0006 a0003c0009 a0004c0008 a0005c0010 a0014c0014 a0015c0020	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(24): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0003t0001 a0001c0005t0004 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0004 a0002c0002t0007 a0002c0004t0001 a0002c0004t0003 a0002c0004t0004 a0002c0004t0007 a0002c0019t0001 a0003c0006t0001 a0003c0006t0002 a0003c0006t0004 a0003c0009t0001 a0003c0009t0007 a0004c0008t0001 a0004c0008t0011 a0005c0010t0001 a0005c0010t0003 a0014c0014t0001 a0015c0020t0002	a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0036 others(70): Show a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0002g0079 a0001c0001t0002g0117 a0001c0001t0003g0043 a0001c0001t0003g0150 a0001c0001t0003g0204 a0001c0001t0003g0220 a0001c0001t0005g0039 a0001c0001t0005g0049 a0001c0001t0005g0115 a0001c0001t0005g0116 a0001c0001t0005g0145 a0001c0001t0006g0233 a0001c0003t0001g0068 a0001c0005t0004g0002 a0002c0002t0001g0021 a0002c0002t0001g0022 a0002c0002t0001g0212 a0002c0002t0001g0213 a0002c0002t0001g0214 a0002c0002t0002g0112 a0002c0002t0002g0172 a0002c0002t0004g0024 a0002c0002t0004g0208 a0002c0002t0004g0209 a0002c0002t0007g0217 a0002c0004t0001g0010 a0002c0004t0003g0012 a0002c0004t0004g0009 a0002c0004t0004g0011 a0002c0004t0007g0003 a0002c0004t0007g0008 a0002c0019t0001g0066 a0003c0006t0001g0181 a0003c0006t0001g0187 a0003c0006t0001g0207 a0003c0006t0002g0033 a0003c0006t0004g0076 a0003c0009t0001g0004 a0003c0009t0007g0005 a0004c0008t0001g0225 a0004c0008t0001g0228 a0004c0008t0011g0226 a0005c0010t0001g0194 a0005c0010t0003g0193 a0014c0014t0001g0180 a0015c0020t0002g0202	73	236	0.3093	-4	c.676 others(21): Show c.676+1310_676+1313delGTTT	AGMO	ENSG00000187546.14	transcript	ENST00000342526.8	protein_coding	6/12			chr7	TogoVar
AGMO_chr7_15195317_15567015	15393356	CTTCT CTTCT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp2 HG00544.hp2 HG00423.hp2 HG00544.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0002g0108 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0002g0108	2	236	0.0085	-4	c.676 others(19): Show c.676+753_676+756delAGAA	AGMO	ENSG00000187546.14	transcript	ENST00000342526.8	protein_coding	6/12			chr7	TogoVar
AGMO_chr7_15195317_15567015	15401639	CACTT CACTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02698.hp2 HG04228.hp2 HG02698.hp2 HG04228.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0002g0053	2	236	0.0085	-4	c.610 others(21): Show c.610-7464_610-7461delAAGT	AGMO	ENSG00000187546.14	transcript	ENST00000342526.8	protein_coding	5/12			chr7	TogoVar
AGMO_chr7_15195317_15567015	15403487	GTATT GTATT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02280.hp2 HG02559.hp1 HG02622.hp2 others(8): Show HG02280.hp2 HG02559.hp1 HG02622.hp2 HG02896.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03139.hp2 NA19030.hp1 NA19240.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0003 a0004 others(1): Show a0001 a0003 a0004 a0015	a0001c0005 a0003c0006 a0003c0009 others(2): Show a0001c0005 a0003c0006 a0003c0009 a0004c0008 a0015c0020	a0001c0005t0003 a0003c0006t0001 a0003c0006t0002 others(6): Show a0001c0005t0003 a0003c0006t0001 a0003c0006t0002 a0003c0006t0004 a0003c0009t0001 a0003c0009t0007 a0004c0008t0001 a0004c0008t0011 a0015c0020t0002	a0001c0005t0003g0001 a0003c0006t0001g0181 a0003c0006t0001g0187 others(8): Show a0001c0005t0003g0001 a0003c0006t0001g0181 a0003c0006t0001g0187 a0003c0006t0002g0033 a0003c0006t0004g0076 a0003c0009t0001g0004 a0003c0009t0007g0005 a0004c0008t0001g0225 a0004c0008t0001g0228 a0004c0008t0011g0226 a0015c0020t0002g0202	11	236	0.0466	-4	c.610 others(21): Show c.610-9312_610-9309delAATA	AGMO	ENSG00000187546.14	transcript	ENST00000342526.8	protein_coding	5/12			chr7	TogoVar
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