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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABCC1_chr16_15944616_16148053	15957246	A A	AT AT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp1 HG01884.hp1 HG01928.hp1 others(28): Show HG00639.hp1 HG01884.hp1 HG01928.hp1 HG02055.hp1 HG02109.hp1 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02280.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02572.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02818.hp1 HG02895.hp1 HG02896.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG03540.hp1 HG03942.hp1 HG03942.hp2 HG04204.hp2 NA18906.hp1 NA19000.hp1 NA19030.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(6): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0008 a0001c0012 a0001c0017 a0003c0024	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 others(18): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0012 a0001c0001t0017 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0002t0008 a0001c0002t0019 a0001c0003t0005 a0001c0003t0007 a0001c0004t0002 a0001c0005t0001 a0001c0005t0005 a0001c0008t0009 a0001c0012t0002 a0001c0012t0011 a0001c0017t0002 a0003c0024t0021	a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0004g0106 a0001c0001t0005g0094 others(28): Show a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0004g0106 a0001c0001t0005g0094 a0001c0001t0005g0099 a0001c0001t0005g0101 a0001c0001t0005g0104 a0001c0001t0005g0107 a0001c0001t0006g0034 a0001c0001t0008g0002 a0001c0001t0008g0057 a0001c0001t0012g0033 a0001c0001t0012g0105 a0001c0001t0017g0021 a0001c0002t0001g0050 a0001c0002t0001g0103 a0001c0002t0004g0225 a0001c0002t0008g0046 a0001c0002t0019g0100 a0001c0003t0005g0035 a0001c0003t0007g0224 a0001c0004t0002g0005 a0001c0004t0002g0226 a0001c0005t0001g0058 a0001c0005t0005g0095 a0001c0005t0005g0116 a0001c0005t0005g0119 a0001c0008t0009g0004 a0001c0012t0002g0155 a0001c0012t0011g0081 a0001c0017t0002g0007 a0003c0024t0021g0003	31	249	0.1245	1	c.48+ others(8): Show c.48+7467dupT	ABCC1	ENSG00000103222.20	transcript	ENST00000399410.8	protein_coding	1/30	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr16	TogoVar
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