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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	chr	external
ABRA_chr8_106754483_106775244	106755672	C C	CT CT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 others(153): Show HG00099.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG01069.hp2 HG01099.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG01928.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG02015.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp2 HG02148.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp2 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02300.hp2 HG02572.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03669.hp1 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03834.hp1 HG03942.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04204.hp2 HG06807.hp1 NA18939.hp2 NA18940.hp2 NA18941.hp2 NA18942.hp2 NA18944.hp2 NA18945.hp1 NA18948.hp2 NA18949.hp1 NA18950.hp1 NA18951.hp2 NA18953.hp2 NA18957.hp1 NA18960.hp2 NA18961.hp1 NA18964.hp2 NA18966.hp1 NA18970.hp1 NA18973.hp1 NA18974.hp1 NA18977.hp1 NA18979.hp2 NA18980.hp2 NA18981.hp2 NA18982.hp1 NA18982.hp2 NA18983.hp2 NA18987.hp1 NA18990.hp2 NA18991.hp1 NA18992.hp1 NA18992.hp2 NA18993.hp1 NA18997.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp1 NA18999.hp2 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19001.hp1 NA19001.hp2 NA19002.hp2 NA19004.hp1 NA19006.hp1 NA19010.hp1 NA19012.hp2 NA19030.hp2 NA19043.hp1 NA19054.hp2 NA19058.hp1 NA19062.hp2 NA19065.hp2 NA19066.hp1 NA19067.hp2 NA19072.hp2 NA19081.hp2 NA19082.hp1 NA19084.hp2 NA19085.hp1 NA19086.hp2 NA19087.hp1 NA19088.hp1 NA19089.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp1 NA20300.hp1 NA20752.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0002 a0006 a0001 a0002 a0006	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0005 a0006c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0002t0003 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0005t0001 a0006c0009t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 others(14): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0009g0056 a0001c0001t0011g0057 a0001c0002t0003g0004 a0001c0003t0001g0023 a0001c0004t0001g0027 a0001c0004t0001g0040 a0002c0005t0001g0007 a0006c0009t0001g0041	156	440	0.3546	1	c.53 others(12): Show c.5364_*5365insA	ABRA	ENSG00000174429.4	transcript	ENST00000311955.4	protein_coding		3810	chr8	TogoVar
ABRA_chr8_106754483_106775244	106756148	C C	CT CT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00639.hp2 HG00733.hp2 others(23): Show HG00280.hp1 HG00639.hp2 HG00733.hp2 HG01123.hp1 HG01175.hp1 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01515.hp1 HG01943.hp1 HG01952.hp2 HG02300.hp1 HG02738.hp1 HG03239.hp2 HG03654.hp1 HG03831.hp2 HG03927.hp2 NA18941.hp2 NA18952.hp1 NA18962.hp2 NA19059.hp1 NA19070.hp1 NA19076.hp1	a0001 a0006 a0001 a0006	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0008 a0006c0009	a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0001c0004t0006 a0001c0008t0001 a0006c0009t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0028 others(11): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0052 a0001c0003t0001g0002 a0001c0004t0001g0006 a0001c0004t0001g0038 a0001c0004t0006g0025 a0001c0008t0001g0037 a0006c0009t0001g0041	26	440	0.0591	1	c.48 others(12): Show c.4888_*4889insA	ABRA	ENSG00000174429.4	transcript	ENST00000311955.4	protein_coding		3334	chr8	TogoVar
ABRA_chr8_106754483_106775244	106758499	C C	CT CT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG01109.hp1 HG01123.hp2 others(20): Show HG00280.hp1 HG01109.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp1 HG01258.hp2 HG01361.hp2 HG01952.hp2 HG01981.hp2 HG02056.hp2 HG02083.hp2 HG02132.hp2 HG02145.hp1 HG03471.hp2 HG03654.hp1 HG03831.hp2 HG03927.hp2 NA18952.hp1 NA18967.hp1 NA18990.hp2 NA19004.hp1 NA19010.hp2 NA19076.hp1 NA20752.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0002t0002 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0002t0002 a0001c0004t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0028 others(10): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0007g0047 a0001c0002t0002g0003 a0001c0004t0001g0006 a0001c0004t0001g0026 a0001c0004t0001g0039	23	440	0.0523	1	c.25 others(12): Show c.2537_*2538insA	ABRA	ENSG00000174429.4	transcript	ENST00000311955.4	protein_coding		983	chr8	TogoVar
ABRA_chr8_106754483_106775244	106760462	G G	GA GA	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00741.hp1 HG01884.hp2 HG02257.hp2 others(9): Show HG00741.hp1 HG01884.hp2 HG02257.hp2 HG02451.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp1 HG02717.hp1 HG02809.hp1 HG03209.hp2 NA18522.hp1 NA18906.hp2 NA19043.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0004 a0001c0002t0004	a0001c0002t0004g0008 a0001c0002t0004g0068 a0001c0002t0004g0072 others(1): Show a0001c0002t0004g0008 a0001c0002t0004g0068 a0001c0002t0004g0072 a0001c0002t0004g0078	12	440	0.0273	1	c.57 others(5): Show c.574dupT	ABRA	ENSG00000174429.4	transcript	ENST00000311955.4	protein_coding	2/2	574	chr8	TogoVar
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