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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
CACNG3_chr16_24251335_24367412	24297987	CTGTGTG CTGTGTG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01074.hp1 HG02647.hp2 NA19004.hp1 others(1): Show HG01074.hp1 HG02647.hp2 NA19004.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0284 others(1): Show a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0001g0347	4	366	0.0109	-6	c.211 others(25): Show c.211+41052_211+41057delGTGTGT	CACNG3	ENSG00000006116.4	transcript	ENST00000005284.4	protein_coding	1/3		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr16	TogoVar
CACNG3_chr16_24251335_24367412	24305320	ATGTGTG ATGTGTG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp1 HG01358.hp1 HG01884.hp1 others(54): Show HG00544.hp1 HG01358.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02080.hp2 HG02280.hp1 HG02486.hp1 HG02723.hp1 HG02738.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02970.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03139.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03516.hp2 HG03654.hp1 HG03927.hp1 HG04199.hp1 HG04204.hp1 HG04204.hp2 HG04228.hp2 HG06807.hp1 NA18939.hp1 NA18942.hp2 NA18946.hp1 NA18946.hp2 NA18951.hp1 NA18951.hp2 NA18953.hp2 NA18955.hp1 NA18960.hp1 NA18968.hp2 NA18969.hp1 NA18969.hp2 NA18972.hp1 NA18972.hp2 NA18974.hp1 NA18979.hp1 NA18992.hp2 NA18997.hp2 NA19002.hp1 NA19056.hp2 NA19068.hp2 NA19081.hp1 NA19091.hp1 NA19240.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0016 others(54): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0180 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0214 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0222 a0001c0001t0001g0223 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0001g0262 a0001c0001t0001g0269 a0001c0001t0001g0270 a0001c0001t0001g0271 a0001c0001t0001g0273 a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0279 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0296 a0001c0001t0001g0297 a0001c0001t0001g0327 a0001c0001t0001g0338 a0001c0001t0001g0344 a0001c0001t0001g0356 a0001c0001t0001g0357 a0001c0001t0001g0360 a0001c0001t0001g0363 a0001c0001t0002g0072 a0001c0001t0002g0191 a0001c0001t0002g0352 a0001c0002t0001g0361	57	366	0.1557	-6	c.212 others(25): Show c.212-41372_212-41367delGTGTGT	CACNG3	ENSG00000006116.4	transcript	ENST00000005284.4	protein_coding	1/3		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr16	TogoVar
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