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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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NTN1_chr17_9016510_9249000	9036383	CTTTTTTT CTTTTTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(106): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00323.hp1 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01243.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp2 HG02055.hp2 HG02080.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02300.hp1 HG02572.hp1 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02630.hp2 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02738.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02897.hp2 HG02965.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03225.hp2 HG03239.hp2 HG03486.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03710.hp2 HG04204.hp1 NA18522.hp2 NA18941.hp1 NA18941.hp2 NA18948.hp2 NA18950.hp1 NA18955.hp2 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18959.hp2 NA18969.hp1 NA18970.hp1 NA18970.hp2 NA18973.hp1 NA18973.hp2 NA18983.hp1 NA18983.hp2 NA18984.hp2 NA18999.hp2 NA19004.hp2 NA19054.hp1 NA19054.hp2 NA19065.hp2 NA19088.hp2 NA19090.hp2 NA19091.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA20752.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(40): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0017 a0001c0001t0019 a0001c0001t0020 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0025 a0001c0001t0029 a0001c0001t0032 a0001c0001t0033 a0001c0001t0035 a0001c0001t0037 a0001c0001t0039 a0001c0001t0041 a0001c0001t0047 a0001c0001t0050 a0001c0001t0056 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0010 a0001c0002t0023 a0001c0002t0038 a0001c0002t0045 a0001c0002t0051 a0001c0002t0053 a0001c0003t0001 a0001c0003t0005 a0001c0003t0007 a0001c0003t0024 a0001c0004t0002 a0001c0004t0017 a0001c0005t0060 a0001c0006t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0037 others(106): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0002g0008 a0001c0001t0002g0036 a0001c0001t0002g0043 a0001c0001t0002g0048 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0060 a0001c0001t0002g0083 a0001c0001t0002g0088 a0001c0001t0002g0155 a0001c0001t0002g0159 a0001c0001t0002g0160 a0001c0001t0002g0167 a0001c0001t0003g0050 a0001c0001t0003g0059 a0001c0001t0003g0084 a0001c0001t0003g0085 a0001c0001t0003g0150 a0001c0001t0003g0152 a0001c0001t0004g0014 a0001c0001t0004g0054 a0001c0001t0005g0045 a0001c0001t0005g0133 a0001c0001t0005g0135 a0001c0001t0006g0062 a0001c0001t0006g0170 a0001c0001t0007g0049 a0001c0001t0007g0051 a0001c0001t0007g0240 a0001c0001t0009g0156 a0001c0001t0011g0154 a0001c0001t0011g0165 a0001c0001t0012g0137 a0001c0001t0012g0251 a0001c0001t0017g0249 a0001c0001t0019g0047 a0001c0001t0020g0064 a0001c0001t0020g0072 a0001c0001t0021g0010 a0001c0001t0021g0015 a0001c0001t0022g0245 a0001c0001t0025g0107 a0001c0001t0025g0182 a0001c0001t0029g0016 a0001c0001t0032g0241 a0001c0001t0033g0196 a0001c0001t0035g0158 a0001c0001t0037g0246 a0001c0001t0039g0013 a0001c0001t0041g0039 a0001c0001t0047g0040 a0001c0001t0050g0142 a0001c0001t0056g0238 a0001c0002t0001g0011 a0001c0002t0001g0012 a0001c0002t0001g0058 a0001c0002t0001g0141 a0001c0002t0001g0144 a0001c0002t0001g0146 a0001c0002t0001g0166 a0001c0002t0002g0138 a0001c0002t0002g0139 a0001c0002t0002g0140 a0001c0002t0003g0074 a0001c0002t0003g0075 a0001c0002t0003g0132 a0001c0002t0003g0193 a0001c0002t0010g0134 a0001c0002t0010g0145 a0001c0002t0023g0105 a0001c0002t0038g0130 a0001c0002t0045g0073 a0001c0002t0051g0164 a0001c0002t0053g0131 a0001c0003t0001g0069 a0001c0003t0001g0086 a0001c0003t0005g0068 a0001c0003t0007g0087 a0001c0003t0024g0106 a0001c0004t0002g0032 a0001c0004t0002g0066 a0001c0004t0017g0052 a0001c0005t0060g0108 a0001c0006t0001g0191	109	258	0.4225	-7	c.101 others(28): Show c.1018+13013_1018+13019delTTTTTTT	NTN1	ENSG00000065320.9	transcript	ENST00000173229.7	protein_coding	2/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
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