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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABR_chr17_998519_1184981	1118511	T T	TC TC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00609.hp2 HG01123.hp1 others(29): Show HG00280.hp1 HG00609.hp2 HG01123.hp1 HG01517.hp1 HG01943.hp2 HG02074.hp2 HG02165.hp2 HG02809.hp1 HG02886.hp2 HG03041.hp2 HG03209.hp2 HG03453.hp1 HG03516.hp1 HG03831.hp1 HG04204.hp1 NA18906.hp1 NA18943.hp1 NA18945.hp2 NA18950.hp1 NA18955.hp2 NA18970.hp2 NA18979.hp2 NA19000.hp2 NA19065.hp1 NA19065.hp2 NA19070.hp1 NA19070.hp2 NA19074.hp1 NA19080.hp2 NA19085.hp2 NA19090.hp2 NA19091.hp1	a0001 a0003 a0004 a0001 a0003 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(4): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0007 a0001c0010 a0003c0015 a0004c0011	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(22): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0001t0019 a0001c0001t0064 a0001c0001t0073 a0001c0001t0081 a0001c0001t0082 a0001c0001t0086 a0001c0002t0007 a0001c0002t0042 a0001c0002t0060 a0001c0003t0016 a0001c0003t0021 a0001c0007t0003 a0001c0010t0001 a0003c0015t0062 a0004c0011t0009	a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0165 a0001c0001t0001g0187 others(29): Show a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0165 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0002g0126 a0001c0001t0002g0127 a0001c0001t0002g0128 a0001c0001t0003g0129 a0001c0001t0004g0258 a0001c0001t0004g0263 a0001c0001t0005g0283 a0001c0001t0006g0094 a0001c0001t0007g0317 a0001c0001t0010g0260 a0001c0001t0011g0125 a0001c0001t0015g0265 a0001c0001t0019g0211 a0001c0001t0064g0239 a0001c0001t0073g0245 a0001c0001t0081g0253 a0001c0001t0082g0302 a0001c0001t0086g0294 a0001c0002t0007g0295 a0001c0002t0042g0016 a0001c0002t0060g0234 a0001c0003t0016g0218 a0001c0003t0021g0276 a0001c0007t0003g0140 a0001c0010t0001g0139 a0003c0015t0062g0212 a0004c0011t0009g0029	32	337	0.0950	1	c.246 others(9): Show c.246+6671dupG	ABR	ENSG00000159842.16	transcript	ENST00000302538.10	protein_coding	2/22	chr17	TogoVar
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