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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
CACNA2D3_chr3_54117552_55079557	54927292	GTTTAA GTTTAA	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02109.hp1 HG02258.hp2 NA19043.hp2 HG02109.hp1 HG02258.hp2 NA19043.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0007 a0001c0012 a0001c0001 a0001c0007 a0001c0012	a0001c0001t0012 a0001c0007t0001 a0001c0012t0011 a0001c0001t0012 a0001c0007t0001 a0001c0012t0011	a0001c0001t0012g0063 a0001c0007t0001g0043 a0001c0012t0011g0036 a0001c0001t0012g0063 a0001c0007t0001g0043 a0001c0012t0011g0036	3	118	0.0254	-5	c.244 others(26): Show c.2449+27429_2449+27433delATTTA	CACNA2D3	ENSG00000157445.16	transcript	ENST00000474759.6	protein_coding	27/37		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
CACNA2D3_chr3_54117552_55079557	54957440	CACCCA CACCCA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02280.hp1 HG02622.hp1 HG03195.hp2 others(1): Show HG02280.hp1 HG02622.hp1 HG03195.hp2 NA18906.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001	a0001c0001t0001g0034 a0001c0003t0001g0094 a0001c0004t0001g0022 others(1): Show a0001c0001t0001g0034 a0001c0003t0001g0094 a0001c0004t0001g0022 a0001c0004t0001g0095	4	118	0.0339	-5	c.245 others(26): Show c.2450-11006_2450-11002delCAACC	CACNA2D3	ENSG00000157445.16	transcript	ENST00000474759.6	protein_coding	27/37		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
CACNA2D3_chr3_54117552_55079557	54998713	TTTTTG TTTTTG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00673.hp1 others(33): Show HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG01106.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01884.hp2 HG01934.hp1 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02486.hp1 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02895.hp2 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03195.hp2 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03579.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA19030.hp2 NA19043.hp1 NA20752.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(18): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006 a0001c0008 a0001c0009 a0001c0010 a0001c0011 a0001c0024 a0001c0025 a0001c0027 a0001c0030 a0001c0034 a0001c0035 a0001c0037 a0001c0038 a0001c0041 a0001c0042 a0001c0043	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0004 others(21): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0004 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0001c0005t0001 a0001c0005t0003 a0001c0006t0001 a0001c0008t0001 a0001c0009t0001 a0001c0010t0006 a0001c0011t0001 a0001c0011t0006 a0001c0024t0001 a0001c0025t0004 a0001c0027t0001 a0001c0030t0001 a0001c0034t0001 a0001c0035t0001 a0001c0037t0004 a0001c0038t0010 a0001c0041t0001 a0001c0042t0001 a0001c0043t0001	a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 others(33): Show a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0002g0003 a0001c0002t0004g0001 a0001c0003t0001g0026 a0001c0003t0001g0094 a0001c0004t0001g0022 a0001c0004t0001g0050 a0001c0004t0001g0095 a0001c0005t0001g0005 a0001c0005t0003g0055 a0001c0006t0001g0009 a0001c0008t0001g0074 a0001c0009t0001g0013 a0001c0009t0001g0113 a0001c0010t0006g0062 a0001c0011t0001g0099 a0001c0011t0006g0056 a0001c0024t0001g0069 a0001c0025t0004g0106 a0001c0027t0001g0014 a0001c0030t0001g0028 a0001c0034t0001g0086 a0001c0035t0001g0049 a0001c0037t0004g0019 a0001c0038t0010g0059 a0001c0041t0001g0085 a0001c0042t0001g0078 a0001c0043t0001g0051	36	118	0.3051	-5	c.269 others(24): Show c.2691-6005_2691-6001delGTTTT	CACNA2D3	ENSG00000157445.16	transcript	ENST00000474759.6	protein_coding	31/37		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
CACNA2D3_chr3_54117552_55079557	55037165	CAAAAG CAAAAG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01934.hp1 HG02630.hp2 HG02976.hp1 others(3): Show HG01934.hp1 HG02630.hp2 HG02976.hp1 HG03486.hp1 NA18906.hp1 NA19043.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0010 a0001c0025 others(1): Show a0001c0001 a0001c0010 a0001c0025 a0001c0037	a0001c0001t0001 a0001c0001t0012 a0001c0010t0003 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0012 a0001c0010t0003 a0001c0010t0006 a0001c0025t0004 a0001c0037t0004	a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0012g0063 a0001c0010t0003g0057 others(3): Show a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0012g0063 a0001c0010t0003g0057 a0001c0010t0006g0062 a0001c0025t0004g0106 a0001c0037t0004g0019	6	118	0.0509	-5	c.298 others(26): Show c.2987+18851_2987+18855delAAGAA	CACNA2D3	ENSG00000157445.16	transcript	ENST00000474759.6	protein_coding	35/37		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
CACNA2D3_chr3_54117552_55079557	55044465	CTAACT CTAACT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp2 HG03098.hp2 HG01884.hp2 HG03098.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0038 a0001c0001 a0001c0038	a0001c0001t0001 a0001c0038t0010 a0001c0001t0001 a0001c0038t0010	a0001c0001t0001g0089 a0001c0038t0010g0059 a0001c0001t0001g0089 a0001c0038t0010g0059	2	118	0.0170	-5	c.298 others(26): Show c.2987+26151_2987+26155delACTTA	CACNA2D3	ENSG00000157445.16	transcript	ENST00000474759.6	protein_coding	35/37		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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