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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CAMK2D_chr4_113446032_113766738	113603199	GTTATT GTTATT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG02922.hp1 HG03098.hp2 others(2): Show HG01891.hp1 HG02922.hp1 HG03098.hp2 HG03139.hp2 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 a0001c0001t0005 a0001c0001t0010	a0001c0001t0005g0030 a0001c0001t0005g0081 a0001c0001t0005g0157 others(2): Show a0001c0001t0005g0030 a0001c0001t0005g0081 a0001c0001t0005g0157 a0001c0001t0005g0158 a0001c0001t0010g0174	5	278	0.0180	-5	c.275 others(22): Show c.275+5948_275+5952delAATAA	CAMK2D	ENSG00000145349.20	transcript	ENST00000511664.6	protein_coding	4/20			chr4	TogoVar
CAMK2D_chr4_113446032_113766738	113670445	CTTTAT CTTTAT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp2 others(50): Show HG00408.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp2 HG00741.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01496.hp1 HG02071.hp2 HG02148.hp1 HG02155.hp1 HG02258.hp1 HG02523.hp1 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp1 HG02976.hp1 HG03471.hp1 HG03492.hp2 HG03710.hp2 HG03834.hp1 HG04184.hp1 NA18612.hp2 NA18747.hp1 NA18940.hp2 NA18944.hp2 NA18951.hp1 NA18953.hp1 NA18953.hp2 NA18960.hp2 NA18962.hp2 NA18968.hp1 NA18977.hp1 NA18980.hp1 NA18993.hp1 NA18995.hp1 NA19001.hp2 NA19002.hp2 NA19007.hp1 NA19009.hp2 NA19012.hp1 NA19065.hp1 NA19066.hp1 NA19072.hp2 NA19074.hp2 NA19084.hp1 NA19085.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0003c0006 a0001c0001 a0003c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(19): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0018 a0001c0001t0021 a0001c0001t0028 a0001c0001t0031 a0001c0001t0061 a0001c0001t0066 a0001c0001t0067 a0001c0001t0074 a0001c0001t0076 a0001c0001t0078 a0003c0006t0022	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0071 others(49): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0002g0191 a0001c0001t0002g0193 a0001c0001t0002g0198 a0001c0001t0002g0200 a0001c0001t0002g0217 a0001c0001t0002g0224 a0001c0001t0002g0225 a0001c0001t0002g0226 a0001c0001t0002g0247 a0001c0001t0002g0250 a0001c0001t0002g0253 a0001c0001t0002g0254 a0001c0001t0002g0255 a0001c0001t0002g0257 a0001c0001t0003g0084 a0001c0001t0003g0088 a0001c0001t0003g0125 a0001c0001t0006g0222 a0001c0001t0009g0207 a0001c0001t0009g0214 a0001c0001t0009g0244 a0001c0001t0010g0175 a0001c0001t0011g0066 a0001c0001t0012g0014 a0001c0001t0012g0020 a0001c0001t0012g0021 a0001c0001t0012g0022 a0001c0001t0012g0026 a0001c0001t0012g0027 a0001c0001t0013g0142 a0001c0001t0015g0227 a0001c0001t0016g0015 a0001c0001t0018g0215 a0001c0001t0018g0216 a0001c0001t0018g0230 a0001c0001t0021g0029 a0001c0001t0028g0090 a0001c0001t0028g0091 a0001c0001t0031g0251 a0001c0001t0061g0122 a0001c0001t0066g0270 a0001c0001t0067g0204 a0001c0001t0074g0248 a0001c0001t0076g0245 a0001c0001t0078g0219 a0003c0006t0022g0024	53	278	0.1907	-5	c.161 others(22): Show c.161-8678_161-8674delATAAA	CAMK2D	ENSG00000145349.20	transcript	ENST00000511664.6	protein_coding	2/20			chr4	TogoVar
CAMK2D_chr4_113446032_113766738	113688910	CAAAAA CAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 others(17): Show HG00099.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG01074.hp2 HG01975.hp2 HG02109.hp2 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02451.hp1 HG02572.hp1 HG02895.hp1 HG02965.hp1 HG03017.hp1 HG03209.hp2 HG03453.hp2 HG03540.hp2 HG06807.hp1 NA18949.hp1 NA18953.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0032 a0001c0001t0041 a0001c0001t0049 a0001c0001t0058	a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0001g0113 others(17): Show a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0004g0078 a0001c0001t0004g0146 a0001c0001t0005g0053 a0001c0001t0005g0121 a0001c0001t0007g0048 a0001c0001t0007g0171 a0001c0001t0011g0066 a0001c0001t0011g0145 a0001c0001t0032g0203 a0001c0001t0032g0205 a0001c0001t0041g0009 a0001c0001t0049g0044 a0001c0001t0058g0132	20	278	0.0719	-5	c.161 others(24): Show c.161-27143_161-27139delTTTTT	CAMK2D	ENSG00000145349.20	transcript	ENST00000511664.6	protein_coding	2/20			chr4	TogoVar
CAMK2D_chr4_113446032_113766738	113692890	TAAAAC TAAAAC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02976.hp2 HG03540.hp1 NA20300.hp2 HG02976.hp2 HG03540.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0029 a0001c0001t0034 a0001c0001t0029 a0001c0001t0034	a0001c0001t0029g0185 a0001c0001t0029g0186 a0001c0001t0034g0002 a0001c0001t0029g0185 a0001c0001t0029g0186 a0001c0001t0034g0002	3	278	0.0108	-5	c.161 others(24): Show c.161-31123_161-31119delGTTTT	CAMK2D	ENSG00000145349.20	transcript	ENST00000511664.6	protein_coding	2/20			chr4	TogoVar
CAMK2D_chr4_113446032_113766738	113715326	CTTAAT CTTAAT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02630.hp2 HG02976.hp2 HG03540.hp1 others(1): Show HG02630.hp2 HG02976.hp2 HG03540.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0027 a0001c0001t0029 a0001c0001t0034 a0001c0001t0027 a0001c0001t0029 a0001c0001t0034	a0001c0001t0027g0037 a0001c0001t0029g0185 a0001c0001t0029g0186 others(1): Show a0001c0001t0027g0037 a0001c0001t0029g0185 a0001c0001t0029g0186 a0001c0001t0034g0002	4	278	0.0144	-5	c.160 others(24): Show c.160+43989_160+43993delATTAA	CAMK2D	ENSG00000145349.20	transcript	ENST00000511664.6	protein_coding	2/20			chr4	TogoVar
CAMK2D_chr4_113446032_113766738	113717198	TTTTAA TTTTAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03130.hp2 HG03486.hp1 HG03579.hp2 others(2): Show HG03130.hp2 HG03486.hp1 HG03579.hp2 NA18906.hp1 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0037 others(2): Show a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0065	a0001c0001t0035g0006 a0001c0001t0036g0003 a0001c0001t0037g0004 others(2): Show a0001c0001t0035g0006 a0001c0001t0036g0003 a0001c0001t0037g0004 a0001c0001t0038g0005 a0001c0001t0065g0190	5	278	0.0180	-5	c.160 others(24): Show c.160+42117_160+42121delTTAAA	CAMK2D	ENSG00000145349.20	transcript	ENST00000511664.6	protein_coding	2/20			chr4	TogoVar
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