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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AP1AR_chr4_112226787_112278110	112277723	AAATGAT AAATGAT	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(233): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00323.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00673.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02080.hp2 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02148.hp1 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