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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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GNA11_chr19_3089362_3128999	3089890	CTTTTTTT others(2): Show CTTTTTTTTT	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00597.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 others(33): Show HG00597.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01255.hp2 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01978.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp2 HG02083.hp2 HG02135.hp2 HG02148.hp1 HG02486.hp1 HG02523.hp1 HG02735.hp1 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp1 HG03831.hp2 HG04204.hp1 HG06807.hp2 NA18612.hp2 NA18973.hp1 NA18991.hp2 NA19054.hp2 NA20300.hp1 NA20752.hp1 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(15): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0016 a0001c0001t0023 a0001c0001t0034 a0001c0001t0081 a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0002t0010 a0001c0002t0013 a0001c0002t0021 a0001c0002t0033 a0001c0002t0066 a0001c0002t0089	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0026 others(29): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0003g0044 a0001c0001t0003g0152 a0001c0001t0003g0156 a0001c0001t0003g0194 a0001c0001t0003g0204 a0001c0001t0005g0001 a0001c0001t0005g0062 a0001c0001t0006g0043 a0001c0001t0011g0144 a0001c0001t0011g0211 a0001c0001t0011g0214 a0001c0001t0012g0024 a0001c0001t0016g0019 a0001c0001t0023g0058 a0001c0001t0034g0041 a0001c0001t0081g0241 a0001c0002t0002g0107 a0001c0002t0004g0002 a0001c0002t0004g0124 a0001c0002t0010g0002 a0001c0002t0013g0218 a0001c0002t0021g0184 a0001c0002t0033g0065 a0001c0002t0066g0155 a0001c0002t0089g0139	36	425	0.0847	-9	c.-47 others(20): Show c.-4761_-4753delTTTTTTTTT	GNA11	ENSG00000088256.9	transcript	ENST00000078429.9	protein_coding		4471		chr19	TogoVar
GNA11_chr19_3089362_3128999	3116448	CGCATCCT others(2): Show CGCATCCTTG	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00621.hp2 HG00673.hp1 others(30): Show HG00099.hp2 HG00621.hp2 HG00673.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01361.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp2 HG02135.hp1 HG02486.hp2 HG02622.hp1 HG02698.hp1 HG02970.hp1 HG03041.hp2 HG03209.hp1 HG03239.hp1 HG03669.hp2 NA18942.hp1 NA18953.hp1 NA18993.hp1 NA18994.hp1 NA19056.hp2 NA19060.hp2 NA19064.hp2 NA19070.hp1 NA19078.hp1 NA19086.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009	a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0032 others(5): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0032 a0001c0002t0002 a0001c0002t0013 a0001c0002t0021 a0001c0002t0079 a0001c0009t0003	a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0003g0067 others(27): Show a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0003g0067 a0001c0001t0003g0173 a0001c0001t0003g0183 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0003g0192 a0001c0001t0003g0194 a0001c0001t0003g0195 a0001c0001t0003g0196 a0001c0001t0003g0204 a0001c0001t0003g0207 a0001c0001t0003g0300 a0001c0001t0006g0168 a0001c0001t0032g0182 a0001c0002t0002g0012 a0001c0002t0002g0102 a0001c0002t0002g0185 a0001c0002t0013g0029 a0001c0002t0013g0095 a0001c0002t0013g0096 a0001c0002t0013g0111 a0001c0002t0013g0115 a0001c0002t0013g0116 a0001c0002t0013g0218 a0001c0002t0013g0298 a0001c0002t0021g0012 a0001c0002t0021g0184 a0001c0002t0079g0029 a0001c0009t0003g0179	33	425	0.0777	-9	c.605 others(26): Show c.605+1406_605+1414delATCCTTGGC	GNA11	ENSG00000088256.9	transcript	ENST00000078429.9	protein_coding	4/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
GNA12_chr7_2723105_2849308	2737265	TTTTGTTT others(2): Show TTTTGTTTTG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00423.hp1 HG00741.hp2 others(4): Show HG00280.hp1 HG00423.hp1 HG00741.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02148.hp2 NA19000.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0001 a0001c0001t0006	a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0206 others(4): Show a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0006g0246	7	322	0.0217	-9	c.526 others(26): Show c.526-3773_526-3765delCAAAACAAA	GNA12	ENSG00000146535.14	transcript	ENST00000275364.8	protein_coding	2/3			chr7	TogoVar
GNA13_chr17_65004289_65061740	65018092	TAAAAAAA others(2): Show TAAAAAAAAA	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG02055.hp2 others(7): Show HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG02055.hp2 HG03130.hp1 HG03516.hp2 HG03579.hp1 HG03654.hp2 HG04199.hp2 NA19240.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0004 a0002c0006 a0001c0001 a0001c0004 a0002c0006	a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 others(2): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0004t0002 a0002c0006t0001	a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0008 a0001c0001t0002g0009 others(7): Show a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0008 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0018 a0001c0001t0008g0148 a0001c0001t0010g0122 a0001c0004t0002g0016 a0001c0004t0002g0017 a0002c0006t0001g0151	10	180	0.0556	-9	c.561 others(24): Show c.561+152_561+160delTTTTTTTTT	GNA13	ENSG00000120063.10	transcript	ENST00000439174.7	protein_coding	3/3			chr17	TogoVar
GNA14_chr9_77418079_77653322	77431023	TTTGTGTG others(2): Show TTTGTGTGTG	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01081.hp2 HG01255.hp2 HG01884.hp2 others(8): Show HG01081.hp2 HG01255.hp2 HG01884.hp2 HG02280.hp2 HG02559.hp1 HG02683.hp1 HG02922.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03579.hp1 NA18906.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0013 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0013 a0001c0001t0019 a0001c0007t0006	a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0006g0023 others(8): Show a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0006g0023 a0001c0001t0006g0024 a0001c0001t0006g0129 a0001c0001t0006g0145 a0001c0001t0013g0138 a0001c0001t0013g0148 a0001c0001t0019g0061 a0001c0007t0006g0001 a0001c0007t0006g0020	11	240	0.0458	-9	c.593 others(24): Show c.593+289_593+297delCACACACAA	GNA14	ENSG00000156049.7	transcript	ENST00000341700.7	protein_coding	4/6			chr9	TogoVar
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