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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CLYBL_chr13_99601690_99897570	99784447	CTCTTT CTCTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG01069.hp1 HG01081.hp2 others(37): Show HG00140.hp2 HG01069.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp2 HG01175.hp2 HG01517.hp1 HG01928.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp2 HG02056.hp1 HG02080.hp2 HG02132.hp1 HG02165.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02602.hp2 HG02809.hp2 HG03098.hp2 HG03239.hp1 HG03471.hp2 HG03490.hp2 HG03492.hp1 HG03516.hp2 HG03669.hp2 HG03710.hp1 HG04204.hp1 HG04204.hp2 NA18971.hp2 NA18972.hp2 NA19006.hp1 NA19006.hp2 NA19012.hp1 NA19012.hp2 NA19030.hp2 NA19064.hp2 NA19085.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0002 a0003 others(3): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0007	a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 others(3): Show a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 a0004c0004 a0005c0006 a0007c0010	a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0003c0003t0001 others(3): Show a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0003c0003t0001 a0004c0004t0001 a0005c0006t0001 a0007c0010t0001	a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0064 others(37): Show a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0214 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0218 a0002c0002t0001g0026 a0002c0002t0001g0038 a0002c0002t0001g0039 a0002c0002t0001g0052 a0002c0002t0001g0096 a0003c0003t0001g0176 a0003c0003t0001g0186 a0003c0003t0001g0203 a0004c0004t0001g0211 a0005c0006t0001g0020 a0005c0006t0001g0109 a0007c0010t0001g0073	40	218	0.1835	-5	c.249 others(24): Show c.249+11439_249+11443delCTTTT	CLYBL	ENSG00000125246.16	transcript	ENST00000339105.9	protein_coding	2/8		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
CLYBL_chr13_99601690_99897570	99857392	TATGGA TATGGA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02280.hp2 HG02451.hp2 HG02280.hp2 HG02451.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0083	2	218	0.0092	-5	c.250 others(22): Show c.250-1466_250-1462delGGAAT	CLYBL	ENSG00000125246.16	transcript	ENST00000339105.9	protein_coding	2/8		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
CLYBL_chr13_99601690_99897570	99871990	CAAAAA CAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 others(39): Show HG00099.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00673.hp2 HG00738.hp1 HG01081.hp1 HG01106.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01517.hp1 HG01928.hp1 HG01943.hp1 HG01975.hp2 HG01981.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02080.hp1 HG02132.hp2 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02300.hp1 HG02717.hp2 HG02895.hp1 HG03239.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03710.hp1 NA18946.hp2 NA18960.hp2 NA18979.hp2 NA18982.hp1 NA18998.hp2 NA19002.hp1 NA19006.hp2 NA19012.hp1 NA19054.hp2 NA19058.hp2 NA19060.hp1 NA19064.hp2 NA19077.hp1 NA19240.hp1 NA20752.hp1	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0004	a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 others(1): Show a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 a0004c0004	a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0003c0003t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0003c0003t0001 a0004c0004t0001	a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0045 others(39): Show a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0215 a0002c0002t0001g0018 a0002c0002t0001g0022 a0002c0002t0001g0026 a0002c0002t0001g0092 a0002c0002t0001g0096 a0002c0002t0001g0116 a0002c0002t0001g0152 a0002c0002t0001g0191 a0003c0003t0001g0021 a0003c0003t0001g0095 a0003c0003t0001g0149 a0003c0003t0001g0184 a0003c0003t0001g0186 a0004c0004t0001g0130	42	218	0.1927	-5	c.927 others(20): Show c.927+940_927+944delAAAAA	CLYBL	ENSG00000125246.16	transcript	ENST00000339105.9	protein_coding	7/8		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
CMA1_chr14_24500353_24513265	24505207	CATACA CATACA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00544.hp1 HG00621.hp1 HG01257.hp1 others(19): Show HG00544.hp1 HG00621.hp1 HG01257.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02135.hp2 HG03654.hp1 HG03834.hp1 HG03927.hp2 NA18942.hp2 NA18950.hp2 NA18955.hp2 NA18956.hp2 NA18972.hp1 NA18975.hp2 NA18981.hp2 NA18987.hp2 NA18992.hp1 NA19000.hp2 NA19005.hp2 NA19076.hp1 NA19091.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0005t0001 a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0005t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0011 others(3): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0035 a0001c0003t0001g0007 a0001c0005t0001g0019	22	432	0.0509	-5	c.30 others(14): Show c.304_*308delTGTAT	CMA1	ENSG00000092009.10	transcript	ENST00000250378.7	protein_coding		145		chr14	TogoVar
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