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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BMP7_chr20_57163753_57271641	57207811	GTTTTTT GTTTTTT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(104): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG00738.hp1 HG01071.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01243.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01884.hp2 HG01943.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02015.hp2 HG02056.hp2 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02148.hp1 HG02451.hp1 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02615.hp2 HG02698.hp1 HG02723.hp1 HG02809.hp1 HG02895.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03139.hp1 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03453.hp2 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03669.hp1 HG03669.hp2 HG03831.hp1 HG03831.hp2 HG03927.hp1 HG03942.hp1 HG03942.hp2 HG04204.hp1 HG04228.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp2 NA18612.hp2 NA18943.hp2 NA18944.hp2 NA18947.hp1 NA18947.hp2 NA18949.hp1 NA18949.hp2 NA18950.hp2 NA18952.hp2 NA18957.hp2 NA18959.hp1 NA18971.hp2 NA18980.hp2 NA19011.hp1 NA19056.hp2 NA19062.hp1 NA19062.hp2 NA19065.hp1 NA19066.hp2 NA19085.hp2 NA19088.hp2 NA19240.hp2 NA20300.hp1 NA20905.hp1 NA21309.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0007 others(2): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0007 a0001c0008 a0001c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(16): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0023 a0001c0001t0026 a0001c0004t0002 a0001c0007t0002 a0001c0008t0002 a0001c0009t0001	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0051 others(101): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0227 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0030 a0001c0001t0002g0066 a0001c0001t0002g0074 a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0002g0085 a0001c0001t0002g0086 a0001c0001t0002g0088 a0001c0001t0002g0089 a0001c0001t0002g0091 a0001c0001t0002g0092 a0001c0001t0002g0093 a0001c0001t0002g0106 a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0130 a0001c0001t0002g0135 a0001c0001t0002g0156 a0001c0001t0002g0159 a0001c0001t0002g0174 a0001c0001t0002g0184 a0001c0001t0002g0192 a0001c0001t0003g0029 a0001c0001t0003g0039 a0001c0001t0003g0043 a0001c0001t0003g0050 a0001c0001t0003g0097 a0001c0001t0003g0111 a0001c0001t0004g0253 a0001c0001t0005g0120 a0001c0001t0005g0121 a0001c0001t0005g0144 a0001c0001t0005g0158 a0001c0001t0005g0188 a0001c0001t0005g0189 a0001c0001t0005g0216 a0001c0001t0006g0232 a0001c0001t0006g0251 a0001c0001t0007g0020 a0001c0001t0007g0126 a0001c0001t0007g0131 a0001c0001t0007g0143 a0001c0001t0007g0182 a0001c0001t0007g0186 a0001c0001t0008g0003 a0001c0001t0008g0078 a0001c0001t0010g0118 a0001c0001t0015g0238 a0001c0001t0015g0239 a0001c0001t0016g0264 a0001c0001t0017g0125 a0001c0001t0018g0201 a0001c0001t0023g0038 a0001c0001t0026g0248 a0001c0004t0002g0127 a0001c0007t0002g0067 a0001c0008t0002g0058 a0001c0009t0001g0075	107	272	0.3934	-6	c.612 others(23): Show c.612-5194_612-5189delAAAAAA	BMP7	ENSG00000101144.13	transcript	ENST00000395863.8	protein_coding	2/6			chr20	TogoVar
BMP7_chr20_57163753_57271641	57209243	ATATTTT ATATTTT	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01496.hp1 HG02148.hp1 HG02698.hp1 others(2): Show HG01496.hp1 HG02148.hp1 HG02698.hp1 NA19056.hp2 NA19062.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0007t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0007t0002	a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0217 others(2): Show a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0008g0078 a0001c0007t0002g0067	5	272	0.0184	-6	c.612 others(23): Show c.612-6626_612-6621delAAAATA	BMP7	ENSG00000101144.13	transcript	ENST00000395863.8	protein_coding	2/6			chr20	TogoVar
BMP7_chr20_57163753_57271641	57209249	TTATATA TTATATA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02922.hp2 HG06807.hp2 NA18952.hp1 HG02922.hp2 HG06807.hp2 NA18952.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0002t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0002t0001	a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0003g0029 a0001c0002t0001g0016 a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0003g0029 a0001c0002t0001g0016	3	272	0.0110	-6	c.612 others(23): Show c.612-6632_612-6627delTATATA	BMP7	ENSG00000101144.13	transcript	ENST00000395863.8	protein_coding	2/6			chr20	TogoVar
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