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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89192509	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG02055.hp2 HG02895.hp2 others(2): Show HG01884.hp1 HG02055.hp2 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG03195.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	a0001c0001t0008g0011 a0001c0001t0008g0082 a0001c0001t0008g0102 others(2): Show a0001c0001t0008g0011 a0001c0001t0008g0082 a0001c0001t0008g0102 a0001c0001t0008g0232 a0001c0001t0008g0233	5	234	0.0214	1	c.997 others(8): Show c.997-711dupT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	9/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89193920	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01106.hp1 HG02055.hp1 HG02109.hp1 others(6): Show HG01106.hp1 HG02055.hp1 HG02109.hp1 HG02896.hp1 HG03195.hp1 HG03453.hp1 NA18522.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0001 a0001c0001t0006	a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0019 others(6): Show a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0006g0166	9	234	0.0385	1	c.108 others(9): Show c.1081+619dupA	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	10/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89200662	C C	CA CA	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02145.hp2 HG02280.hp1 others(5): Show HG01243.hp2 HG02145.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp1 NA19030.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0007 a0001c0002 a0001c0007	a0001c0002t0007 a0001c0002t0017 a0001c0002t0023 others(1): Show a0001c0002t0007 a0001c0002t0017 a0001c0002t0023 a0001c0007t0007	a0001c0002t0007g0020 a0001c0002t0007g0040 a0001c0002t0007g0111 others(5): Show a0001c0002t0007g0020 a0001c0002t0007g0040 a0001c0002t0007g0111 a0001c0002t0007g0153 a0001c0002t0017g0005 a0001c0002t0017g0008 a0001c0002t0023g0112 a0001c0007t0007g0225	8	234	0.0342	1	c.52 others(6): Show c.5246dupA	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	11/11	5247	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89200729	G G	GA GA	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02451.hp2 HG02572.hp1 others(13): Show HG01243.hp1 HG02451.hp2 HG02572.hp1 HG02630.hp1 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02809.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp1 HG03453.hp2 HG03516.hp2 HG04204.hp1 NA19043.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0018 a0001c0001t0035 others(2): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0018 a0001c0001t0035 a0001c0001t0038 a0001c0001t0040	a0001c0001t0004g0003 a0001c0001t0004g0013 a0001c0001t0004g0016 others(13): Show a0001c0001t0004g0003 a0001c0001t0004g0013 a0001c0001t0004g0016 a0001c0001t0004g0045 a0001c0001t0004g0065 a0001c0001t0004g0083 a0001c0001t0004g0092 a0001c0001t0004g0093 a0001c0001t0004g0150 a0001c0001t0004g0220 a0001c0001t0004g0227 a0001c0001t0018g0033 a0001c0001t0018g0036 a0001c0001t0035g0136 a0001c0001t0038g0078 a0001c0001t0040g0010	16	234	0.0684	1	c.53 others(6): Show c.5316dupA	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	11/11	5317	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89203286	C C	CA CA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01258.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp2 others(7): Show HG01258.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02723.hp2 HG02809.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG02976.hp2 HG03516.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 a0001c0001t0011 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 a0001c0001t0011 a0001c0001t0021	a0001c0001t0002g0094 a0001c0001t0006g0157 a0001c0001t0006g0165 others(7): Show a0001c0001t0002g0094 a0001c0001t0006g0157 a0001c0001t0006g0165 a0001c0001t0006g0166 a0001c0001t0006g0190 a0001c0001t0006g0193 a0001c0001t0006g0209 a0001c0001t0011g0171 a0001c0001t0021g0105 a0001c0001t0021g0167	10	234	0.0427	1	c.78 others(12): Show c.7863_*7864insA	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding		932		chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89205331	C C	CT CT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 others(44): Show HG00280.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01106.hp2 HG01243.hp1 HG01256.hp2 HG01433.hp2 HG01891.hp1 HG02145.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02486.hp1 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02735.hp2 HG02738.hp2 HG02896.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03579.hp1 HG04204.hp2 HG04228.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp1 NA18906.hp2 NA18948.hp1 NA18948.hp2 NA18965.hp1 NA18971.hp2 NA18978.hp2 NA18981.hp1 NA18983.hp2 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19002.hp2 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19030.hp2 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(16): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0014 a0001c0001t0016 a0001c0001t0018 a0001c0001t0024 a0001c0001t0029 a0001c0001t0031 a0001c0001t0033 a0001c0001t0036 a0001c0001t0039 a0001c0001t0044 a0001c0002t0017	a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 others(44): Show a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0002g0133 a0001c0001t0002g0141 a0001c0001t0002g0169 a0001c0001t0002g0197 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0003g0049 a0001c0001t0003g0140 a0001c0001t0004g0065 a0001c0001t0004g0083 a0001c0001t0005g0125 a0001c0001t0009g0025 a0001c0001t0009g0163 a0001c0001t0009g0180 a0001c0001t0010g0007 a0001c0001t0010g0012 a0001c0001t0010g0032 a0001c0001t0010g0035 a0001c0001t0011g0138 a0001c0001t0014g0059 a0001c0001t0016g0066 a0001c0001t0016g0080 a0001c0001t0018g0033 a0001c0001t0018g0036 a0001c0001t0024g0170 a0001c0001t0029g0122 a0001c0001t0031g0229 a0001c0001t0033g0164 a0001c0001t0036g0178 a0001c0001t0039g0009 a0001c0001t0044g0090 a0001c0002t0017g0005	47	234	0.2009	1	c.99 others(12): Show c.9908_*9909insT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding		2977		chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89206003	A A	AG AG	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01256.hp2 HG02145.hp2 NA18612.hp1 others(3): Show HG01256.hp2 HG02145.hp2 NA18612.hp1 NA18971.hp2 NA18975.hp2 NA19030.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0002 a0001c0001t0036 a0001c0002t0007 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0036 a0001c0002t0007 a0001c0002t0017	a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0222 others(3): Show a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0036g0178 a0001c0002t0007g0020 a0001c0002t0017g0005	6	234	0.0256	1	c.10 others(14): Show c.10580_*10581insG	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding		3649		chr15	TogoVar
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