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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ELMO1_chr7_36847906_37453864	37104010	CAAAAA CAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG02080.hp2 others(2): Show HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG02080.hp2 HG03130.hp1 HG03927.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0002t0004 a0001c0001t0001 a0001c0002t0004	a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 others(2): Show a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0041 a0001c0002t0004g0023	5	92	0.0544	-5	c.119 others(24): Show c.1192-7288_1192-7284delTTTTT	ELMO1	ENSG00000155849.16	transcript	ENST00000310758.9	protein_coding	14/21			chr7	TogoVar
ELMO1_chr7_36847906_37453864	37256724	GGGGAA GGGGAA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG01256.hp1 HG01361.hp2 others(9): Show HG00741.hp2 HG01256.hp1 HG01361.hp2 HG02080.hp1 HG02486.hp2 HG03195.hp1 HG03453.hp1 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG04228.hp2 HG06807.hp2 NA18906.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0012 a0001c0001t0017 a0001c0003t0002 a0001c0003t0008	a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0003g0026 others(9): Show a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0003g0065 a0001c0001t0004g0063 a0001c0001t0012g0066 a0001c0001t0017g0012 a0001c0003t0002g0050 a0001c0003t0002g0076 a0001c0003t0002g0089 a0001c0003t0008g0045 a0001c0003t0008g0079	12	92	0.1304	-5	c.413 others(22): Show c.413+2452_413+2456delTTCCC	ELMO1	ENSG00000155849.16	transcript	ENST00000310758.9	protein_coding	6/21			chr7	TogoVar
ELMO1_chr7_36847906_37453864	37278113	CTTTTT CTTTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG02630.hp2 others(4): Show HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG02630.hp2 HG02895.hp1 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG03130.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0005 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0005 a0001c0002t0006 a0001c0004t0002	a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0002t0003g0013 others(4): Show a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0002t0003g0013 a0001c0002t0005g0031 a0001c0002t0006g0014 a0001c0004t0002g0003 a0001c0004t0002g0086	7	92	0.0761	-5	c.193 others(22): Show c.193-6236_193-6232delAAAAA	ELMO1	ENSG00000155849.16	transcript	ENST00000310758.9	protein_coding	4/21			chr7	TogoVar
ELMO1_chr7_36847906_37453864	37291951	CACGGT CACGGT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02896.hp1 HG03927.hp2 HG02896.hp1 HG03927.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0013 a0001c0002t0004 a0001c0001t0013 a0001c0002t0004	a0001c0001t0013g0078 a0001c0002t0004g0023 a0001c0001t0013g0078 a0001c0002t0004g0023	2	92	0.0217	-5	c.193 others(24): Show c.193-20074_193-20070delACCGT	ELMO1	ENSG00000155849.16	transcript	ENST00000310758.9	protein_coding	4/21			chr7	TogoVar
ELMO1_chr7_36847906_37453864	37296662	CCATAT CCATAT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp1 others(88): Show HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03927.hp1 HG03927.hp2 HG04228.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18970.hp1 NA18970.hp2 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19090.hp1 NA19090.hp2 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20300.hp1 NA20300.hp2 NA21309.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(5): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0007 a0002c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(29): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0005 a0001c0002t0006 a0001c0002t0007 a0001c0002t0009 a0001c0002t0011 a0001c0003t0002 a0001c0003t0008 a0001c0004t0002 a0001c0005t0002 a0001c0005t0007 a0001c0006t0004 a0001c0007t0001 a0002c0008t0004	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0022 others(88): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0002g0030 a0001c0001t0002g0067 a0001c0001t0003g0017 a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0003g0044 a0001c0001t0003g0065 a0001c0001t0003g0072 a0001c0001t0003g0082 a0001c0001t0004g0007 a0001c0001t0004g0036 a0001c0001t0004g0043 a0001c0001t0004g0046 a0001c0001t0004g0057 a0001c0001t0004g0063 a0001c0001t0004g0080 a0001c0001t0005g0006 a0001c0001t0005g0011 a0001c0001t0005g0027 a0001c0001t0005g0073 a0001c0001t0005g0075 a0001c0001t0006g0004 a0001c0001t0006g0008 a0001c0001t0008g0059 a0001c0001t0008g0092 a0001c0001t0009g0055 a0001c0001t0010g0084 a0001c0001t0012g0066 a0001c0001t0013g0078 a0001c0001t0014g0088 a0001c0001t0015g0061 a0001c0001t0016g0060 a0001c0001t0017g0012 a0001c0002t0001g0010 a0001c0002t0001g0052 a0001c0002t0001g0054 a0001c0002t0001g0070 a0001c0002t0001g0071 a0001c0002t0001g0081 a0001c0002t0002g0033 a0001c0002t0002g0048 a0001c0002t0002g0049 a0001c0002t0002g0087 a0001c0002t0003g0013 a0001c0002t0003g0028 a0001c0002t0003g0032 a0001c0002t0003g0037 a0001c0002t0003g0038 a0001c0002t0003g0051 a0001c0002t0003g0077 a0001c0002t0004g0023 a0001c0002t0004g0047 a0001c0002t0004g0053 a0001c0002t0005g0031 a0001c0002t0005g0056 a0001c0002t0006g0014 a0001c0002t0006g0021 a0001c0002t0007g0001 a0001c0002t0007g0018 a0001c0002t0007g0064 a0001c0002t0009g0069 a0001c0002t0011g0039 a0001c0003t0002g0020 a0001c0003t0002g0035 a0001c0003t0002g0050 a0001c0003t0002g0076 a0001c0003t0002g0089 a0001c0003t0002g0091 a0001c0003t0008g0045 a0001c0003t0008g0079 a0001c0004t0002g0003 a0001c0004t0002g0086 a0001c0005t0002g0042 a0001c0005t0007g0016 a0001c0006t0004g0058 a0001c0007t0001g0015 a0002c0008t0004g0034	91	92	0.9891	-5	c.192 others(24): Show c.192+18183_192+18187delATATG	ELMO1	ENSG00000155849.16	transcript	ENST00000310758.9	protein_coding	4/21			chr7	TogoVar
ELMO1_chr7_36847906_37453864	37423588	CAAACA CAAACA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02027.hp2 HG03927.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1 HG02027.hp2 HG03927.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0005t0007 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0005t0007	a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0003g0017 a0001c0005t0007g0016 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0003g0017 a0001c0005t0007g0016	3	92	0.0326	-5	c.-74 others(24): Show c.-74+25082_-74+25086delTGTTT	ELMO1	ENSG00000155849.16	transcript	ENST00000310758.9	protein_coding	1/21			chr7	TogoVar
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