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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	hgvs_p	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	cdna cdna pos length	cds cds pos length	aa aa pos length	distance	status	chr	external
ABHD16A_chr6_31681955_31708324	31706264	C C	CT CT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00423.hp1 others(61): Show HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00423.hp1 HG00597.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01074.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01261.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01517.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02258.hp1 HG02300.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02683.hp1 HG02723.hp1 HG02738.hp1 HG02895.hp1 HG03017.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03225.hp2 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03710.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18946.hp1 NA18948.hp2 NA18949.hp2 NA18950.hp1 NA18952.hp1 NA18952.hp2 NA18965.hp1 NA18968.hp2 NA18969.hp2 NA18971.hp2 NA18975.hp1 NA18975.hp2 NA18979.hp1 NA18985.hp1 NA18988.hp2 NA18993.hp1 NA19000.hp1 NA19006.hp1 NA19006.hp2 NA19010.hp2 NA19011.hp1 NA19011.hp2 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19063.hp1 NA19072.hp1 NA19085.hp1 NA19087.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0005t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0010 others(28): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0002g0011 a0001c0002t0001g0004 a0001c0002t0001g0008 a0001c0002t0001g0053 a0001c0002t0001g0060 a0001c0002t0001g0124 a0001c0002t0001g0125 a0001c0002t0001g0131 a0001c0002t0001g0132 a0001c0002t0001g0144 a0001c0002t0001g0148 a0001c0005t0001g0009 a0001c0005t0001g0067 a0001c0005t0001g0068 a0001c0005t0001g0070	64	417	0.1535	1	c.-29 others(12): Show c.-2984_-2983insA		ABHD16A	ENSG00000204427.12	transcript	ENST00000395952.8	protein_coding					2941		chr6	TogoVar
ABHD16B_chr20_63856498_63867988	63862607	A A	AC AC	frameshift_variant frameshift_variant	HIGH	HG00597.hp2 HG01175.hp2 HG01255.hp2 others(15): Show HG00597.hp2 HG01175.hp2 HG01255.hp2 HG01928.hp2 HG02080.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG03453.hp1 NA18950.hp2 NA18972.hp1 NA18975.hp1 NA18979.hp2 NA19002.hp1 NA19011.hp1 NA19082.hp1 NA19082.hp2 NA19086.hp1 NA19090.hp2	a0003 a0006 a0003 a0006	a0003c0003 a0003c0016 a0006c0007 a0003c0003 a0003c0016 a0006c0007	a0003c0003t0001 a0003c0016t0001 a0006c0007t0001 a0003c0003t0001 a0003c0016t0001 a0006c0007t0001	a0003c0003t0001g0000 a0003c0016t0001g0000 a0006c0007t0001g0000 a0003c0003t0001g0000 a0003c0016t0001g0000 a0006c0007t0001g0000	18	398	0.0452	1	c.107 others(5): Show c.1071dupC	p.Val others(5): Show p.Val358fs	ABHD16B	ENSG00000183260.7	transcript	ENST00000369916.5	protein_coding	1/1	1115/1491	1072/1410	358/469		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr20	TogoVar
ABHD16B_chr20_63856498_63867988	63863057	C C	CG CG	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 others(90): Show HG00140.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01192.hp2 HG01257.hp1 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02004.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02109.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp2 HG02155.hp2 HG02258.hp1 HG02293.hp2 HG02486.hp2 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03471.hp2 HG03654.hp2 HG03688.hp1 HG03688.hp2 HG03927.hp1 HG03927.hp2 HG04184.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp2 NA18943.hp1 NA18950.hp1 NA18951.hp1 NA18952.hp1 NA18955.hp1 NA18963.hp1 NA18972.hp1 NA18974.hp1 NA18975.hp2 NA18980.hp1 NA18980.hp2 NA18982.hp1 NA18983.hp1 NA18995.hp1 NA18998.hp1 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19004.hp2 NA19007.hp1 NA19007.hp2 NA19009.hp1 NA19011.hp1 NA19011.hp2 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19056.hp2 NA19067.hp2 NA19086.hp2 NA19090.hp2 NA20300.hp1 NA20752.hp1	a0001 a0003 a0004 others(2): Show a0001 a0003 a0004 a0005 a0007	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0017 others(4): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0017 a0003c0003 a0004c0006 a0005c0008 a0007c0015	a0001c0001t0001 a0001c0004t0001 a0001c0017t0001 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0004t0001 a0001c0017t0001 a0003c0003t0001 a0004c0006t0001 a0005c0008t0001 a0007c0015t0001	a0001c0001t0001g0000 a0001c0004t0001g0000 a0001c0017t0001g0000 others(4): Show a0001c0001t0001g0000 a0001c0004t0001g0000 a0001c0017t0001g0000 a0003c0003t0001g0000 a0004c0006t0001g0000 a0005c0008t0001g0000 a0007c0015t0001g0000	93	398	0.2337	1	c.10 others(10): Show c.107_*108insG		ABHD16B	ENSG00000183260.7	transcript	ENST00000369916.5	protein_coding					70		chr20	TogoVar
ABHD16B_chr20_63856498_63867988	63866771	T T	TA TA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp2 others(73): Show HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00609.hp1 HG00673.hp2 HG01934.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02040.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02129.hp1 HG02135.hp1 HG02148.hp1 HG02165.hp1 HG02273.hp1 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02523.hp2 HG03017.hp2 HG03654.hp2 HG03942.hp1 HG04184.hp1 HG04199.hp2 HG04228.hp2 NA18943.hp1 NA18950.hp1 NA18951.hp1 NA18952.hp1 NA18955.hp1 NA18955.hp2 NA18957.hp1 NA18959.hp1 NA18962.hp2 NA18963.hp2 NA18965.hp1 NA18965.hp2 NA18969.hp1 NA18970.hp1 NA18970.hp2 NA18972.hp2 NA18973.hp2 NA18975.hp1 NA18979.hp2 NA18983.hp1 NA18986.hp2 NA18995.hp1 NA18997.hp2 NA19002.hp1 NA19004.hp1 NA19004.hp2 NA19009.hp1 NA19009.hp2 NA19011.hp1 NA19012.hp1 NA19056.hp1 NA19063.hp1 NA19063.hp2 NA19065.hp1 NA19065.hp2 NA19067.hp1 NA19068.hp2 NA19072.hp1 NA19072.hp2 NA19080.hp1 NA19082.hp2 NA19085.hp2 NA19088.hp2 NA19089.hp1 NA19089.hp2 NA19090.hp2 NA20905.hp1	a0001 a0003 a0007 others(1): Show a0001 a0003 a0007 a0009	a0001c0001 a0003c0003 a0007c0015 others(1): Show a0001c0001 a0003c0003 a0007c0015 a0009c0020	a0001c0001t0001 a0003c0003t0001 a0007c0015t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0003c0003t0001 a0007c0015t0001 a0009c0020t0001	a0001c0001t0001g0000 a0003c0003t0001g0000 a0007c0015t0001g0000 others(1): Show a0001c0001t0001g0000 a0003c0003t0001g0000 a0007c0015t0001g0000 a0009c0020t0001g0000	76	398	0.1910	1	c.38 others(12): Show c.3821_*3822insA		ABHD16B	ENSG00000183260.7	transcript	ENST00000369916.5	protein_coding					3784		chr20	TogoVar
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