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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ATP6V1A_chr3_113742035_113817056	113771170	GTTTGT GTTTGT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG01934.hp2 HG01952.hp1 others(6): Show HG01891.hp2 HG01934.hp2 HG01952.hp1 HG02148.hp1 HG02273.hp2 HG02300.hp1 HG03098.hp2 NA19012.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0019	a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0006g0010 a0001c0001t0006g0138 others(5): Show a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0006g0010 a0001c0001t0006g0138 a0001c0001t0006g0139 a0001c0001t0006g0140 a0001c0001t0007g0281 a0001c0001t0007g0282 a0001c0001t0019g0283	9	312	0.0289	-5	c.-13 others(22): Show c.-13-7567_-13-7563delGTTTT	ATP6V1A	ENSG00000114573.12	transcript	ENST00000273398.8	protein_coding	1/14		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ATP6V1A_chr3_113742035_113817056	113808145	CAAAGA CAAAGA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG03098.hp2 NA20300.hp2 HG01891.hp2 HG03098.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0007 a0001c0001t0019 a0001c0001t0007 a0001c0001t0019	a0001c0001t0007g0281 a0001c0001t0007g0282 a0001c0001t0019g0283 a0001c0001t0007g0281 a0001c0001t0007g0282 a0001c0001t0019g0283	3	312	0.0096	-5	c.176 others(24): Show c.1762-1176_1762-1172delGAAAA	ATP6V1A	ENSG00000114573.12	transcript	ENST00000273398.8	protein_coding	14/14		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ATP6V1B1_chr2_70930900_70970431	70966592	AAAAAG AAAAAG	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG02109.hp1 HG02258.hp1 others(12): Show HG01884.hp1 HG02109.hp1 HG02258.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02895.hp2 HG02976.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG06807.hp1 NA19043.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0001 a0001c0017 a0001c0035 others(4): Show a0001c0001 a0001c0017 a0001c0035 a0002c0006 a0002c0012 a0002c0029 a0003c0022	a0001c0001t0001 a0001c0017t0004 a0001c0017t0009 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0017t0004 a0001c0017t0009 a0001c0035t0004 a0002c0006t0001 a0002c0012t0012 a0002c0029t0004 a0003c0022t0004	a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0031 others(12): Show a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0185 a0001c0017t0004g0141 a0001c0017t0009g0124 a0001c0035t0004g0166 a0002c0006t0001g0272 a0002c0012t0012g0323 a0002c0029t0004g0281 a0003c0022t0004g0211	15	440	0.0341	-5	c.14 others(16): Show c.1472_*1476delAAAAG	ATP6V1B1	ENSG00000116039.13	transcript	ENST00000234396.10	protein_coding		1162		chr2	TogoVar
ATP6V1C2_chr2_10716630_10790110	10719586	AGTTTT AGTTTT	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG01099.hp2 HG01255.hp2 others(26): Show HG00140.hp2 HG01099.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG02257.hp2 HG02717.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp1 HG02818.hp1 HG02965.hp1 HG03239.hp2 HG03490.hp1 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03688.hp1 HG04204.hp2 NA18955.hp2 NA18970.hp2 NA18978.hp2 NA18979.hp2 NA18989.hp2 NA19030.hp2 NA19043.hp2 NA19063.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0002c0003 others(2): Show a0001c0001 a0002c0002 a0002c0003 a0002c0004 a0002c0013	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0002c0002t0001 a0002c0002t0002 a0002c0002t0004 a0002c0003t0002 a0002c0003t0004 a0002c0003t0012 a0002c0004t0005 a0002c0013t0001	a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0211 others(26): Show a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0002g0131 a0001c0001t0002g0132 a0001c0001t0002g0136 a0001c0001t0002g0218 a0001c0001t0004g0097 a0001c0001t0004g0114 a0002c0002t0001g0096 a0002c0002t0001g0115 a0002c0002t0001g0130 a0002c0002t0001g0138 a0002c0002t0001g0141 a0002c0002t0002g0124 a0002c0002t0004g0117 a0002c0003t0002g0118 a0002c0003t0002g0126 a0002c0003t0002g0127 a0002c0003t0002g0129 a0002c0003t0002g0142 a0002c0003t0004g0135 a0002c0003t0012g0160 a0002c0004t0005g0137 a0002c0004t0005g0140 a0002c0004t0005g0143 a0002c0004t0005g0162 a0002c0013t0001g0139	29	354	0.0819	-5	c.-21 others(16): Show c.-2171_-2167delGTTTT	ATP6V1C2	ENSG00000143882.12	transcript	ENST00000272238.9	protein_coding		2043		chr2	TogoVar
