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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CLIP1_chr12_122266469_122427669	122268387	TTTTTA TTTTTA	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG01106.hp2 HG01123.hp1 others(25): Show HG00735.hp1 HG01106.hp2 HG01123.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02258.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp1 HG02602.hp2 HG02630.hp2 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03195.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 HG04204.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA19043.hp2 NA19064.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0005 a0002c0002 a0002c0007	a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 others(5): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0015 a0001c0004t0005 a0001c0005t0017 a0002c0002t0005 a0002c0007t0005	a0001c0001t0003g0058 a0001c0001t0005g0033 a0001c0001t0005g0037 others(25): Show a0001c0001t0003g0058 a0001c0001t0005g0033 a0001c0001t0005g0037 a0001c0001t0005g0202 a0001c0001t0007g0002 a0001c0001t0007g0004 a0001c0001t0007g0007 a0001c0001t0007g0008 a0001c0001t0007g0011 a0001c0001t0007g0012 a0001c0001t0007g0013 a0001c0001t0007g0015 a0001c0001t0007g0020 a0001c0001t0007g0028 a0001c0001t0015g0072 a0001c0001t0015g0083 a0001c0004t0005g0048 a0001c0004t0005g0049 a0001c0005t0017g0233 a0001c0005t0017g0234 a0002c0002t0005g0147 a0002c0002t0005g0148 a0002c0002t0005g0149 a0002c0002t0005g0150 a0002c0002t0005g0152 a0002c0002t0005g0164 a0002c0002t0005g0206 a0002c0007t0005g0153	28	234	0.1197	-5	c.44 others(16): Show c.4483_*4487delTAAAA	CLIP1	ENSG00000130779.22	transcript	ENST00000620786.5	protein_coding		3081		chr12	TogoVar
CLIP1_chr12_122266469_122427669	122328565	ATTTTG ATTTTG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(181): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00609.hp1 HG00735.hp1 HG01081.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01928.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 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