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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
CALN1_chr7_71774491_72417338	72032052	CTTTTTTT CTTTTTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG01081.hp1 HG01258.hp1 others(28): Show HG00639.hp2 HG01081.hp1 HG01258.hp1 HG01361.hp2 HG01884.hp2 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02257.hp1 HG02486.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp2 HG02683.hp1 HG02723.hp1 HG02809.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp2 HG03130.hp1 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03453.hp1 HG03540.hp2 HG03704.hp1 HG06807.hp1 NA18948.hp1 NA18962.hp1 NA18975.hp1 NA18990.hp1 NA19002.hp1 NA19240.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(18): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0020 a0001c0001t0025 a0001c0001t0026 a0001c0001t0028 a0001c0001t0033 a0001c0001t0037 a0001c0001t0042 a0001c0001t0045 a0001c0001t0049 a0001c0001t0056	a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0120 others(28): Show a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0002g0090 a0001c0001t0002g0113 a0001c0001t0003g0065 a0001c0001t0004g0066 a0001c0001t0004g0071 a0001c0001t0004g0073 a0001c0001t0004g0100 a0001c0001t0009g0029 a0001c0001t0009g0031 a0001c0001t0010g0114 a0001c0001t0012g0011 a0001c0001t0015g0042 a0001c0001t0017g0028 a0001c0001t0018g0126 a0001c0001t0019g0060 a0001c0001t0019g0070 a0001c0001t0020g0078 a0001c0001t0025g0014 a0001c0001t0026g0009 a0001c0001t0028g0013 a0001c0001t0033g0115 a0001c0001t0037g0072 a0001c0001t0042g0052 a0001c0001t0045g0099 a0001c0001t0049g0130 a0001c0001t0056g0137	31	142	0.2183	-7	c.389 others(24): Show c.389-8290_389-8284delAAAAAAA	CALN1	ENSG00000183166.12	transcript	ENST00000395275.7	protein_coding	4/6			chr7	TogoVar
CALN1_chr7_71774491_72417338	72044599	CTTTTTTT CTTTTTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG01433.hp2 NA19043.hp1 others(2): Show HG01109.hp2 HG01433.hp2 NA19043.hp1 NA19240.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0022 a0001c0001t0039 others(2): Show a0001c0001t0008 a0001c0001t0022 a0001c0001t0039 a0001c0001t0041 a0001c0001t0048	a0001c0001t0008g0027 a0001c0001t0022g0001 a0001c0001t0039g0030 others(2): Show a0001c0001t0008g0027 a0001c0001t0022g0001 a0001c0001t0039g0030 a0001c0001t0041g0069 a0001c0001t0048g0129	5	142	0.0352	-7	c.389 others(26): Show c.389-20837_389-20831delAAAAAAA	CALN1	ENSG00000183166.12	transcript	ENST00000395275.7	protein_coding	4/6			chr7	TogoVar
CALN1_chr7_71774491_72417338	72114340	TAACAACA TAACAACA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01496.hp2 HG03195.hp2 HG03654.hp1 HG01496.hp2 HG03195.hp2 HG03654.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0003g0123 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0003g0123	3	142	0.0211	-7	c.245 others(24): Show c.245-8053_245-8047delTGTTGTT	CALN1	ENSG00000183166.12	transcript	ENST00000395275.7	protein_coding	3/6			chr7	TogoVar
CALN1_chr7_71774491_72417338	72115484	CTTTTTTT CTTTTTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG00738.hp2 HG01081.hp2 others(8): Show HG00642.hp2 HG00738.hp2 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01168.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG02015.hp1 HG03490.hp2 HG03654.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0014 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0014 a0001c0001t0047	a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0053 others(8): Show a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0003g0044 a0001c0001t0003g0057 a0001c0001t0003g0058 a0001c0001t0014g0054 a0001c0001t0047g0128	11	142	0.0775	-7	c.245 others(24): Show c.245-9197_245-9191delAAAAAAA	CALN1	ENSG00000183166.12	transcript	ENST00000395275.7	protein_coding	3/6			chr7	TogoVar
CALN1_chr7_71774491_72417338	72347248	CCTTTTTT CCTTTTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02486.hp2 HG02717.hp2 HG02486.hp2 HG02717.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0049 a0001c0001t0002 a0001c0001t0049	a0001c0001t0002g0118 a0001c0001t0049g0130 a0001c0001t0002g0118 a0001c0001t0049g0130	2	142	0.0141	-7	c.119 others(26): Show c.119+55996_119+56002delAAAAAAG	CALN1	ENSG00000183166.12	transcript	ENST00000395275.7	protein_coding	2/6			chr7	TogoVar
CALR3_chr19_16474061_16501167	16495227	CAAAAAAA CAAAAAAA	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG01361.hp1 HG02148.hp2 others(3): Show HG01346.hp1 HG01361.hp1 HG02148.hp2 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19001.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0174 others(3): Show a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0242	6	370	0.0162	-7	c.193 others(22): Show c.193+517_193+523delTTTTTTT	CALR3	ENSG00000269058.6	transcript	ENST00000269881.8	protein_coding	2/8			chr19	TogoVar
CALR_chr19_12933609_12949489	12935574	CAAAAAAA CAAAAAAA	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2 others(8): Show HG00280.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01928.hp1 HG01993.hp1 HG02129.hp2 HG02273.hp2 HG02683.hp2 HG02717.hp2 HG03098.hp1 NA18906.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0006 a0001c0001 a0001c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0006t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0006t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0004g0003 others(1): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0004g0003 a0001c0006t0001g0003	11	350	0.0314	-7	c.-31 others(18): Show c.-3105_-3099delAAAAAAA	CALR	ENSG00000179218.15	transcript	ENST00000316448.10	protein_coding		3034		chr19	TogoVar
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