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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CDK14_chr7_90591321_91215590	90895479	ACCTCT ACCTCT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp2 HG00673.hp1 HG00738.hp1 others(38): Show HG00621.hp2 HG00673.hp1 HG00738.hp1 HG00741.hp2 HG01081.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01496.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG02027.hp1 HG02132.hp1 HG02155.hp2 HG02257.hp2 HG02273.hp1 HG02293.hp2 HG02451.hp1 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02622.hp1 HG02895.hp1 HG03195.hp1 HG03239.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03654.hp1 HG03669.hp1 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG03942.hp2 NA18522.hp1 NA18747.hp1 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18979.hp1 NA19003.hp2 NA19030.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 a0003c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(21): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0016 a0001c0001t0024 a0001c0001t0025 a0001c0001t0027 a0001c0001t0031 a0001c0001t0034 a0001c0001t0035 a0001c0001t0037 a0001c0001t0040 a0001c0001t0042 a0001c0001t0043 a0001c0002t0001 a0001c0004t0001 a0002c0003t0001 a0003c0005t0011	a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0125 others(38): Show a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0002g0082 a0001c0001t0003g0021 a0001c0001t0003g0060 a0001c0001t0003g0070 a0001c0001t0004g0012 a0001c0001t0004g0084 a0001c0001t0004g0128 a0001c0001t0005g0007 a0001c0001t0005g0166 a0001c0001t0006g0013 a0001c0001t0006g0103 a0001c0001t0006g0121 a0001c0001t0006g0123 a0001c0001t0007g0041 a0001c0001t0008g0122 a0001c0001t0010g0003 a0001c0001t0016g0033 a0001c0001t0016g0034 a0001c0001t0024g0127 a0001c0001t0025g0106 a0001c0001t0027g0079 a0001c0001t0031g0017 a0001c0001t0034g0157 a0001c0001t0035g0149 a0001c0001t0037g0119 a0001c0001t0040g0016 a0001c0001t0042g0035 a0001c0001t0043g0031 a0001c0002t0001g0102 a0001c0004t0001g0025 a0002c0003t0001g0167 a0003c0005t0011g0156	41	168	0.2441	-5	c.640 others(22): Show c.640-3787_640-3783delTCCTC	CDK14	ENSG00000058091.17	transcript	ENST00000380050.8	protein_coding	6/14		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
CDK14_chr7_90591321_91215590	90912223	ATTAAT ATTAAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00438.hp1 others(133): Show HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00438.hp1 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01358.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01993.hp1 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02071.hp1 HG02109.hp1 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02273.hp1 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02602.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02738.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03139.hp2 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