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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
BGN_chrX_153489980_153514546	153512636	ATCACAC ATCACAC	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02602.hp1 HG02602.hp1	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0003	a0001c0003t0083 a0001c0003t0083	a0001c0003t0083g0083 a0001c0003t0083g0083	1	321	0.0031	-6	c.41 others(17): Show c.4192_*4197delTCACAC	BGN	ENSG00000182492.16	transcript	ENST00000331595.9	protein_coding		3091		chrX	TogoVar
BGN_chrX_153489980_153514546	153512836	ACACACT ACACACT	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG02055.hp1 HG02451.hp2 others(2): Show HG00735.hp2 HG02055.hp1 HG02451.hp2 HG02922.hp1 HG03486.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0008 a0001c0001t0017 a0001c0003t0008 others(2): Show a0001c0001t0008 a0001c0001t0017 a0001c0003t0008 a0001c0003t0058 a0001c0003t0061	a0001c0001t0008g0020 a0001c0001t0017g0020 a0001c0003t0008g0068 others(2): Show a0001c0001t0008g0020 a0001c0001t0017g0020 a0001c0003t0008g0068 a0001c0003t0058g0197 a0001c0003t0061g0198	5	321	0.0156	-6	c.43 others(17): Show c.4392_*4397delCACACT	BGN	ENSG00000182492.16	transcript	ENST00000331595.9	protein_coding		3291		chrX	TogoVar
BHLHA9_chr17_1265444_1276815	1275491	TGTGTGA TGTGTGA	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02922.hp2 HG03195.hp1 others(2): Show HG02258.hp1 HG02922.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004	a0001c0002t0001g0000 a0001c0002t0004g0000 a0001c0002t0001g0000 a0001c0002t0004g0000	5	442	0.0113	-6	c.42 others(17): Show c.4221_*4226delGTGTGA	BHLHA9	ENSG00000205899.4	transcript	ENST00000391429.2	protein_coding		3677		chr17	TogoVar
BHLHA9_chr17_1265444_1276815	1275804	TGTGTGA TGTGTGA	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02683.hp1 HG02970.hp1 HG03688.hp1 HG02683.hp1 HG02970.hp1 HG03688.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0002t0008 a0001c0001t0001 a0001c0002t0008	a0001c0001t0001g0000 a0001c0002t0008g0000 a0001c0001t0001g0000 a0001c0002t0008g0000	3	442	0.0068	-6	c.45 others(17): Show c.4534_*4539delGTGTGA	BHLHA9	ENSG00000205899.4	transcript	ENST00000391429.2	protein_coding		3990		chr17	TogoVar
BHLHE22_chr8_64575365_64588627	64588187	ACATAAC ACATAAC	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG01243.hp1 HG02055.hp1 others(11): Show HG00741.hp2 HG01243.hp1 HG02055.hp1 HG02280.hp1 HG02559.hp2 HG02717.hp2 HG02895.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG03041.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03516.hp2 HG03579.hp2	a0003 a0008 a0003 a0008	a0003c0003 a0008c0009 a0003c0003 a0008c0009	a0003c0003t0001 a0003c0003t0002 a0008c0009t0001 a0003c0003t0001 a0003c0003t0002 a0008c0009t0001	a0003c0003t0001g0000 a0003c0003t0002g0000 a0008c0009t0001g0000 a0003c0003t0001g0000 a0003c0003t0002g0000 a0008c0009t0001g0000	14	432	0.0324	-6	c.62 others(17): Show c.6252_*6257delCATAAC	BHLHE22	ENSG00000180828.3	transcript	ENST00000321870.3	protein_coding		4561		chr8	TogoVar
BHLHE40_chr3_4974437_4990323	4981185	TACACAC TACACAC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2 others(11): Show HG00099.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01978.hp2 HG02109.hp1 HG02622.hp2 HG02738.hp2 HG02895.hp1 HG02970.hp1 HG03834.hp2 NA18955.hp1 NA18997.hp2 NA20300.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0013 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0013 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0022 a0001c0001t0034 a0001c0001t0038 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0002c0004t0020	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0006g0034 a0001c0001t0013g0035 others(8): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0006g0034 a0001c0001t0013g0035 a0001c0001t0017g0007 a0001c0001t0018g0007 a0001c0001t0022g0007 a0001c0001t0034g0033 a0001c0001t0038g0051 a0001c0002t0002g0007 a0001c0002t0005g0044 a0002c0004t0020g0023	14	436	0.0321	-6	c.259 others(21): Show c.259-179_259-174delCACACA	BHLHE40	ENSG00000134107.5	transcript	ENST00000256495.4	protein_coding	3/4		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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