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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CPEB3_chr10_92041692_92296078	92275837	ATTCTT ATTCTT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01515.hp2 HG03491.hp2 HG01515.hp2 HG03491.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003	a0001c0001t0002g0221 a0001c0001t0003g0218 a0001c0001t0002g0221 a0001c0001t0003g0218	2	278	0.0072	-5	c.-12 others(24): Show c.-12+15084_-12+15088delAAGAA	CPEB3	ENSG00000107864.15	transcript	ENST00000265997.5	protein_coding	1/9			chr10	TogoVar
CPEB3_chr10_92041692_92296078	92280745	CATCTA CATCTA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 others(2): Show HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG03209.hp2 NA18522.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011	a0001c0001t0007g0150 a0001c0001t0007g0151 a0001c0001t0007g0152 others(2): Show a0001c0001t0007g0150 a0001c0001t0007g0151 a0001c0001t0007g0152 a0001c0001t0007g0208 a0001c0001t0011g0217	5	278	0.0180	-5	c.-12 others(24): Show c.-12+10176_-12+10180delTAGAT	CPEB3	ENSG00000107864.15	transcript	ENST00000265997.5	protein_coding	1/9			chr10	TogoVar
CPEB3_chr10_92041692_92296078	92295309	ACTTTT ACTTTT	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp2 others(134): Show HG00140.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00738.hp2 HG01070.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01109.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp2 HG01361.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01928.hp1 HG01952.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp2 HG02071.hp2 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02683.hp2 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02735.hp1 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp1 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