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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABHD17A_chr19_1871810_1890496	1874746	CAAAAA CAAAAA	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00558.hp1 HG00597.hp2 others(67): Show HG00323.hp1 HG00558.hp1 HG00597.hp2 HG00639.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp2 HG01256.hp2 HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp2 HG01928.hp1 HG01943.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02055.hp1 HG02074.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02148.hp2 HG02258.hp1 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02559.hp2 HG02717.hp2 HG02735.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp1 HG03490.hp1 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp2 NA18522.hp1 NA18906.hp2 NA18941.hp1 NA18942.hp2 NA18950.hp1 NA18954.hp2 NA18957.hp1 NA18962.hp2 NA18965.hp1 NA18971.hp2 NA18973.hp1 NA18975.hp1 NA18979.hp2 NA18981.hp2 NA18984.hp2 NA18985.hp1 NA18986.hp2 NA19000.hp2 NA19011.hp2 NA19012.hp1 NA19012.hp2 NA19043.hp1 NA19066.hp2 NA19070.hp1 NA19072.hp2 NA19081.hp1 NA19087.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA20905.hp1 NA21309.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0004c0005 a0001c0001 a0004c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0004c0005t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0004c0005t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0007 others(16): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0052 a0004c0005t0001g0079	70	416	0.1683	-5	c.24 others(16): Show c.2449_*2453delTTTTT	ABHD17A	ENSG00000129968.17	transcript	ENST00000292577.12	protein_coding		2063		chr19	TogoVar
ABHD17B_chr9_71860152_71916193	71872414	TAAAAG TAAAAG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02970.hp2 HG03139.hp1 HG02258.hp1 HG02970.hp2 HG03139.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0006	3	186	0.0161	-5	c.468 others(22): Show c.468-2157_468-2153delCTTTT	ABHD17B	ENSG00000107362.14	transcript	ENST00000333421.7	protein_coding	2/3			chr9	TogoVar
ABHD17C_chr15_80690310_80760621	80691331	ATTTAC ATTTAC	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00558.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 others(16): Show HG00558.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01978.hp1 HG02004.hp1 HG02056.hp2 HG02300.hp2 HG02738.hp1 HG03654.hp2 NA18939.hp1 NA18942.hp1 NA18980.hp2 NA18984.hp2 NA19001.hp2 NA19009.hp1 NA19070.hp1 NA19080.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005	a0001c0001t0001g0322 a0001c0001t0003g0321 a0001c0001t0003g0325 others(15): Show a0001c0001t0001g0322 a0001c0001t0003g0321 a0001c0001t0003g0325 a0001c0001t0003g0327 a0001c0001t0003g0328 a0001c0001t0003g0329 a0001c0001t0003g0330 a0001c0001t0003g0331 a0001c0001t0003g0332 a0001c0001t0003g0333 a0001c0001t0005g0017 a0001c0001t0005g0320 a0001c0001t0005g0323 a0001c0001t0005g0324 a0001c0001t0005g0326 a0001c0001t0005g0334 a0001c0001t0005g0335 a0001c0001t0005g0336	19	360	0.0528	-5	c.-40 others(16): Show c.-4098_-4094delTTTAC	ABHD17C	ENSG00000136379.12	transcript	ENST00000258884.5	protein_coding		3978		chr15	TogoVar
ABHD17C_chr15_80690310_80760621	80693580	TTAAAA TTAAAA	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG03492.hp1 HG03831.hp1 others(2): Show HG00099.hp2 HG03492.hp1 HG03831.hp1 HG03942.hp1 HG04184.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009	a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0050 others(1): Show a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0009g0060	5	360	0.0139	-5	c.-18 others(16): Show c.-1849_-1845delTAAAA	ABHD17C	ENSG00000136379.12	transcript	ENST00000258884.5	protein_coding		1729		chr15	TogoVar
