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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CDH7_chr18_65746012_65895337	65866326	AAAAAC AAAAAC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00438.hp1 HG00733.hp2 others(11): Show HG00280.hp1 HG00438.hp1 HG00733.hp2 HG01175.hp2 HG01516.hp1 HG01884.hp2 HG02280.hp2 HG03195.hp2 HG03492.hp1 HG03654.hp1 HG04184.hp2 NA18969.hp1 NA19002.hp1 NA21309.hp1	a0002 a0002	a0002c0003 a0002c0010 a0002c0003 a0002c0010	a0002c0003t0004 a0002c0003t0006 a0002c0003t0013 others(4): Show a0002c0003t0004 a0002c0003t0006 a0002c0003t0013 a0002c0003t0014 a0002c0003t0019 a0002c0003t0070 a0002c0010t0019	a0002c0003t0004g0128 a0002c0003t0004g0130 a0002c0003t0004g0131 others(11): Show a0002c0003t0004g0128 a0002c0003t0004g0130 a0002c0003t0004g0131 a0002c0003t0004g0135 a0002c0003t0006g0129 a0002c0003t0006g0140 a0002c0003t0006g0141 a0002c0003t0006g0171 a0002c0003t0013g0005 a0002c0003t0013g0051 a0002c0003t0014g0006 a0002c0003t0019g0188 a0002c0003t0070g0127 a0002c0010t0019g0109	14	208	0.0673	-5	c.186 others(24): Show c.1864+3414_1864+3418delCAAAA	CDH7	ENSG00000081138.14	transcript	ENST00000397968.4	protein_coding	11/11		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr18	TogoVar
CDH7_chr18_65746012_65895337	65871987	AAAGCC AAAGCC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01255.hp1 HG02109.hp1 HG02615.hp2 others(14): Show HG01255.hp1 HG02109.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02976.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03209.hp2 HG03453.hp2 HG06807.hp2	a0002 a0002	a0002c0002 a0002c0004 a0002c0015 others(2): Show a0002c0002 a0002c0004 a0002c0015 a0002c0016 a0002c0018	a0002c0002t0052 a0002c0002t0057 a0002c0002t0096 others(10): Show a0002c0002t0052 a0002c0002t0057 a0002c0002t0096 a0002c0004t0017 a0002c0004t0026 a0002c0004t0029 a0002c0004t0030 a0002c0004t0050 a0002c0004t0094 a0002c0015t0026 a0002c0015t0051 a0002c0016t0056 a0002c0018t0093	a0002c0002t0052g0083 a0002c0002t0057g0011 a0002c0002t0096g0150 others(14): Show a0002c0002t0052g0083 a0002c0002t0057g0011 a0002c0002t0096g0150 a0002c0004t0017g0020 a0002c0004t0017g0076 a0002c0004t0017g0094 a0002c0004t0026g0009 a0002c0004t0029g0177 a0002c0004t0029g0197 a0002c0004t0030g0193 a0002c0004t0030g0200 a0002c0004t0050g0071 a0002c0004t0094g0095 a0002c0015t0026g0001 a0002c0015t0051g0081 a0002c0016t0056g0093 a0002c0018t0093g0208	17	208	0.0817	-5	c.186 others(24): Show c.1865-8410_1865-8406delCCAAG	CDH7	ENSG00000081138.14	transcript	ENST00000397968.4	protein_coding	11/11		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr18	TogoVar
CDH8_chr16_61642250_62041438	61665805	TTTCCC TTTCCC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02970.hp1 NA18522.hp1 NA18522.hp2 HG02970.hp1 NA18522.hp1 NA18522.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0047 a0001c0002t0014 a0001c0001t0047 a0001c0002t0014	a0001c0001t0047g0077 a0001c0002t0014g0086 a0001c0002t0014g0129 a0001c0001t0047g0077 a0001c0002t0014g0086 a0001c0002t0014g0129	3	168	0.0179	-5	c.165 others(26): Show c.1655-10089_1655-10085delGGGAA	CDH8	ENSG00000150394.14	transcript	ENST00000577390.6	protein_coding	10/11			chr16	TogoVar
CDH8_chr16_61642250_62041438	61739734	AAAAAG AAAAAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00408.hp1 others(15): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00408.hp1 HG00558.hp1 HG00639.hp2 HG01261.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01928.hp1 HG02027.hp1 HG02135.hp1 HG02155.hp1 HG02630.hp1 HG02630.hp2 NA18980.hp1 NA18993.hp1 NA19000.hp1 NA19000.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0036 a0001c0001t0039 a0001c0001t0059 a0001c0001t0064 a0001c0001t0078 a0001c0005t0003	a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0002g0085 a0001c0001t0002g0107 others(15): Show a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0002g0085 a0001c0001t0002g0107 a0001c0001t0003g0053 a0001c0001t0003g0096 a0001c0001t0003g0098 a0001c0001t0003g0156 a0001c0001t0003g0161 a0001c0001t0017g0073 a0001c0001t0017g0116 a0001c0001t0018g0027 a0001c0001t0018g0052 a0001c0001t0036g0016 a0001c0001t0039g0023 a0001c0001t0059g0154 a0001c0001t0064g0063 a0001c0001t0078g0139 a0001c0005t0003g0045	18	168	0.1071	-5	c.141 others(26): Show c.1415-12524_1415-12520delCTTTT	CDH8	ENSG00000150394.14	transcript	ENST00000577390.6	protein_coding	8/11			chr16	TogoVar
