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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
EIF4G3_chr1_20801479_21181897	21125801	CACACTCT CACACTCT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01074.hp2 HG01516.hp2 HG04184.hp2 HG01074.hp2 HG01516.hp2 HG04184.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0003	a0001c0001t0003g0271 a0001c0001t0003g0272 a0001c0001t0003g0273 a0001c0001t0003g0271 a0001c0001t0003g0272 a0001c0001t0003g0273	3	312	0.0096	-7	c.-27 others(28): Show c.-271-36595_-271-36589delAGAGTGT	EIF4G3	ENSG00000075151.24	transcript	ENST00000602326.6	protein_coding	2/36			chr1	TogoVar
EIF4G3_chr1_20801479_21181897	21180154	CATATAAT CATATAAT	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00544.hp2 HG00673.hp2 HG01361.hp1 others(45): Show HG00544.hp2 HG00673.hp2 HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG02004.hp2 HG02040.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02280.hp1 HG02451.hp2 HG02523.hp2 HG02698.hp1 HG02723.hp1 HG03225.hp1 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03669.hp2 HG03831.hp1 HG03834.hp1 HG04115.hp2 HG04204.hp2 HG04228.hp1 NA18939.hp2 NA18948.hp1 NA18950.hp1 NA18952.hp2 NA18955.hp2 NA18957.hp2 NA18962.hp1 NA18965.hp1 NA18966.hp2 NA18975.hp1 NA18979.hp2 NA18980.hp2 NA18987.hp1 NA19000.hp2 NA19054.hp2 NA19056.hp2 NA19057.hp1 NA19060.hp1 NA19064.hp2 NA19065.hp1 NA19070.hp2 NA19087.hp2 NA19090.hp1 NA20752.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0012 others(3): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0012 a0001c0001t0016 a0001c0001t0027 a0001c0002t0026	a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0003g0027 a0001c0001t0003g0239 others(45): Show a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0003g0027 a0001c0001t0003g0239 a0001c0001t0003g0242 a0001c0001t0003g0243 a0001c0001t0003g0244 a0001c0001t0003g0245 a0001c0001t0003g0246 a0001c0001t0003g0248 a0001c0001t0003g0249 a0001c0001t0003g0250 a0001c0001t0003g0251 a0001c0001t0003g0252 a0001c0001t0003g0253 a0001c0001t0003g0254 a0001c0001t0003g0255 a0001c0001t0003g0256 a0001c0001t0003g0257 a0001c0001t0003g0258 a0001c0001t0003g0259 a0001c0001t0003g0260 a0001c0001t0003g0261 a0001c0001t0003g0262 a0001c0001t0003g0263 a0001c0001t0003g0264 a0001c0001t0003g0265 a0001c0001t0003g0266 a0001c0001t0003g0267 a0001c0001t0003g0268 a0001c0001t0003g0269 a0001c0001t0003g0270 a0001c0001t0003g0274 a0001c0001t0003g0279 a0001c0001t0005g0282 a0001c0001t0005g0283 a0001c0001t0005g0284 a0001c0001t0005g0285 a0001c0001t0005g0288 a0001c0001t0005g0289 a0001c0001t0005g0290 a0001c0001t0005g0291 a0001c0001t0005g0292 a0001c0001t0005g0293 a0001c0001t0012g0297 a0001c0001t0012g0298 a0001c0001t0016g0035 a0001c0001t0027g0307 a0001c0002t0026g0306	48	312	0.1539	-7	c.-38 others(18): Show c.-3895_-3889delATTATAT	EIF4G3	ENSG00000075151.24	transcript	ENST00000602326.6	protein_coding		3258		chr1	TogoVar
