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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CDHR3_chr7_105958264_106041432	106038144	AGTGTGT AGTGTGT	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02886.hp1 NA18947.hp2 NA21309.hp1 HG02886.hp1 NA18947.hp2 NA21309.hp1	a0003 a0004 a0005 a0003 a0004 a0005	a0003c0008 a0004c0013 a0005c0014 a0003c0008 a0004c0013 a0005c0014	a0003c0008t0004 a0004c0013t0004 a0005c0014t0004 a0003c0008t0004 a0004c0013t0004 a0005c0014t0004	a0003c0008t0004g0310 a0004c0013t0004g0058 a0005c0014t0004g0189 a0003c0008t0004g0310 a0004c0013t0004g0058 a0005c0014t0004g0189	3	358	0.0084	-6	c.54 others(17): Show c.5448_*5453delGTGTGT		CDHR3	ENSG00000128536.16	transcript	ENST00000317716.14	protein_coding					1713		chr7	TogoVar
CDHR3_chr7_105958264_106041432	106038157	GTGTATA GTGTATA	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01071.hp2 HG01175.hp1 HG01258.hp1 others(10): Show HG01071.hp2 HG01175.hp1 HG01258.hp1 HG01358.hp2 HG01496.hp1 HG02027.hp1 HG02056.hp2 HG02145.hp1 HG02280.hp2 HG02622.hp1 HG03098.hp1 NA18979.hp2 NA20905.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0005 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0005	a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0026 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0026 a0002c0005t0002	a0001c0001t0002g0026 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0066 others(10): Show a0001c0001t0002g0026 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0066 a0001c0001t0002g0067 a0001c0001t0002g0068 a0001c0001t0002g0212 a0001c0001t0002g0324 a0001c0001t0002g0339 a0001c0002t0002g0121 a0001c0002t0002g0127 a0001c0002t0002g0249 a0001c0002t0026g0030 a0002c0005t0002g0171	13	358	0.0363	-6	c.54 others(17): Show c.5461_*5466delTGTATA		CDHR3	ENSG00000128536.16	transcript	ENST00000317716.14	protein_coding					1726		chr7	TogoVar
CDHR3_chr7_105958264_106041432	106038159	GTATATA GTATATA	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 others(73): Show HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00544.hp1 HG00642.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01071.hp1 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01175.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG01993.hp1 HG02132.hp2 HG02165.hp2 HG02622.hp2 HG02698.hp2 HG02735.hp2 HG02896.hp2 HG02970.hp1 HG03017.hp1 HG03017.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03540.hp2 HG03669.hp2 HG03688.hp2 HG04184.hp2 NA18612.hp1 NA18612.hp2 NA18941.hp1 NA18948.hp1 NA18951.hp2 NA18952.hp1 NA18952.hp2 NA18953.hp2 NA18954.hp1 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18959.hp1 NA18960.hp1 NA18961.hp2 NA18962.hp1 NA18962.hp2 NA18963.hp2 NA18965.hp2 NA18980.hp1 NA18981.hp2 NA18983.hp2 NA18984.hp2 NA18995.hp2 NA19000.hp1 NA19001.hp1 NA19005.hp2 NA19010.hp2 NA19011.hp2 NA19060.hp1 NA19063.hp1 NA19064.hp2 NA19066.hp2 NA19082.hp1 NA19091.hp2 NA20905.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0003 others(3): Show a0001 a0002 a0003 a0004 a0005 a0011	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(12): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0015 a0001c0020 a0002c0005 a0002c0007 a0002c0016 a0002c0018 a0002c0025 a0003c0006 a0003c0008 a0004c0011 a0005c0014 a0011c0037	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(18): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0002t0001 a0001c0002t0008 a0001c0002t0022 a0001c0003t0001 a0001c0015t0001 a0001c0020t0005 a0002c0005t0001 a0002c0005t0008 a0002c0007t0001 a0002c0016t0001 a0002c0016t0024 a0002c0018t0001 a0002c0025t0001 a0003c0006t0003 a0003c0008t0003 a0004c0011t0025 a0005c0014t0006 a0011c0037t0002	a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0059 others(73): Show a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0001g0340 a0001c0001t0002g0260 a0001c0001t0002g0312 a0001c0001t0002g0343 a0001c0001t0005g0265 a0001c0002t0001g0022 a0001c0002t0001g0023 a0001c0002t0001g0031 a0001c0002t0001g0064 a0001c0002t0001g0083 a0001c0002t0001g0138 a0001c0002t0001g0139 a0001c0002t0001g0205 a0001c0002t0001g0238 a0001c0002t0001g0239 a0001c0002t0001g0241 a0001c0002t0001g0246 a0001c0002t0001g0259 a0001c0002t0001g0261 a0001c0002t0001g0274 a0001c0002t0001g0275 a0001c0002t0001g0276 a0001c0002t0001g0281 a0001c0002t0008g0272 a0001c0002t0008g0288 a0001c0002t0022g0111 a0001c0003t0001g0266 a0001c0015t0001g0122 a0001c0015t0001g0123 a0001c0015t0001g0250 a0001c0020t0005g0042 a0002c0005t0001g0039 a0002c0005t0001g0148 a0002c0005t0001g0155 a0002c0005t0001g0156 a0002c0005t0001g0159 a0002c0005t0001g0162 a0002c0005t0001g0173 a0002c0005t0001g0181 a0002c0005t0001g0197 a0002c0005t0001g0257 a0002c0005t0008g0198 a0002c0007t0001g0146 a0002c0007t0001g0169 a0002c0007t0001g0187 a0002c0007t0001g0188 a0002c0007t0001g0192 a0002c0007t0001g0209 a0002c0016t0001g0179 a0002c0016t0024g0175 a0002c0018t0001g0231 a0002c0025t0001g0153 a0003c0006t0003g0243 a0003c0008t0003g0101 a0004c0011t0025g0005 a0005c0014t0006g0185 a0011c0037t0002g0311	76	358	0.2123	-6	c.54 others(17): Show c.5463_*5468delTATATA		CDHR3	ENSG00000128536.16	transcript	ENST00000317716.14	protein_coding					1728		chr7	TogoVar
CDHR4_chr3_49785732_49804873	49790111	TTCTCTC TTCTCTC	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG00544.hp1 others(40): Show HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00609.hp1 HG00735.hp2 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG01496.hp1 HG01516.hp2 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01952.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG02004.hp2 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02109.hp1 HG02559.hp2 HG02615.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG03098.hp2 HG03490.hp2 HG03492.hp2 HG03654.hp2 HG03688.hp2 HG04228.hp2 NA18946.hp2 NA18995.hp1 NA19003.hp1 NA19078.hp2 NA19090.hp1 NA19090.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0002 a0006 a0001 a0002 a0006	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0006 a0002c0003 a0006c0009	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0004t0001 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0004t0001 a0001c0006t0001 a0002c0003t0001 a0006c0009t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0012 others(16): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0049 a0001c0002t0001g0007 a0001c0002t0001g0010 a0001c0002t0001g0017 a0001c0002t0001g0018 a0001c0002t0001g0019 a0001c0002t0001g0031 a0001c0002t0001g0076 a0001c0002t0001g0079 a0001c0004t0001g0006 a0001c0006t0001g0022 a0002c0003t0001g0004 a0006c0009t0001g0053	43	354	0.1215	-6	c.71 others(15): Show c.715_*720delGAGAGA		CDHR4	ENSG00000187492.9	transcript	ENST00000412678.7	protein_coding					620		chr3	TogoVar
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