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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CACNG2_chr22_36555857_36708752	36680647	TATCACCA others(2): Show TATCACCACC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00558.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 others(56): Show HG00558.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01106.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01192.hp1 HG01255.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG01934.hp2 HG02040.hp2 HG02080.hp1 HG02129.hp2 HG02280.hp2 HG02559.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp1 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp2 HG02896.hp1 HG03017.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03490.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp2 HG03579.hp2 HG03834.hp1 HG04204.hp1 HG06807.hp1 NA18522.hp1 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18946.hp2 NA18975.hp1 NA18979.hp2 NA18986.hp1 NA19043.hp1 NA19064.hp1 NA19066.hp1 NA19074.hp2 NA19079.hp2 NA19081.hp1 NA19084.hp2 NA19091.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(30): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0024 a0001c0001t0027 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0001c0001t0039 a0001c0001t0044 a0001c0001t0054 a0001c0001t0056 a0001c0001t0064 a0001c0001t0065 a0001c0001t0071 a0001c0001t0078 a0001c0001t0079 a0001c0001t0087 a0001c0001t0089 a0001c0001t0090 a0001c0001t0092 a0001c0001t0095 a0001c0001t0101 a0001c0001t0108 a0001c0001t0109	a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0029 others(56): Show a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0002g0042 a0001c0001t0002g0054 a0001c0001t0002g0062 a0001c0001t0002g0063 a0001c0001t0002g0068 a0001c0001t0002g0072 a0001c0001t0002g0086 a0001c0001t0003g0160 a0001c0001t0003g0166 a0001c0001t0003g0167 a0001c0001t0003g0170 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0004g0020 a0001c0001t0004g0021 a0001c0001t0005g0126 a0001c0001t0005g0127 a0001c0001t0007g0064 a0001c0001t0007g0065 a0001c0001t0008g0177 a0001c0001t0008g0178 a0001c0001t0010g0055 a0001c0001t0015g0007 a0001c0001t0017g0025 a0001c0001t0017g0077 a0001c0001t0018g0036 a0001c0001t0019g0014 a0001c0001t0024g0157 a0001c0001t0027g0061 a0001c0001t0029g0080 a0001c0001t0030g0049 a0001c0001t0039g0022 a0001c0001t0044g0016 a0001c0001t0054g0103 a0001c0001t0056g0105 a0001c0001t0064g0128 a0001c0001t0065g0117 a0001c0001t0071g0137 a0001c0001t0078g0151 a0001c0001t0079g0158 a0001c0001t0087g0186 a0001c0001t0089g0191 a0001c0001t0090g0194 a0001c0001t0092g0190 a0001c0001t0095g0192 a0001c0001t0101g0202 a0001c0001t0108g0209 a0001c0001t0109g0211	59	214	0.2757	-9	c.211 others(28): Show c.211+21710_211+21718delGGTGGTGAT	CACNG2	ENSG00000166862.7	transcript	ENST00000300105.7	protein_coding	1/3			chr22	TogoVar
CACNG3_chr16_24251335_24367412	24314733	GCCTCCTC others(2): Show GCCTCCTCCT	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00423.hp2 HG00544.hp1 others(63): Show HG00099.hp2 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01978.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02071.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp1 HG02559.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02717.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02976.hp1 HG03195.hp2 HG03491.hp2 HG03516.hp1 HG03831.hp1 HG03834.hp2 HG04228.hp2 NA18612.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18941.hp1 NA18942.hp1 NA18944.hp2 NA18950.hp1 NA18952.hp1 NA18955.hp1 NA18956.hp2 NA18957.hp1 NA18959.hp2 NA18960.hp1 NA18965.hp1 NA18970.hp2 NA18972.hp2 NA18981.hp1 NA18992.hp1 NA18997.hp1 NA18997.hp2 NA19000.hp1 NA19003.hp1 NA19005.hp1 NA19009.hp1 NA19009.hp2 NA19043.hp1 NA19090.hp2 NA19240.hp2 NA20300.hp1 NA20300.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0002t0001 a0001c0003t0001	a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 others(63): Show a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0096 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0214 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0001g0258 a0001c0001t0001g0274 a0001c0001t0001g0276 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0302 a0001c0001t0001g0350 a0001c0001t0001g0356 a0001c0001t0001g0365 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0066 a0001c0001t0002g0072 a0001c0001t0002g0097 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0003g0201 a0001c0001t0003g0224 a0001c0001t0003g0298 a0001c0002t0001g0009 a0001c0003t0001g0237	66	366	0.1803	-9	c.212 others(28): Show c.212-31971_212-31963delTCCTCCTCC	CACNG3	ENSG00000006116.4	transcript	ENST00000005284.4	protein_coding	1/3		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr16	TogoVar
CACNG6_chr19_53986637_54017666	54005238	TAAATAAA others(2): Show TAAATAAATA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02056.hp1 HG02258.hp1 HG02976.hp2 others(4): Show HG02056.hp1 HG02258.hp1 HG02976.hp2 NA18968.hp1 NA18994.hp1 NA19000.hp1 NA19009.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 others(1): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0002t0002	a0001c0001t0007g0247 a0001c0001t0009g0086 a0001c0001t0009g0089 others(4): Show a0001c0001t0007g0247 a0001c0001t0009g0086 a0001c0001t0009g0089 a0001c0001t0009g0092 a0001c0001t0009g0097 a0001c0001t0010g0181 a0001c0002t0002g0081	7	430	0.0163	-9	c.544 others(26): Show c.544+5470_544+5478delATAAATAAA	CACNG6	ENSG00000130433.8	transcript	ENST00000252729.7	protein_coding	3/3		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
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