ABHD18_chr4_127960406_128044953	127966702	CAAAAA CAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00639.hp2 HG01993.hp2 others(10): Show HG00140.hp1 HG00639.hp2 HG01993.hp2 HG02273.hp1 HG02280.hp1 HG02300.hp2 HG02523.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp2 HG03453.hp1 HG03704.hp1 HG04228.hp2 NA18994.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 others(6): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0012 a0001c0001t0039 a0001c0001t0043 a0001c0001t0044 a0001c0001t0084 a0002c0002t0030	a0001c0001t0002g0194 a0001c0001t0002g0195 a0001c0001t0002g0198 others(10): Show a0001c0001t0002g0194 a0001c0001t0002g0195 a0001c0001t0002g0198 a0001c0001t0004g0199 a0001c0001t0004g0201 a0001c0001t0004g0261 a0001c0001t0007g0203 a0001c0001t0012g0197 a0001c0001t0039g0196 a0001c0001t0043g0202 a0001c0001t0044g0262 a0001c0001t0084g0200 a0002c0002t0030g0331	13	344	0.0378	-5	c.-18 others(22): Show c.-18+1128_-18+1132delAAAAA	ABHD18	ENSG00000164074.17	transcript	ENST00000645843.2	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
ABHD18_chr4_127960406_128044953	127970606	AAAAAG AAAAAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02257.hp1 others(10): Show HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02257.hp1 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG03225.hp2 HG03540.hp2 HG06807.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0003c0003 a0001c0001 a0003c0003	a0001c0001t0022 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 others(5): Show a0001c0001t0022 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0062 a0003c0003t0034 a0003c0003t0058 a0003c0003t0059 a0003c0003t0060	a0001c0001t0022g0339 a0001c0001t0022g0340 a0001c0001t0022g0341 others(10): Show a0001c0001t0022g0339 a0001c0001t0022g0340 a0001c0001t0022g0341 a0001c0001t0035g0336 a0001c0001t0035g0343 a0001c0001t0036g0335 a0001c0001t0036g0342 a0001c0001t0062g0338 a0003c0003t0034g0134 a0003c0003t0034g0136 a0003c0003t0058g0344 a0003c0003t0059g0135 a0003c0003t0060g0118	13	344	0.0378	-5	c.-18 others(22): Show c.-18+5004_-18+5008delAGAAA	ABHD18	ENSG00000164074.17	transcript	ENST00000645843.2	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
ABHD18_chr4_127960406_128044953	127982170	AAAAAT AAAAAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01496.hp2 HG02055.hp1 HG02572.hp2 others(3): Show HG01496.hp2 HG02055.hp1 HG02572.hp2 HG02922.hp2 HG02976.hp1 HG03209.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0025 a0001c0001t0061 a0001c0001t0063 others(1): Show a0001c0001t0025 a0001c0001t0061 a0001c0001t0063 a0001c0001t0064	a0001c0001t0025g0263 a0001c0001t0025g0264 a0001c0001t0025g0265 others(3): Show a0001c0001t0025g0263 a0001c0001t0025g0264 a0001c0001t0025g0265 a0001c0001t0061g0267 a0001c0001t0063g0266 a0001c0001t0064g0268	6	344	0.0174	-5	c.-17 others(20): Show c.-17-764_-17-760delTAAAA	ABHD18	ENSG00000164074.17	transcript	ENST00000645843.2	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89106434	ACTCAC ACTCAC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02922.hp1 HG03471.hp1 HG03540.hp1 others(2): Show HG02922.hp1 HG03471.hp1 HG03540.hp1 NA19030.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0009 a0001c0001 a0001c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0014 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0014 a0001c0009t0012	a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0004g0013 a0001c0001t0014g0014 others(2): Show a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0004g0013 a0001c0001t0014g0014 a0001c0001t0014g0159 a0001c0009t0012g0027	5	234	0.0214	-5	c.-10 others(24): Show c.-106-7286_-106-7282delCCTCA	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	1/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
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