ATP6V1C2_chr2_10716630_10790110	10749130	CAAAAA CAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01070.hp2 HG02280.hp2 HG02965.hp1 others(3): Show HG01070.hp2 HG02280.hp2 HG02965.hp1 HG03209.hp2 HG03540.hp2 HG03579.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0016 a0002c0002t0001 a0002c0002t0007 others(2): Show a0001c0001t0016 a0002c0002t0001 a0002c0002t0007 a0002c0002t0008 a0002c0002t0014	a0001c0001t0016g0220 a0002c0002t0001g0096 a0002c0002t0001g0161 others(3): Show a0001c0001t0016g0220 a0002c0002t0001g0096 a0002c0002t0001g0161 a0002c0002t0007g0134 a0002c0002t0008g0234 a0002c0002t0014g0222	6	354	0.0170	-5	c.198 others(22): Show c.198-4835_198-4831delAAAAA	ATP6V1C2	ENSG00000143882.12	transcript	ENST00000272238.9	protein_coding	3/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
ATP6V1C2_chr2_10716630_10790110	10767808	ATTTAT ATTTAT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01192.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01192.hp1	a0002 a0002	a0002c0007 a0002c0007	a0002c0007t0009 a0002c0007t0009	a0002c0007t0009g0028 a0002c0007t0009g0029 a0002c0007t0009g0151 a0002c0007t0009g0028 a0002c0007t0009g0029 a0002c0007t0009g0151	3	354	0.0085	-5	c.379 others(20): Show c.379-905_379-901delTTTAT	ATP6V1C2	ENSG00000143882.12	transcript	ENST00000272238.9	protein_coding	5/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
ATP6V1C2_chr2_10716630_10790110	10789407	GAAAAC GAAAAC	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01099.hp1 HG01433.hp2 HG01934.hp2 others(13): Show HG01099.hp1 HG01433.hp2 HG01934.hp2 HG02698.hp1 HG02735.hp2 HG03195.hp2 HG03239.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03654.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03710.hp2 HG03942.hp2 NA19030.hp2 NA20752.hp1	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0006 a0002c0004 a0004c0011 a0001c0006 a0002c0004 a0004c0011	a0001c0006t0005 a0002c0004t0005 a0004c0011t0017 a0001c0006t0005 a0002c0004t0005 a0004c0011t0017	a0001c0006t0005g0042 a0001c0006t0005g0308 a0001c0006t0005g0337 others(13): Show a0001c0006t0005g0042 a0001c0006t0005g0308 a0001c0006t0005g0337 a0002c0004t0005g0045 a0002c0004t0005g0046 a0002c0004t0005g0085 a0002c0004t0005g0095 a0002c0004t0005g0109 a0002c0004t0005g0137 a0002c0004t0005g0140 a0002c0004t0005g0143 a0002c0004t0005g0162 a0002c0004t0005g0177 a0002c0004t0005g0285 a0002c0004t0005g0327 a0004c0011t0017g0149	16	354	0.0452	-5	c.61 others(16): Show c.6145_*6149delAAAAC	ATP6V1C2	ENSG00000143882.12	transcript	ENST00000272238.9	protein_coding		4298		chr2	TogoVar
ATP6V1D_chr14_67332872_67364804	67355449	CAAAAA CAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG02273.hp2 others(3): Show HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG02273.hp2 HG02809.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0002g0101 others(2): Show a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0002g0101 a0001c0001t0003g0177 a0001c0001t0003g0189	6	348	0.0172	-5	c.42- others(20): Show c.42-2414_42-2410delTTTTT	ATP6V1D	ENSG00000100554.12	transcript	ENST00000216442.12	protein_coding	1/8			chr14	TogoVar
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