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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACACA_chr17_37079992_37411836	37080639	G G	GT GT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00733.hp1 HG01167.hp1 HG01358.hp2 others(19): Show HG00733.hp1 HG01167.hp1 HG01358.hp2 HG01884.hp2 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02109.hp2 HG02165.hp1 HG02293.hp2 HG02572.hp1 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02886.hp2 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03540.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03831.hp1 NA19009.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0002t0008 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0002t0008 a0001c0003t0001 a0001c0003t0002 a0001c0003t0006 a0001c0003t0014 a0001c0004t0005 a0001c0004t0031 a0001c0004t0033	a0001c0001t0001g0187 a0001c0002t0001g0133 a0001c0002t0001g0149 others(19): Show a0001c0001t0001g0187 a0001c0002t0001g0133 a0001c0002t0001g0149 a0001c0002t0001g0191 a0001c0002t0001g0269 a0001c0002t0008g0039 a0001c0002t0008g0042 a0001c0002t0008g0043 a0001c0003t0001g0109 a0001c0003t0001g0114 a0001c0003t0001g0143 a0001c0003t0001g0241 a0001c0003t0001g0258 a0001c0003t0002g0038 a0001c0003t0006g0144 a0001c0003t0014g0111 a0001c0004t0005g0040 a0001c0004t0005g0044 a0001c0004t0005g0125 a0001c0004t0005g0276 a0001c0004t0031g0129 a0001c0004t0033g0298	22	299	0.0736	1	c.66 others(12): Show c.6676_*6677insA	ACACA	ENSG00000278540.5	transcript	ENST00000616317.5	protein_coding		4352	chr17	TogoVar
ACACA_chr17_37079992_37411836	37080788	C C	CT CT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00621.hp2 HG00735.hp2 HG01169.hp1 others(33): Show HG00621.hp2 HG00735.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01981.hp1 HG02055.hp2 HG02451.hp1 HG02572.hp1 HG02622.hp1 HG02698.hp1 HG02896.hp1 HG02976.hp1 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03486.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03831.hp1 HG04184.hp2 NA18943.hp2 NA18970.hp1 NA18979.hp1 NA18980.hp2 NA18991.hp1 NA18999.hp1 NA19056.hp2 NA19068.hp1 NA19078.hp1 NA19085.hp1 NA19240.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0011	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0011 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0011 a0001c0001t0018 a0001c0001t0035 a0001c0002t0001 a0001c0002t0008 a0001c0003t0001 a0001c0003t0003 a0001c0011t0020	a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0225 others(33): Show a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0293 a0001c0001t0001g0294 a0001c0001t0003g0041 a0001c0001t0003g0051 a0001c0001t0003g0052 a0001c0001t0003g0081 a0001c0001t0003g0098 a0001c0001t0003g0112 a0001c0001t0003g0121 a0001c0001t0003g0122 a0001c0001t0003g0123 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0003g0146 a0001c0001t0003g0181 a0001c0001t0003g0182 a0001c0001t0003g0183 a0001c0001t0011g0094 a0001c0001t0011g0105 a0001c0001t0018g0002 a0001c0001t0035g0299 a0001c0002t0001g0050 a0001c0002t0001g0133 a0001c0002t0001g0269 a0001c0002t0008g0039 a0001c0002t0008g0042 a0001c0002t0008g0043 a0001c0003t0001g0082 a0001c0003t0001g0114 a0001c0003t0001g0130 a0001c0003t0003g0092 a0001c0003t0003g0238 a0001c0003t0003g0279 a0001c0011t0020g0033	36	299	0.1204	1	c.65 others(12): Show c.6527_*6528insA	ACACA	ENSG00000278540.5	transcript	ENST00000616317.5	protein_coding		4203	chr17	TogoVar
ACACA_chr17_37079992_37411836	37084033	C C	CT CT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 others(36): Show HG00140.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00558.hp2 HG00621.hp2 HG00673.hp2 HG00738.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01346.hp1 HG01496.hp1 HG01993.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02071.hp1 HG02080.hp1 HG02155.hp1 HG02165.hp2 HG02523.hp2 HG02683.hp2 HG02965.hp2 HG04204.hp2 NA18939.hp1 NA18946.hp1 NA18954.hp2 NA18977.hp1 NA18979.hp2 NA18980.hp1 NA18999.hp2 NA19000.hp2 NA19057.hp2 NA19064.hp2 NA19065.hp1 NA19066.hp1 NA19068.hp2 NA19074.hp1 NA19078.hp2 NA19090.hp2	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0002 a0001c0003 a0001c0010 others(1): Show a0001c0002 a0001c0003 a0001c0010 a0005c0016	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0025 others(4): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0025 a0001c0003t0001 a0001c0003t0006 a0001c0010t0001 a0005c0016t0001	a0001c0002t0001g0079 a0001c0002t0001g0084 a0001c0002t0001g0086 others(36): Show a0001c0002t0001g0079 a0001c0002t0001g0084 a0001c0002t0001g0086 a0001c0002t0001g0106 a0001c0002t0001g0113 a0001c0002t0001g0128 a0001c0002t0001g0154 a0001c0002t0001g0164 a0001c0002t0001g0191 a0001c0002t0001g0229 a0001c0002t0001g0239 a0001c0002t0001g0249 a0001c0002t0001g0250 a0001c0002t0001g0255 a0001c0002t0001g0256 a0001c0002t0001g0262 a0001c0002t0001g0266 a0001c0002t0001g0267 a0001c0002t0001g0270 a0001c0002t0001g0272 a0001c0002t0001g0273 a0001c0002t0001g0274 a0001c0002t0001g0280 a0001c0002t0001g0281 a0001c0002t0001g0283 a0001c0002t0001g0285 a0001c0002t0001g0286 a0001c0002t0001g0287 a0001c0002t0001g0288 a0001c0002t0002g0005 a0001c0002t0025g0251 a0001c0003t0001g0066 a0001c0003t0001g0082 a0001c0003t0001g0107 a0001c0003t0001g0108 a0001c0003t0001g0242 a0001c0003t0006g0231 a0001c0010t0001g0260 a0005c0016t0001g0246	39	299	0.1304	1	c.32 others(12): Show c.3282_*3283insA	ACACA	ENSG00000278540.5	transcript	ENST00000616317.5	protein_coding		958	chr17	TogoVar
ACACA_chr17_37079992_37411836	37092273	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00323.hp1 HG00438.hp2 others(124): Show HG00099.hp2 HG00323.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01070.hp1 HG01099.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01255.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01952.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02071.hp2 HG02145.hp1 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02683.hp1 HG02698.hp1 HG02723.hp1 HG02735.hp1 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp2 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