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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ANGPT1_chr8_107244482_107502918	107370340	AAAAG AAAAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 others(13): Show HG01891.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02486.hp1 HG02559.hp2 HG02647.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp2 HG03098.hp2 HG03225.hp2 HG03710.hp2 HG04199.hp2 NA18906.hp2 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0013 a0001c0001t0023 a0001c0001t0026	a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0002g0177 a0001c0001t0003g0291 others(13): Show a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0002g0177 a0001c0001t0003g0291 a0001c0001t0004g0066 a0001c0001t0004g0093 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0004g0199 a0001c0001t0004g0262 a0001c0001t0004g0286 a0001c0001t0006g0071 a0001c0001t0006g0270 a0001c0001t0007g0247 a0001c0001t0011g0069 a0001c0001t0013g0179 a0001c0001t0023g0176 a0001c0001t0026g0094	16	292	0.0548	-4	c.298 others(23): Show c.298-23247_298-23244delCTTT	ANGPT1	ENSG00000154188.10	transcript	ENST00000517746.6	protein_coding	1/8			chr8	TogoVar
ANGPT1_chr8_107244482_107502918	107371573	CTTTT CTTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp2 others(37): Show HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG01069.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01192.hp2 HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01934.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp2 HG02074.hp2 HG02129.hp1 HG02135.hp2 HG02165.hp2 HG02293.hp1 HG02630.hp1 HG03239.hp2 HG03942.hp2 NA18951.hp1 NA18952.hp1 NA18953.hp2 NA18986.hp1 NA18987.hp1 NA18990.hp2 NA19009.hp1 NA19010.hp1 NA19010.hp2 NA19085.hp1 NA19087.hp1 NA20300.hp1 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0025	a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0038 others(37): Show a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0188 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0276 a0001c0001t0001g0290 a0001c0001t0002g0105 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0002g0122 a0001c0001t0002g0139 a0001c0001t0002g0141 a0001c0001t0002g0153 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0002g0215 a0001c0001t0003g0154 a0001c0001t0003g0155 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0008g0236 a0001c0001t0021g0284 a0001c0001t0022g0016 a0001c0001t0025g0008	40	292	0.1370	-4	c.298 others(23): Show c.298-24480_298-24477delAAAA	ANGPT1	ENSG00000154188.10	transcript	ENST00000517746.6	protein_coding	1/8			chr8	TogoVar
ANGPT1_chr8_107244482_107502918	107375157	TCAAA TCAAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 others(204): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00408.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01496.hp1 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01934.hp1 HG01978.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 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