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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AMOT_chrX_112769877_112845831	112783690	CATGT CATGT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG03195.hp2 HG01109.hp1 HG03195.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0013 a0001c0001t0013	a0001c0001t0013g0016 a0001c0001t0013g0017 a0001c0001t0013g0016 a0001c0001t0013g0017	2	270	0.0074	-4	c.211 others(23): Show c.2118-1032_2118-1029delACAT	AMOT	ENSG00000126016.17	transcript	ENST00000371959.9	protein_coding	10/13			chrX	TogoVar
AMOT_chrX_112769877_112845831	112786803	TGAAA TGAAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02165.hp1 HG02165.hp1	a0001 a0001	a0001c0008 a0001c0008	a0001c0008t0001 a0001c0008t0001	a0001c0008t0001g0106 a0001c0008t0001g0106	1	270	0.0037	-4	c.211 others(23): Show c.2117+3785_2117+3788delTTTC	AMOT	ENSG00000126016.17	transcript	ENST00000371959.9	protein_coding	10/13			chrX	TogoVar
AMOT_chrX_112769877_112845831	112795248	CTGTG CTGTG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02258.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0023 a0001c0001t0023	a0001c0001t0023g0176 a0001c0001t0023g0176	1	270	0.0037	-4	c.177 others(23): Show c.1777-3271_1777-3268delCACA	AMOT	ENSG00000126016.17	transcript	ENST00000371959.9	protein_coding	8/13			chrX	TogoVar
AMOT_chrX_112769877_112845831	112797393	TACAC TACAC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02257.hp1 HG02257.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	a0001c0001t0004g0147 a0001c0001t0004g0147	1	270	0.0037	-4	c.177 others(23): Show c.1777-5416_1777-5413delGTGT	AMOT	ENSG00000126016.17	transcript	ENST00000371959.9	protein_coding	8/13			chrX	TogoVar
AMOT_chrX_112769877_112845831	112797898	GAGAA GAGAA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03579.hp1 HG03579.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0005	a0001c0001t0005g0251 a0001c0001t0005g0251	1	270	0.0037	-4	c.177 others(23): Show c.1777-5921_1777-5918delTTCT	AMOT	ENSG00000126016.17	transcript	ENST00000371959.9	protein_coding	8/13			chrX	TogoVar
AMOT_chrX_112769877_112845831	112805370	TACAC TACAC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00408.hp2 others(88): Show HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00621.hp1 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01515.hp1 HG01943.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG02015.hp1 HG02027.hp1 HG02080.hp1 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02293.hp2 HG02738.hp1 HG02922.hp1 HG03927.hp2 HG06807.hp2 NA18747.hp1 NA18940.hp1 NA18941.hp1 NA18943.hp1 NA18946.hp1 NA18948.hp1 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18961.hp1 NA18962.hp1 NA18963.hp2 NA18964.hp1 NA18967.hp1 NA18971.hp1 NA18974.hp1 NA18977.hp1 NA18978.hp2 NA18982.hp1 NA18984.hp1 NA18985.hp1 NA18986.hp1 NA18988.hp1 NA18995.hp1 NA18999.hp1 NA19000.hp1 NA19004.hp1 NA19005.hp1 NA19006.hp1 NA19007.hp1 NA19009.hp1 NA19011.hp1 NA19012.hp1 NA19055.hp1 NA19058.hp1 NA19062.hp1 NA19063.hp1 NA19064.hp1 NA19064.hp2 NA19066.hp1 NA19067.hp1 NA19068.hp1 NA19070.hp1 NA19074.hp1 NA19075.hp1 NA19076.hp1 NA19077.hp1 NA19079.hp1 NA19083.hp1 NA19088.hp1 NA19089.hp1 NA20752.hp1 NA20905.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0003 a0004 others(1): Show a0001 a0003 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008 a0003c0006 a0004c0009 a0005c0010	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(17): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0012 a0001c0001t0016 a0001c0001t0019 a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0001c0001t0024 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0033 a0001c0001t0035 a0001c0002t0002 a0001c0002t0018 a0001c0008t0001 a0003c0006t0001 a0004c0009t0001 a0005c0010t0003	a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0038 others(85): Show a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0180 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0188 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0243 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0003g0056 a0001c0001t0003g0060 a0001c0001t0003g0081 a0001c0001t0003g0083 a0001c0001t0003g0088 a0001c0001t0003g0095 a0001c0001t0003g0096 a0001c0001t0003g0099 a0001c0001t0003g0117 a0001c0001t0003g0134 a0001c0001t0003g0138 a0001c0001t0003g0184 a0001c0001t0003g0201 a0001c0001t0003g0202 a0001c0001t0003g0203 a0001c0001t0003g0238 a0001c0001t0003g0246 a0001c0001t0003g0256 a0001c0001t0004g0153 a0001c0001t0012g0037 a0001c0001t0012g0089 a0001c0001t0016g0258 a0001c0001t0019g0131 a0001c0001t0020g0200 a0001c0001t0021g0100 a0001c0001t0024g0231 a0001c0001t0027g0189 a0001c0001t0028g0181 a0001c0001t0029g0237 a0001c0001t0033g0261 a0001c0001t0035g0263 a0001c0002t0002g0211 a0001c0002t0018g0031 a0001c0008t0001g0106 a0003c0006t0001g0005 a0003c0006t0001g0192 a0004c0009t0001g0255 a0005c0010t0003g0127	91	270	0.3370	-4	c.163 others(21): Show c.1631-282_1631-279delGTGT	AMOT	ENSG00000126016.17	transcript	ENST00000371959.9	protein_coding	7/13			chrX	TogoVar
AMOT_chrX_112769877_112845831	112810855	GAGTC GAGTC	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02257.hp2 HG02809.hp1 HG02965.hp1 others(2): Show HG02257.hp2 HG02809.hp1 HG02965.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0010	a0001c0001t0004g0155 a0001c0001t0005g0148 a0001c0001t0010g0012 others(2): Show a0001c0001t0004g0155 a0001c0001t0005g0148 a0001c0001t0010g0012 a0001c0001t0010g0024 a0001c0001t0010g0113	5	270	0.0185	-4	c.153 others(21): Show c.1537+390_1537+393delGACT	AMOT	ENSG00000126016.17	transcript	ENST00000371959.9	protein_coding	6/13			chrX	TogoVar
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