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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BMAL2_chr12_27327836_27430286	27336947	CAAAAA CAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp2 HG00609.hp1 HG02132.hp2 others(45): Show HG00544.hp2 HG00609.hp1 HG02132.hp2 HG02523.hp1 HG03041.hp1 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03710.hp1 HG04204.hp2 NA18612.hp1 NA18747.hp1 NA18939.hp1 NA18942.hp2 NA18948.hp2 NA18951.hp2 NA18952.hp2 NA18955.hp1 NA18957.hp2 NA18959.hp2 NA18966.hp2 NA18967.hp1 NA18968.hp2 NA18970.hp2 NA18972.hp2 NA18973.hp1 NA18973.hp2 NA18979.hp1 NA18988.hp2 NA18990.hp2 NA18992.hp1 NA18994.hp2 NA18995.hp1 NA18997.hp2 NA18998.hp1 NA19001.hp2 NA19003.hp2 NA19007.hp1 NA19010.hp1 NA19055.hp1 NA19057.hp2 NA19060.hp1 NA19066.hp1 NA19066.hp2 NA19079.hp1 NA19081.hp1 NA19084.hp1 NA19086.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0010 a0001c0001t0016 a0001c0001t0018 a0001c0001t0031 a0001c0001t0034	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0208 others(41): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0265 a0001c0001t0001g0266 a0001c0001t0001g0267 a0001c0001t0001g0270 a0001c0001t0001g0271 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0280 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0001g0288 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0292 a0001c0001t0001g0295 a0001c0001t0001g0297 a0001c0001t0001g0298 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0206 a0001c0001t0002g0239 a0001c0001t0002g0264 a0001c0001t0002g0268 a0001c0001t0002g0269 a0001c0001t0002g0273 a0001c0001t0002g0274 a0001c0001t0002g0277 a0001c0001t0002g0279 a0001c0001t0002g0283 a0001c0001t0002g0285 a0001c0001t0002g0287 a0001c0001t0002g0290 a0001c0001t0002g0291 a0001c0001t0002g0293 a0001c0001t0003g0207 a0001c0001t0004g0294 a0001c0001t0010g0284 a0001c0001t0016g0286 a0001c0001t0018g0278 a0001c0001t0018g0296 a0001c0001t0031g0276 a0001c0001t0034g0281	48	310	0.1548	-5	c.31+ others(20): Show c.31+3863_31+3867delAAAAA	BMAL2	ENSG00000029153.15	transcript	ENST00000266503.10	protein_coding	1/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
BMAL2_chr12_27327836_27430286	27348875	TAAGTG TAAGTG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp1 HG02055.hp1 HG02145.hp1 others(15): Show HG00741.hp1 HG02055.hp1 HG02145.hp1 HG02258.hp2 HG02451.hp2 HG02723.hp1 HG02886.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03209.hp1 HG03516.hp1 NA18906.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0022 a0001c0001t0042	a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0002g0243 others(15): Show a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0002g0243 a0001c0001t0002g0245 a0001c0001t0002g0248 a0001c0001t0002g0249 a0001c0001t0002g0250 a0001c0001t0002g0251 a0001c0001t0002g0252 a0001c0001t0002g0255 a0001c0001t0005g0242 a0001c0001t0005g0244 a0001c0001t0005g0246 a0001c0001t0005g0247 a0001c0001t0005g0253 a0001c0001t0022g0256 a0001c0001t0022g0257 a0001c0001t0042g0254	18	310	0.0581	-5	c.31+ others(22): Show c.31+15776_31+15780delTGAAG	BMAL2	ENSG00000029153.15	transcript	ENST00000266503.10	protein_coding	1/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
BMAL2_chr12_27327836_27430286	27362180	TTTTGA TTTTGA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03017.hp1 HG03834.hp1 HG03942.hp2 HG03017.hp1 HG03834.hp1 HG03942.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0003c0003 a0001c0001 a0003c0003	a0001c0001t0002 a0003c0003t0043 a0001c0001t0002 a0003c0003t0043	a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0014 a0003c0003t0043g0013 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0014 a0003c0003t0043g0013	3	310	0.0097	-5	c.32- others(20): Show c.32-6077_32-6073delATTTG	BMAL2	ENSG00000029153.15	transcript	ENST00000266503.10	protein_coding	1/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
BMAL2_chr12_27327836_27430286	27377000	CAAAAA CAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 others(88): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00438.hp1 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02071.hp2 HG02155.hp2 HG02258.hp1 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp2 HG02572.hp2 HG02630.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02886.hp1 HG02896.hp2 HG02922.hp1 HG02976.hp1 HG03017.hp2 HG03139.hp2 HG03453.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03579.hp1 HG03669.hp2 HG03710.hp2 HG03927.hp2 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp1 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18939.hp2 NA18951.hp1 NA18952.hp1 NA18961.hp2 NA18964.hp1 NA18965.hp1 NA18965.hp2 NA18971.hp1 NA18977.hp1 NA18979.hp2 NA18981.hp1 NA18984.hp2 NA18990.hp1 NA18995.hp2 NA19004.hp2 NA19010.hp2 NA19012.hp2 NA19043.hp2 NA19055.hp2 NA19062.hp2 NA19064.hp2 NA19072.hp1 NA19079.hp2 NA19082.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 a0001c0001t0025 a0001c0001t0033 a0001c0001t0035 a0001c0001t0038 a0001c0001t0040 a0001c0001t0041 a0002c0002t0007 a0002c0002t0011	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0100 others(86): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0167 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0002g0098 a0001c0001t0002g0101 a0001c0001t0002g0104 a0001c0001t0002g0108 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0002g0117 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0156 a0001c0001t0002g0162 a0001c0001t0002g0178 a0001c0001t0002g0187 a0001c0001t0002g0189 a0001c0001t0002g0190 a0001c0001t0002g0197 a0001c0001t0002g0199 a0001c0001t0002g0203 a0001c0001t0002g0209 a0001c0001t0002g0211 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0215 a0001c0001t0002g0229 a0001c0001t0004g0102 a0001c0001t0004g0111 a0001c0001t0004g0126 a0001c0001t0004g0158 a0001c0001t0004g0159 a0001c0001t0004g0192 a0001c0001t0005g0165 a0001c0001t0006g0008 a0001c0001t0006g0103 a0001c0001t0010g0188 a0001c0001t0013g0193 a0001c0001t0014g0213 a0001c0001t0014g0216 a0001c0001t0014g0217 a0001c0001t0015g0181 a0001c0001t0015g0184 a0001c0001t0017g0155 a0001c0001t0017g0212 a0001c0001t0025g0195 a0001c0001t0033g0063 a0001c0001t0035g0161 a0001c0001t0038g0183 a0001c0001t0040g0202 a0001c0001t0041g0017 a0002c0002t0007g0006 a0002c0002t0007g0125 a0002c0002t0011g0168	91	310	0.2936	-5	c.326 others(20): Show c.326+633_326+637delAAAAA	BMAL2	ENSG00000029153.15	transcript	ENST00000266503.10	protein_coding	4/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
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