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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ARID5B_chr10_61896699_62101944	62038580	AAATAT AAATAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01099.hp2 HG01175.hp2 HG01516.hp2 others(1): Show HG01099.hp2 HG01175.hp2 HG01516.hp2 NA18612.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0042 others(1): Show a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0152	4	242	0.0165	-5	c.734 others(24): Show c.734-12306_734-12302delATATA	ARID5B	ENSG00000150347.17	transcript	ENST00000279873.12	protein_coding	4/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ARID5B_chr10_61896699_62101944	62074545	TTTAAG TTTAAG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 others(6): Show HG00099.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01175.hp1 HG01255.hp1 HG01361.hp2 HG01928.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0014 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0014 a0001c0001t0024	a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0005g0025 a0001c0001t0005g0057 others(6): Show a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0005g0025 a0001c0001t0005g0057 a0001c0001t0005g0134 a0001c0001t0005g0141 a0001c0001t0005g0143 a0001c0001t0005g0217 a0001c0001t0014g0047 a0001c0001t0024g0039	9	242	0.0372	-5	c.119 others(24): Show c.1199+4754_1199+4758delTTAAG	ARID5B	ENSG00000150347.17	transcript	ENST00000279873.12	protein_coding	8/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ARIH1_chr15_72469330_72607987	72482835	CTCTCT CTCTCT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp2 others(12): Show HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01934.hp2 HG01952.hp1 HG01993.hp2 HG02273.hp1 HG02293.hp2 HG02559.hp1 HG02922.hp1 NA18522.hp1 NA18906.hp2 NA19030.hp2 NA19043.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0021 others(3): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0021 a0001c0001t0052 a0001c0001t0053 a0001c0001t0054	a0001c0001t0007g0056 a0001c0001t0007g0057 a0001c0001t0007g0058 others(12): Show a0001c0001t0007g0056 a0001c0001t0007g0057 a0001c0001t0007g0058 a0001c0001t0007g0059 a0001c0001t0007g0064 a0001c0001t0008g0035 a0001c0001t0008g0052 a0001c0001t0008g0053 a0001c0001t0008g0055 a0001c0001t0008g0062 a0001c0001t0021g0050 a0001c0001t0021g0060 a0001c0001t0052g0054 a0001c0001t0053g0051 a0001c0001t0054g0061	15	262	0.0573	-5	c.375 others(22): Show c.375+7823_375+7827delCTCTT	ARIH1	ENSG00000166233.15	transcript	ENST00000379887.9	protein_coding	1/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ARIH1_chr15_72469330_72607987	72510736	CAAAAA CAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp1 HG00597.hp2 HG01496.hp2 others(19): Show HG00544.hp1 HG00597.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01934.hp2 HG01952.hp1 HG01993.hp2 HG02129.hp1 HG02135.hp1 HG02273.hp1 HG02293.hp2 HG02559.hp1 HG02615.hp1 HG03139.hp2 HG03209.hp1 NA18522.hp1 NA18942.hp1 NA18978.hp1 NA19043.hp2 NA19058.hp2 NA19063.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 others(10): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0021 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0052 a0001c0001t0053 a0001c0001t0066 a0001c0001t0088 a0001c0001t0091 a0001c0001t0093	a0001c0001t0003g0069 a0001c0001t0003g0074 a0001c0001t0003g0244 others(19): Show a0001c0001t0003g0069 a0001c0001t0003g0074 a0001c0001t0003g0244 a0001c0001t0003g0249 a0001c0001t0007g0056 a0001c0001t0007g0058 a0001c0001t0007g0059 a0001c0001t0008g0052 a0001c0001t0008g0053 a0001c0001t0008g0055 a0001c0001t0008g0062 a0001c0001t0021g0050 a0001c0001t0021g0060 a0001c0001t0025g0072 a0001c0001t0026g0081 a0001c0001t0027g0029 a0001c0001t0052g0054 a0001c0001t0053g0051 a0001c0001t0066g0085 a0001c0001t0088g0077 a0001c0001t0091g0068 a0001c0001t0093g0030	22	262	0.0840	-5	c.376 others(22): Show c.376-7301_376-7297delAAAAA	ARIH1	ENSG00000166233.15	transcript	ENST00000379887.9	protein_coding	1/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ARIH1_chr15_72469330_72607987	72522590	AAAAAT AAAAAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00544.hp1 HG00597.hp2 others(25): Show HG00408.hp1 HG00544.hp1 HG00597.hp2 HG02071.hp1 HG02129.hp1 HG02135.hp1 HG03491.hp1 NA18939.hp2 NA18940.hp2 NA18942.hp1 NA18952.hp2 NA18955.hp2 NA18959.hp1 NA18960.hp2 NA18965.hp2 NA18978.hp1 NA18984.hp1 NA18986.hp2 NA18991.hp1 NA19002.hp2 NA19005.hp2 NA19007.hp1 NA19010.hp1 NA19058.hp2 NA19063.hp2 NA19064.hp2 NA19074.hp1 NA19081.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 others(11): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0035 a0001c0001t0082 a0001c0001t0083 a0001c0001t0084 a0001c0001t0085 a0001c0001t0086 a0001c0001t0087 a0001c0001t0088 a0001c0001t0089 a0001c0001t0090 a0001c0001t0091	a0001c0001t0003g0067 a0001c0001t0003g0069 a0001c0001t0003g0071 others(25): Show a0001c0001t0003g0067 a0001c0001t0003g0069 a0001c0001t0003g0071 a0001c0001t0003g0074 a0001c0001t0003g0076 a0001c0001t0003g0083 a0001c0001t0003g0084 a0001c0001t0003g0244 a0001c0001t0003g0246 a0001c0001t0003g0249 a0001c0001t0003g0250 a0001c0001t0003g0251 a0001c0001t0003g0253 a0001c0001t0025g0072 a0001c0001t0025g0073 a0001c0001t0026g0081 a0001c0001t0026g0248 a0001c0001t0035g0080 a0001c0001t0082g0075 a0001c0001t0083g0070 a0001c0001t0084g0079 a0001c0001t0085g0066 a0001c0001t0086g0247 a0001c0001t0087g0082 a0001c0001t0088g0077 a0001c0001t0089g0078 a0001c0001t0090g0252 a0001c0001t0091g0068	28	262	0.1069	-5	c.443 others(22): Show c.443+4465_443+4469delATAAA	ARIH1	ENSG00000166233.15	transcript	ENST00000379887.9	protein_coding	2/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ARIH1_chr15_72469330_72607987	72561977	AAAAAT AAAAAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG01099.hp2 HG01943.hp1 others(8): Show HG00140.hp1 HG01099.hp2 HG01943.hp1 HG02109.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02300.hp2 HG02602.hp2 HG02970.hp1 HG03486.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0070 others(3): Show a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0001t0070 a0001c0001t0071 a0001c0001t0072 a0001c0001t0073	a0001c0001t0011g0001 a0001c0001t0011g0007 a0001c0001t0011g0008 others(8): Show a0001c0001t0011g0001 a0001c0001t0011g0007 a0001c0001t0011g0008 a0001c0001t0011g0009 a0001c0001t0016g0002 a0001c0001t0016g0003 a0001c0001t0016g0012 a0001c0001t0070g0011 a0001c0001t0071g0005 a0001c0001t0072g0006 a0001c0001t0073g0004	11	262	0.0420	-5	c.804 others(20): Show c.804+448_804+452delTAAAA	ARIH1	ENSG00000166233.15	transcript	ENST00000379887.9	protein_coding	6/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
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