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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABL1_chr9_130830254_130892675	130859672	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG01069.hp2 others(28): Show HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01074.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01361.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01943.hp1 HG01981.hp2 HG02132.hp1 HG02148.hp1 HG02273.hp1 HG02300.hp2 HG03225.hp2 HG03654.hp1 NA18963.hp1 NA18971.hp1 NA18978.hp2 NA19082.hp1 NA19085.hp2 NA19091.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0007 a0001c0011 a0001c0026	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0024 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0024 a0001c0001t0025 a0001c0002t0001 a0001c0003t0004 a0001c0004t0005 a0001c0007t0004 a0001c0007t0023 a0001c0011t0002 a0001c0026t0029	a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0002g0013 others(26): Show a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0002g0013 a0001c0001t0002g0021 a0001c0001t0002g0022 a0001c0001t0002g0023 a0001c0001t0002g0204 a0001c0001t0002g0205 a0001c0001t0002g0223 a0001c0001t0002g0226 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0002g0232 a0001c0001t0002g0233 a0001c0001t0002g0240 a0001c0001t0002g0241 a0001c0001t0002g0242 a0001c0001t0024g0229 a0001c0001t0025g0225 a0001c0002t0001g0144 a0001c0003t0004g0249 a0001c0003t0004g0255 a0001c0004t0005g0027 a0001c0007t0004g0002 a0001c0007t0004g0202 a0001c0007t0004g0246 a0001c0007t0023g0002 a0001c0011t0002g0252 a0001c0026t0029g0253	31	278	0.1115	1	c.550 others(9): Show c.550-3088dupT	ABL1	ENSG00000097007.20	transcript	ENST00000318560.6	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr9	TogoVar
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