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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGMO_chr7_15195317_15567015	15408970	AAGAAG AAGAAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01257.hp1 HG03098.hp2 HG03471.hp1 others(2): Show HG01257.hp1 HG03098.hp2 HG03471.hp1 HG03490.hp2 HG03654.hp2	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0003	a0001c0003t0001 a0001c0003t0008 a0001c0003t0001 a0001c0003t0008	a0001c0003t0001g0141 a0001c0003t0001g0146 a0001c0003t0001g0165 others(2): Show a0001c0003t0001g0141 a0001c0003t0001g0146 a0001c0003t0001g0165 a0001c0003t0008g0118 a0001c0003t0008g0211	5	236	0.0212	-5	c.609 others(22): Show c.609+9583_609+9587delCTTCT	AGMO	ENSG00000187546.14	transcript	ENST00000342526.8	protein_coding	5/12			chr7	TogoVar
AGMO_chr7_15195317_15567015	15423096	CTTTAT CTTTAT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00423.hp1 HG00597.hp1 others(50): Show HG00280.hp1 HG00423.hp1 HG00597.hp1 HG00735.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01175.hp2 HG01261.hp1 HG01496.hp1 HG01517.hp1 HG01891.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02080.hp2 HG02129.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02895.hp1 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03098.hp1 HG03225.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03516.hp1 HG03669.hp1 HG03710.hp1 HG03834.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp1 NA18943.hp1 NA18946.hp2 NA18951.hp1 NA18971.hp2 NA18986.hp1 NA19009.hp1 NA19009.hp2 NA19012.hp1 NA19064.hp2 NA19066.hp1 NA19084.hp2 NA20129.hp1 NA20300.hp1 NA20752.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0003 others(2): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0011	a0001c0001 a0001c0018 a0002c0002 others(4): Show a0001c0001 a0001c0018 a0002c0002 a0002c0004 a0003c0006 a0004c0008 a0011c0017	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0009 a0001c0018t0001 a0002c0002t0002 a0002c0004t0001 a0002c0004t0003 a0002c0004t0004 a0002c0004t0007 a0003c0006t0004 a0004c0008t0011 a0011c0017t0001	a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0028 others(50): Show a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0002g0069 a0001c0001t0002g0088 a0001c0001t0002g0094 a0001c0001t0002g0096 a0001c0001t0002g0100 a0001c0001t0002g0104 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0125 a0001c0001t0002g0129 a0001c0001t0002g0131 a0001c0001t0002g0137 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0002g0162 a0001c0001t0002g0176 a0001c0001t0003g0170 a0001c0001t0009g0119 a0001c0018t0001g0191 a0002c0002t0002g0112 a0002c0004t0001g0010 a0002c0004t0003g0012 a0002c0004t0004g0009 a0002c0004t0004g0011 a0002c0004t0007g0003 a0002c0004t0007g0008 a0003c0006t0004g0076 a0004c0008t0011g0226 a0011c0017t0001g0171	53	236	0.2246	-5	c.514 others(22): Show c.514-4448_514-4444delATAAA	AGMO	ENSG00000187546.14	transcript	ENST00000342526.8	protein_coding	4/12			chr7	TogoVar
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