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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BCAS3_chr17_60672851_61397831	60888837	ATTTTC ATTTTC	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01256.hp2 HG01952.hp1 HG02451.hp2 others(8): Show HG01256.hp2 HG01952.hp1 HG02451.hp2 HG02559.hp2 HG02809.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp2 HG03471.hp1 HG03540.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0004 a0003c0001 a0001c0004 a0003c0001	a0001c0004t0002 a0003c0001t0001 a0003c0001t0002 a0001c0004t0002 a0003c0001t0001 a0003c0001t0002	a0001c0004t0002g0050 a0001c0004t0002g0072 a0003c0001t0001g0005 others(8): Show a0001c0004t0002g0050 a0001c0004t0002g0072 a0003c0001t0001g0005 a0003c0001t0001g0007 a0003c0001t0001g0021 a0003c0001t0001g0024 a0003c0001t0001g0025 a0003c0001t0001g0026 a0003c0001t0001g0031 a0003c0001t0002g0029 a0003c0001t0002g0032	11	74	0.1487	-5	c.662 others(20): Show c.662-852_662-848delTTTTC	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	9/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61003372	GCCCTC GCCCTC	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01099.hp1 HG01891.hp2 HG01952.hp2 others(11): Show HG01099.hp1 HG01891.hp2 HG01952.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02615.hp1 HG02886.hp2 HG02922.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp2 HG03225.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0002 a0002c0003 a0002c0005 others(3): Show a0001c0002 a0002c0003 a0002c0005 a0002c0006 a0002c0007 a0004c0009	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0002c0003t0001 others(4): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0002c0003t0001 a0002c0005t0001 a0002c0006t0002 a0002c0007t0001 a0004c0009t0001	a0001c0002t0001g0042 a0001c0002t0001g0056 a0001c0002t0002g0053 others(11): Show a0001c0002t0001g0042 a0001c0002t0001g0056 a0001c0002t0002g0053 a0001c0002t0002g0054 a0001c0002t0002g0057 a0002c0003t0001g0038 a0002c0005t0001g0014 a0002c0005t0001g0018 a0002c0005t0001g0019 a0002c0005t0001g0020 a0002c0005t0001g0073 a0002c0006t0002g0030 a0002c0007t0001g0004 a0004c0009t0001g0055	14	74	0.1892	-5	c.148 others(26): Show c.1487-12349_1487-12345delCCCCT	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	15/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61019474	GAATAT GAATAT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG02970.hp1 NA20129.hp2 HG01891.hp1 HG02970.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0004 a0001c0004	a0001c0004t0001 a0001c0004t0001	a0001c0004t0001g0043 a0001c0004t0001g0047 a0001c0004t0001g0049 a0001c0004t0001g0043 a0001c0004t0001g0047 a0001c0004t0001g0049	3	74	0.0405	-5	c.163 others(24): Show c.1637+3580_1637+3584delATATA	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	16/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61083349	GTATTT GTATTT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp1 HG01099.hp1 HG01891.hp2 others(39): Show HG00639.hp1 HG01099.hp1 HG01891.hp2 HG01952.hp2 HG02083.hp2 HG02145.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02809.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03195.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG03540.hp1 HG03579.hp1 HG03579.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18951.hp2 NA19030.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0004	a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 others(6): Show a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 a0002c0005 a0002c0006 a0002c0007 a0003c0001 a0003c0010 a0004c0009	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 others(11): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 a0001c0004t0002 a0002c0003t0001 a0002c0003t0002 a0002c0005t0001 a0002c0005t0002 a0002c0006t0002 a0002c0007t0001 a0003c0001t0001 a0003c0001t0002 a0003c0010t0002 a0004c0009t0001	a0001c0002t0001g0042 a0001c0002t0001g0056 a0001c0002t0001g0059 others(39): Show a0001c0002t0001g0042 a0001c0002t0001g0056 a0001c0002t0001g0059 a0001c0002t0001g0061 a0001c0002t0001g0063 a0001c0002t0001g0065 a0001c0002t0001g0066 a0001c0002t0001g0067 a0001c0002t0001g0071 a0001c0002t0002g0001 a0001c0002t0002g0053 a0001c0002t0002g0054 a0001c0002t0002g0057 a0001c0002t0002g0064 a0001c0002t0002g0068 a0001c0002t0002g0069 a0001c0002t0002g0070 a0001c0004t0001g0045 a0001c0004t0001g0046 a0001c0004t0001g0058 a0001c0004t0002g0044 a0002c0003t0001g0038 a0002c0003t0001g0040 a0002c0003t0001g0041 a0002c0003t0001g0052 a0002c0003t0002g0036 a0002c0003t0002g0048 a0002c0005t0001g0014 a0002c0005t0001g0018 a0002c0005t0001g0019 a0002c0005t0001g0020 a0002c0005t0001g0051 a0002c0005t0001g0073 a0002c0005t0002g0074 a0002c0006t0002g0027 a0002c0006t0002g0030 a0002c0007t0001g0004 a0003c0001t0001g0011 a0003c0001t0001g0028 a0003c0001t0002g0022 a0003c0010t0002g0023 a0004c0009t0001g0055	42	74	0.5676	-5	c.232 others(24): Show c.2328-1114_2328-1110delTTTAT	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	21/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61166387	CTCTCT CTCTCT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02559.hp1 HG03041.hp1 HG03041.hp2 others(4): Show HG02559.hp1 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03540.hp2 NA19030.hp2 NA20129.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0004 a0002c0003 a0002c0005 others(1): Show a0001c0004 a0002c0003 a0002c0005 a0002c0006	a0001c0004t0001 a0001c0004t0002 a0002c0003t0001 others(2): Show a0001c0004t0001 a0001c0004t0002 a0002c0003t0001 a0002c0005t0001 a0002c0006t0002	a0001c0004t0001g0045 a0001c0004t0002g0044 a0001c0004t0002g0072 others(4): Show a0001c0004t0001g0045 a0001c0004t0002g0044 a0001c0004t0002g0072 a0002c0003t0001g0038 a0002c0003t0001g0052 a0002c0005t0001g0018 a0002c0006t0002g0030	7	74	0.0946	-5	c.242 others(26): Show c.2425+81825_2425+81829delCTCTT	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	22/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
BCAS3_chr17_60672851_61397831	61191780	AAAAAG AAAAAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG02451.hp2 HG02818.hp2 others(6): Show HG01891.hp1 HG02451.hp2 HG02818.hp2 HG02970.hp2 HG03209.hp2 HG03453.hp2 NA19043.hp2 NA21309.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 others(2): Show a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003 a0002c0005 a0003c0001	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 others(3): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001 a0002c0003t0001 a0002c0005t0001 a0003c0001t0001	a0001c0002t0001g0067 a0001c0002t0002g0068 a0001c0002t0002g0069 others(6): Show a0001c0002t0001g0067 a0001c0002t0002g0068 a0001c0002t0002g0069 a0001c0002t0002g0070 a0001c0004t0001g0034 a0001c0004t0001g0047 a0002c0003t0001g0037 a0002c0005t0001g0014 a0003c0001t0001g0007	9	74	0.1216	-5	c.242 others(28): Show c.2425+107241_2425+107245delGAAAA	BCAS3	ENSG00000141376.24	transcript	ENST00000407086.8	protein_coding	22/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
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