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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CACNB2_chr10_18135424_18548557	18290112	CTTTTTTT CTTTTTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01496.hp2 HG02040.hp2 HG02280.hp1 others(6): Show HG01496.hp2 HG02040.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02300.hp2 HG02818.hp1 HG03453.hp1 NA18994.hp2 NA19082.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0012 a0001c0001t0037 a0001c0002t0002 a0001c0004t0010	a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0003g0173 a0001c0001t0004g0153 others(6): Show a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0003g0173 a0001c0001t0004g0153 a0001c0001t0004g0166 a0001c0001t0012g0003 a0001c0001t0037g0194 a0001c0002t0002g0035 a0001c0002t0002g0091 a0001c0004t0010g0122	9	200	0.0450	-7	c.214 others(28): Show c.214-111791_214-111785delTTTTTTT	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	2/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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CACNB2_chr10_18135424_18548557	18492632	AAAAAAAG AAAAAAAG	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG01243.hp2 HG01943.hp1 others(11): Show HG00423.hp1 HG01243.hp2 HG01943.hp1 HG02056.hp2 HG02083.hp2 HG02717.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp2 HG03942.hp2 HG04199.hp1 HG04199.hp2 NA18985.hp2 NA18989.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0002t0002 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0002t0026 a0001c0002t0058 a0002c0003t0053	a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0098 others(11): Show a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0003g0047 a0001c0002t0002g0042 a0001c0002t0002g0092 a0001c0002t0005g0038 a0001c0002t0005g0057 a0001c0002t0005g0100 a0001c0002t0005g0118 a0001c0002t0005g0137 a0001c0002t0026g0015 a0001c0002t0058g0159 a0002c0003t0053g0027	14	200	0.0700	-7	c.334 others(24): Show c.334-5716_334-5710delGAAAAAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	3/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18522877	CAAAAAAA CAAAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp2 others(3): Show HG01243.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG02280.hp2 HG02622.hp1 HG02896.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0003 a0001c0001 a0002c0003	a0001c0001t0023 a0001c0001t0033 a0002c0003t0024 others(2): Show a0001c0001t0023 a0001c0001t0033 a0002c0003t0024 a0002c0003t0052 a0002c0003t0053	a0001c0001t0023g0191 a0001c0001t0023g0192 a0001c0001t0033g0130 others(3): Show a0001c0001t0023g0191 a0001c0001t0023g0192 a0001c0001t0033g0130 a0002c0003t0024g0110 a0002c0003t0052g0024 a0002c0003t0053g0027	6	200	0.0300	-7	c.944 others(24): Show c.944+3939_944+3945delAAAAAAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	9/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18335709_18548557	18464418	TAAAAAAA TAAAAAAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG00741.hp2 HG01167.hp1 others(20): Show HG00642.hp2 HG00741.hp2 HG01167.hp1 HG01192.hp1 HG01884.hp1 HG02055.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02257.hp1 HG02451.hp1 HG02572.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02647.hp2 HG02723.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp1 HG03041.hp1 HG03139.hp1 HG03579.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(11): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0012 a0001c0001t0016 a0001c0001t0025 a0001c0001t0031 a0001c0001t0061 a0001c0002t0002 a0001c0002t0011 a0001c0004t0028 a0002c0003t0023 a0002c0003t0070	a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0003g0181 a0001c0001t0003g0265 others(20): Show a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0003g0181 a0001c0001t0003g0265 a0001c0001t0005g0012 a0001c0001t0005g0236 a0001c0001t0007g0179 a0001c0001t0007g0252 a0001c0001t0012g0182 a0001c0001t0016g0224 a0001c0001t0016g0238 a0001c0001t0016g0273 a0001c0001t0025g0241 a0001c0001t0031g0232 a0001c0001t0061g0180 a0001c0002t0002g0109 a0001c0002t0002g0203 a0001c0002t0011g0221 a0001c0002t0011g0260 a0001c0002t0011g0261 a0001c0002t0011g0262 a0001c0004t0028g0187 a0002c0003t0023g0292 a0002c0003t0070g0185	23	302	0.0762	-7	c.172 others(26): Show c.172-33921_172-33915delAAAAAAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000377329.10	protein_coding	2/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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