EIF5B_chr2_99332389_99406326	99353005	CTTTTTTT CTTTTTTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00408.hp2 HG00423.hp2 others(90): Show HG00140.hp2 HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00609.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG00741.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp2 HG01346.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02004.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02165.hp1 HG02280.hp2 HG02293.hp2 HG02300.hp2 HG02572.hp2 HG02630.hp2 HG02717.hp1 HG02818.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp1 HG03834.hp1 HG04184.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp2 NA18612.hp1 NA18906.hp2 NA18940.hp1 NA18941.hp2 NA18945.hp2 NA18947.hp2 NA18948.hp2 NA18950.hp1 NA18951.hp2 NA18952.hp1 NA18954.hp1 NA18956.hp2 NA18957.hp1 NA18960.hp1 NA18966.hp1 NA18968.hp1 NA18968.hp2 NA18983.hp1 NA18985.hp2 NA18986.hp1 NA18986.hp2 NA18987.hp1 NA18988.hp1 NA18990.hp1 NA18991.hp2 NA18992.hp1 NA18993.hp2 NA18995.hp1 NA19002.hp1 NA19005.hp1 NA19006.hp2 NA19011.hp1 NA19011.hp2 NA19030.hp2 NA19064.hp2 NA19065.hp2 NA19066.hp1 NA19072.hp1 NA19080.hp2 NA19081.hp2 NA19083.hp1 NA19088.hp2 NA19090.hp1 NA19240.hp2 NA20752.hp1 NA20905.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0002 a0001c0003 a0001c0009 others(1): Show a0001c0002 a0001c0003 a0001c0009 a0003c0010	a0001c0002t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0007 others(7): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0007 a0001c0002t0010 a0001c0002t0016 a0001c0002t0023 a0001c0003t0002 a0001c0003t0009 a0001c0009t0001 a0003c0010t0003	a0001c0002t0001g0006 a0001c0002t0001g0011 a0001c0002t0001g0012 others(71): Show a0001c0002t0001g0006 a0001c0002t0001g0011 a0001c0002t0001g0012 a0001c0002t0001g0013 a0001c0002t0001g0014 a0001c0002t0001g0130 a0001c0002t0001g0131 a0001c0002t0001g0136 a0001c0002t0001g0137 a0001c0002t0001g0138 a0001c0002t0001g0139 a0001c0002t0001g0140 a0001c0002t0001g0141 a0001c0002t0001g0142 a0001c0002t0001g0143 a0001c0002t0001g0144 a0001c0002t0001g0145 a0001c0002t0001g0146 a0001c0002t0001g0148 a0001c0002t0001g0150 a0001c0002t0001g0151 a0001c0002t0001g0153 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0155 a0001c0002t0001g0157 a0001c0002t0001g0158 a0001c0002t0001g0176 a0001c0002t0003g0001 a0001c0002t0003g0004 a0001c0002t0003g0015 a0001c0002t0003g0016 a0001c0002t0003g0126 a0001c0002t0003g0127 a0001c0002t0003g0128 a0001c0002t0003g0129 a0001c0002t0003g0133 a0001c0002t0003g0134 a0001c0002t0003g0164 a0001c0002t0003g0165 a0001c0002t0003g0166 a0001c0002t0003g0167 a0001c0002t0003g0168 a0001c0002t0003g0169 a0001c0002t0003g0170 a0001c0002t0003g0171 a0001c0002t0003g0172 a0001c0002t0003g0173 a0001c0002t0003g0174 a0001c0002t0003g0175 a0001c0002t0003g0177 a0001c0002t0003g0179 a0001c0002t0003g0180 a0001c0002t0003g0181 a0001c0002t0003g0182 a0001c0002t0003g0188 a0001c0002t0007g0178 a0001c0002t0007g0183 a0001c0002t0007g0184 a0001c0002t0007g0185 a0001c0002t0007g0187 a0001c0002t0010g0122 a0001c0002t0010g0123 a0001c0002t0010g0124 a0001c0002t0010g0125 a0001c0002t0016g0135 a0001c0002t0023g0147 a0001c0003t0002g0034 a0001c0003t0002g0305 a0001c0003t0009g0028 a0001c0003t0009g0029 a0001c0003t0009g0030 a0001c0003t0009g0031 a0001c0009t0001g0156 a0003c0010t0003g0159	93	342	0.2719	-7	c.36- others(22): Show c.36-7210_36-7204delTTTTTTT	EIF5B	ENSG00000158417.12	transcript	ENST00000289371.11	protein_coding	1/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
EIPR1_chr2_3183970_3382818	3187514	TCCCCACC TCCCCACC	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(190): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00544.hp1 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01516.hp2 HG01884.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02071.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 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