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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACSL4_chrX_109636335_109738257	109718751	G G	GA GA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18959.hp1 NA18974.hp1 NA19072.hp1 NA18959.hp1 NA18974.hp1 NA19072.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008	a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0007g0096 a0001c0001t0008g0015 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0007g0096 a0001c0001t0008g0015	3	222	0.0135	1	c.-66 others(10): Show c.-66+14387dupT	ACSL4	ENSG00000068366.21	transcript	ENST00000672401.1	protein_coding	1/15			chrX	TogoVar
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ACSL4_chrX_109636335_109738257	109720169	A A	AG AG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18974.hp1 NA18974.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0007 a0001c0001t0007	a0001c0001t0007g0096 a0001c0001t0007g0096	1	222	0.0045	1	c.-66 others(20): Show c.-66+12969_-66+12970insC	ACSL4	ENSG00000068366.21	transcript	ENST00000672401.1	protein_coding	1/15			chrX	TogoVar
ACSL4_chrX_109636335_109738257	109721729	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02602.hp1 NA18949.hp1 HG02602.hp1 NA18949.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0075	2	222	0.0090	1	c.-66 others(10): Show c.-66+11409dupT	ACSL4	ENSG00000068366.21	transcript	ENST00000672401.1	protein_coding	1/15			chrX	TogoVar
ACSL4_chrX_109636335_109738257	109722992	A A	AT AT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA19072.hp1 NA19072.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	a0001c0001t0008g0015 a0001c0001t0008g0015	1	222	0.0045	1	c.-66 others(10): Show c.-66+10146dupA	ACSL4	ENSG00000068366.21	transcript	ENST00000672401.1	protein_coding	1/15			chrX	TogoVar
ACSL4_chrX_109636335_109738257	109723170	A A	AC AC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA19072.hp1 NA19072.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	a0001c0001t0008g0015 a0001c0001t0008g0015	1	222	0.0045	1	c.-66 others(18): Show c.-66+9968_-66+9969insG	ACSL4	ENSG00000068366.21	transcript	ENST00000672401.1	protein_coding	1/15			chrX	TogoVar
ACSL4_chrX_109636335_109738257	109723428	T T	TA TA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA19072.hp1 NA19072.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	a0001c0001t0008g0015 a0001c0001t0008g0015	1	222	0.0045	1	c.-66 others(9): Show c.-66+9710dupT	ACSL4	ENSG00000068366.21	transcript	ENST00000672401.1	protein_coding	1/15			chrX	TogoVar
ACSL4_chrX_109636335_109738257	109725061	G G	GT GT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG00741.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0051	1	222	0.0045	1	c.-66 others(9): Show c.-66+8077dupA	ACSL4	ENSG00000068366.21	transcript	ENST00000672401.1	protein_coding	1/15			chrX	TogoVar
ACSL4_chrX_109636335_109738257	109725247	A A	AT AT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 NA18974.hp1 NA19000.hp1 HG01243.hp1 NA18974.hp1 NA19000.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0001 a0001c0001t0007	a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0007g0096 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0007g0096	3	222	0.0135	1	c.-66 others(9): Show c.-66+7891dupA	ACSL4	ENSG00000068366.21	transcript	ENST00000672401.1	protein_coding	1/15			chrX	TogoVar
ACSL4_chrX_109636335_109738257	109726449	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02109.hp1 HG02109.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0198	1	222	0.0045	1	c.-66 others(9): Show c.-66+6689dupT	ACSL4	ENSG00000068366.21	transcript	ENST00000672401.1	protein_coding	1/15			chrX	TogoVar
ACSL4_chrX_109636335_109738257	109726889	G G	GT GT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01981.hp2 NA18950.hp2 NA18952.hp1 others(2): Show HG01981.hp2 NA18950.hp2 NA18952.hp1 NA18955.hp1 NA18974.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0001 a0001c0001t0007	a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0098 others(2): Show a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0007g0096	5	222	0.0225	1	c.-66 others(9): Show c.-66+6249dupA	ACSL4	ENSG00000068366.21	transcript	ENST00000672401.1	protein_coding	1/15			chrX	TogoVar
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