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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD18_chr4_127960406_128044953	127961820	C C	CA CA	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(129): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00639.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG01070.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01168.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp1 HG01346.hp1 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02027.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02132.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02273.hp1 HG02300.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG03017.hp1 HG03017.hp2 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