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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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A1CF_chr10_50794409_50890627	50878350	G G	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG02451.hp2 others(10): Show HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG02451.hp2 HG02559.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp2 HG03540.hp1 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0008 a0002c0004 others(1): Show a0001c0001 a0001c0008 a0002c0004 a0002c0006	a0001c0001t0005 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 others(6): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0001t0037 a0001c0001t0043 a0001c0008t0001 a0001c0008t0017 a0002c0004t0044 a0002c0006t0006	a0001c0001t0005g0043 a0001c0001t0011g0092 a0001c0001t0011g0093 others(10): Show a0001c0001t0005g0043 a0001c0001t0011g0092 a0001c0001t0011g0093 a0001c0001t0015g0095 a0001c0001t0015g0096 a0001c0001t0037g0050 a0001c0001t0043g0094 a0001c0008t0001g0039 a0001c0008t0017g0042 a0002c0004t0044g0049 a0002c0006t0006g0044 a0002c0006t0006g0045 a0002c0006t0006g0046	13	338	0.0385	c.-94 others(8): Show c.-94+7231C>A	A1CF	ENSG00000148584.16	transcript	ENST00000373997.8	protein_coding	1/12	chr10	TogoVar
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A1CF_chr10_50794409_50890627	50878603	T T	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18974.hp2 NA19070.hp1 NA18974.hp2 NA19070.hp1	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0003	a0001c0003t0007 a0001c0003t0007	a0001c0003t0007g0231 a0001c0003t0007g0232 a0001c0003t0007g0231 a0001c0003t0007g0232	2	338	0.0059	c.-94 others(8): Show c.-94+6978A>C	A1CF	ENSG00000148584.16	transcript	ENST00000373997.8	protein_coding	1/12	chr10	TogoVar
A1CF_chr10_50794409_50890627	50878667	C C	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18947.hp1 NA19076.hp2 NA18947.hp1 NA19076.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0151	2	338	0.0059	c.-94 others(8): Show c.-94+6914G>A	A1CF	ENSG00000148584.16	transcript	ENST00000373997.8	protein_coding	1/12	chr10	TogoVar
A1CF_chr10_50794409_50890627	50878695	T T	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG02451.hp2 others(10): Show HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG02451.hp2 HG02559.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp2 HG03540.hp1 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0008 a0002c0004 others(1): Show a0001c0001 a0001c0008 a0002c0004 a0002c0006	a0001c0001t0005 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 others(6): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0001t0037 a0001c0001t0043 a0001c0008t0001 a0001c0008t0017 a0002c0004t0044 a0002c0006t0006	a0001c0001t0005g0043 a0001c0001t0011g0092 a0001c0001t0011g0093 others(10): Show a0001c0001t0005g0043 a0001c0001t0011g0092 a0001c0001t0011g0093 a0001c0001t0015g0095 a0001c0001t0015g0096 a0001c0001t0037g0050 a0001c0001t0043g0094 a0001c0008t0001g0039 a0001c0008t0017g0042 a0002c0004t0044g0049 a0002c0006t0006g0044 a0002c0006t0006g0045 a0002c0006t0006g0046	13	338	0.0385	c.-94 others(8): Show c.-94+6886A>T	A1CF	ENSG00000148584.16	transcript	ENST00000373997.8	protein_coding	1/12	chr10	TogoVar
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A1CF_chr10_50794409_50890627	50878918	C C	G G	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01081.hp1 HG01081.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0100	1	338	0.0030	c.-94 others(8): Show c.-94+6663G>C	A1CF	ENSG00000148584.16	transcript	ENST00000373997.8	protein_coding	1/12	chr10	TogoVar
A1CF_chr10_50794409_50890627	50879098	G G	A A	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02922.hp2 NA20129.hp1 HG02922.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0004 a0001c0001 a0002c0004	a0001c0001t0037 a0002c0004t0044 a0001c0001t0037 a0002c0004t0044	a0001c0001t0037g0050 a0002c0004t0044g0049 a0001c0001t0037g0050 a0002c0004t0044g0049	2	338	0.0059	c.-94 others(8): Show c.-94+6483C>T	A1CF	ENSG00000148584.16	transcript	ENST00000373997.8	protein_coding	1/12	chr10	TogoVar
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