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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
AGO4_chr1_35803016_35862890	35858442	ATATT ATATT	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 others(83): Show HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01168.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01943.hp2 HG02004.hp1 HG02040.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp2 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp2 HG02886.hp1 HG02922.hp1 HG03017.hp1 HG03195.hp2 HG03490.hp2 HG03491.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03704.hp1 HG03927.hp1 HG04199.hp1 NA18939.hp2 NA18941.hp1 NA18946.hp1 NA18954.hp1 NA18955.hp2 NA18960.hp1 NA18964.hp1 NA18969.hp2 NA18970.hp2 NA18972.hp1 NA18973.hp2 NA18977.hp1 NA18978.hp2 NA18980.hp2 NA18981.hp2 NA18982.hp2 NA18989.hp2 NA18991.hp1 NA18994.hp1 NA18994.hp2 NA19000.hp1 NA19007.hp2 NA19009.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp2 NA19057.hp1 NA19060.hp1 NA19062.hp1 NA19062.hp2 NA19063.hp2 NA19066.hp1 NA19068.hp2 NA19070.hp1 NA19074.hp1 NA19075.hp1 NA19085.hp1 NA19086.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0005	a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 others(18): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0023 a0001c0001t0035 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0002t0005 a0001c0002t0008 a0001c0002t0014 a0001c0002t0017 a0001c0002t0021 a0001c0002t0024 a0001c0002t0027 a0001c0002t0029 a0001c0002t0031 a0001c0002t0032 a0001c0003t0001 a0001c0003t0004 a0001c0003t0013 a0001c0005t0004	a0001c0001t0002g0160 a0001c0001t0008g0172 a0001c0001t0009g0055 others(81): Show a0001c0001t0002g0160 a0001c0001t0008g0172 a0001c0001t0009g0055 a0001c0001t0009g0056 a0001c0001t0009g0057 a0001c0001t0023g0063 a0001c0001t0035g0176 a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0008 a0001c0002t0001g0009 a0001c0002t0001g0164 a0001c0002t0001g0166 a0001c0002t0001g0173 a0001c0002t0001g0174 a0001c0002t0001g0178 a0001c0002t0001g0180 a0001c0002t0001g0181 a0001c0002t0001g0182 a0001c0002t0001g0183 a0001c0002t0001g0185 a0001c0002t0001g0188 a0001c0002t0001g0189 a0001c0002t0001g0190 a0001c0002t0001g0191 a0001c0002t0001g0192 a0001c0002t0001g0193 a0001c0002t0001g0194 a0001c0002t0001g0195 a0001c0002t0001g0198 a0001c0002t0001g0200 a0001c0002t0001g0201 a0001c0002t0001g0202 a0001c0002t0001g0204 a0001c0002t0001g0205 a0001c0002t0001g0206 a0001c0002t0001g0208 a0001c0002t0001g0209 a0001c0002t0001g0210 a0001c0002t0001g0211 a0001c0002t0001g0212 a0001c0002t0001g0213 a0001c0002t0001g0214 a0001c0002t0001g0215 a0001c0002t0001g0218 a0001c0002t0001g0220 a0001c0002t0001g0221 a0001c0002t0001g0222 a0001c0002t0001g0223 a0001c0002t0001g0224 a0001c0002t0001g0225 a0001c0002t0001g0226 a0001c0002t0001g0228 a0001c0002t0001g0229 a0001c0002t0001g0232 a0001c0002t0001g0233 a0001c0002t0001g0236 a0001c0002t0001g0238 a0001c0002t0001g0239 a0001c0002t0001g0241 a0001c0002t0004g0165 a0001c0002t0004g0167 a0001c0002t0004g0186 a0001c0002t0005g0162 a0001c0002t0005g0197 a0001c0002t0005g0219 a0001c0002t0005g0237 a0001c0002t0005g0240 a0001c0002t0008g0227 a0001c0002t0014g0203 a0001c0002t0014g0207 a0001c0002t0017g0217 a0001c0002t0021g0168 a0001c0002t0024g0231 a0001c0002t0027g0008 a0001c0002t0029g0171 a0001c0002t0031g0216 a0001c0002t0032g0196 a0001c0003t0001g0153 a0001c0003t0004g0155 a0001c0003t0004g0157 a0001c0003t0004g0159 a0001c0003t0013g0156 a0001c0003t0013g0158 a0001c0005t0004g0069	86	270	0.3185	-4	c.48 others(15): Show c.4838_*4841delTATT	AGO4	ENSG00000134698.11	transcript	ENST00000373210.4	protein_coding		553		chr1	TogoVar
AGPAT2_chr9_136668143_136692457	136671027	TGGGG TGGGG	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp2 others(37): Show HG00323.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG01069.hp2 HG01106.hp1 HG01243.hp1 HG01255.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01943.hp1 HG01978.hp1 HG02004.hp2 HG02055.hp2 HG02258.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03098.hp1 HG03453.hp1 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03831.hp1 HG03834.hp2 HG04199.hp1 HG04228.hp1 NA18522.hp1 NA18980.hp2 NA19030.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0002c0007 a0001c0001 a0002c0002 a0002c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 a0001c0001t0013 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0002c0002t0006 a0002c0007t0006	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0047 others(29): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0028 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0002g0102 a0001c0001t0002g0137 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0233 a0001c0001t0002g0234 a0001c0001t0003g0016 a0001c0001t0003g0238 a0001c0001t0003g0246 a0001c0001t0005g0013 a0001c0001t0005g0082 a0001c0001t0005g0215 a0001c0001t0010g0029 a0001c0001t0010g0084 a0001c0001t0010g0136 a0001c0001t0010g0179 a0001c0001t0013g0138 a0001c0001t0013g0194 a0001c0001t0018g0213 a0001c0001t0019g0093 a0002c0002t0006g0017 a0002c0002t0006g0052 a0002c0002t0006g0054 a0002c0002t0006g0060 a0002c0007t0006g0062	40	374	0.1070	-4	c.27 others(15): Show c.2721_*2724delCCCC	AGPAT2	ENSG00000169692.14	transcript	ENST00000371696.7	protein_coding		2115		chr9	TogoVar
AGPAT2_chr9_136668143_136692457	136671283	GGGGA GGGGA	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp2 others(12): Show HG00323.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01978.hp1 HG02004.hp2 HG03453.hp1 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03831.hp1 HG03834.hp2 NA18980.hp2 NA19030.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0047 others(7): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0028 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0002g0102 a0001c0001t0002g0137 a0001c0001t0002g0219	15	374	0.0401	-4	c.24 others(15): Show c.2465_*2468delTCCC	AGPAT2	ENSG00000169692.14	transcript	ENST00000371696.7	protein_coding		1859		chr9	TogoVar
AGPAT2_chr9_136668143_136692457	136686714	CGGAG CGGAG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG02280.hp1 others(7): Show HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp2 HG02886.hp1 HG02970.hp1 HG03195.hp1 HG03540.hp2 NA18906.hp1 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0002g0236 a0001c0001t0003g0011 others(3): Show a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0002g0236 a0001c0001t0003g0011 a0001c0001t0003g0048 a0001c0001t0003g0237 a0001c0001t0003g0238	10	374	0.0267	-4	c.182 others(19): Show c.182+458_182+461delCTCC	AGPAT2	ENSG00000169692.14	transcript	ENST00000371696.7	protein_coding	1/5			chr9	TogoVar
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