CDH8_chr16_61642250_62041438	61739910	TATGTA TATGTA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02486.hp1 HG03579.hp1 NA19043.hp2 HG02486.hp1 HG03579.hp1 NA19043.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0019 a0001c0001t0027 a0001c0001t0019 a0001c0001t0027	a0001c0001t0019g0071 a0001c0001t0019g0075 a0001c0001t0027g0009 a0001c0001t0019g0071 a0001c0001t0019g0075 a0001c0001t0027g0009	3	168	0.0179	-5	c.141 others(26): Show c.1415-12700_1415-12696delTACAT	CDH8	ENSG00000150394.14	transcript	ENST00000577390.6	protein_coding	8/11			chr16	TogoVar
CDH8_chr16_61642250_62041438	61751382	TAAAAA TAAAAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00738.hp1 HG01109.hp1 HG01168.hp1 others(3): Show HG00738.hp1 HG01109.hp1 HG01168.hp1 HG01261.hp1 HG01934.hp1 HG03688.hp2	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0004c0009 a0001c0001 a0004c0009	a0001c0001t0007 a0001c0001t0013 a0001c0001t0038 others(3): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0013 a0001c0001t0038 a0001c0001t0058 a0001c0001t0062 a0004c0009t0049	a0001c0001t0007g0067 a0001c0001t0013g0042 a0001c0001t0038g0064 others(3): Show a0001c0001t0007g0067 a0001c0001t0013g0042 a0001c0001t0038g0064 a0001c0001t0058g0066 a0001c0001t0062g0030 a0004c0009t0049g0036	6	168	0.0357	-5	c.141 others(26): Show c.1415-24172_1415-24168delTTTTT	CDH8	ENSG00000150394.14	transcript	ENST00000577390.6	protein_coding	8/11			chr16	TogoVar
CDH8_chr16_61642250_62041438	61768313	TTTCTC TTTCTC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG02622.hp1 HG02818.hp2 others(2): Show HG00140.hp2 HG02622.hp1 HG02818.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0001t0018 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0001t0018 a0001c0001t0032 a0001c0001t0041	a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0008g0087 a0001c0001t0018g0052 others(2): Show a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0008g0087 a0001c0001t0018g0052 a0001c0001t0032g0014 a0001c0001t0041g0079	5	168	0.0298	-5	c.141 others(26): Show c.1414+21028_1414+21032delGAGAA	CDH8	ENSG00000150394.14	transcript	ENST00000577390.6	protein_coding	8/11			chr16	TogoVar
CDH8_chr16_61642250_62041438	61840919	TTAACA TTAACA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp1 HG02080.hp1 HG02132.hp1 others(3): Show HG00544.hp1 HG02080.hp1 HG02132.hp1 HG03490.hp2 NA18968.hp2 NA18990.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 a0001c0001t0021 others(2): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 a0001c0001t0021 a0001c0001t0066 a0001c0001t0071	a0001c0001t0002g0163 a0001c0001t0006g0162 a0001c0001t0006g0168 others(3): Show a0001c0001t0002g0163 a0001c0001t0006g0162 a0001c0001t0006g0168 a0001c0001t0021g0057 a0001c0001t0066g0165 a0001c0001t0071g0089	6	168	0.0357	-5	c.668 others(24): Show c.668-15745_668-15741delTGTTA	CDH8	ENSG00000150394.14	transcript	ENST00000577390.6	protein_coding	4/11			chr16	TogoVar
CDH8_chr16_61642250_62041438	61871815	CAAAAA CAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG02559.hp2 HG02615.hp2 others(3): Show HG01891.hp2 HG02559.hp2 HG02615.hp2 HG02647.hp1 HG02976.hp2 HG03225.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0016 others(3): Show a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0016 a0001c0001t0044 a0001c0001t0068 a0001c0002t0074	a0001c0001t0008g0112 a0001c0001t0009g0041 a0001c0001t0016g0015 others(3): Show a0001c0001t0008g0112 a0001c0001t0009g0041 a0001c0001t0016g0015 a0001c0001t0044g0038 a0001c0001t0068g0080 a0001c0002t0074g0068	6	168	0.0357	-5	c.548 others(24): Show c.548-14582_548-14578delTTTTT	CDH8	ENSG00000150394.14	transcript	ENST00000577390.6	protein_coding	3/11			chr16	TogoVar
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