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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACER1_chr19_6301142_6338612	6331966	A A	AT AT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG01358.hp2 HG01433.hp2 others(41): Show HG00741.hp2 HG01358.hp2 HG01433.hp2 HG01891.hp2 HG01978.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp2 NA18942.hp1 NA18982.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19060.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0006 others(1): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0006 a0005c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0004t0001 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0004t0001 a0001c0006t0001 a0005c0009t0001	a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 others(41): Show a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0329 a0001c0001t0004g0150 a0001c0004t0001g0378 a0001c0004t0001g0379 a0001c0004t0001g0380 a0001c0004t0001g0381 a0001c0004t0001g0382 a0001c0004t0001g0383 a0001c0004t0001g0384 a0001c0004t0001g0385 a0001c0004t0001g0386 a0001c0004t0001g0387 a0001c0004t0001g0388 a0001c0006t0001g0330 a0005c0009t0001g0198	44	396	0.1111	1	c.93+ others(8): Show c.93+1492dupA	ACER1	ENSG00000167769.5	transcript	ENST00000301452.5	protein_coding	1/5			chr19	TogoVar
ACER1_chr19_6301142_6338612	6332266	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01346.hp1 others(38): Show HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp2 HG01952.hp1 HG02004.hp1 HG02056.hp2 HG02080.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02257.hp1 HG02451.hp1 HG02615.hp1 HG02622.hp2 HG02647.hp2 HG02738.hp1 HG02976.hp1 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03688.hp1 HG03688.hp2 HG03831.hp1 HG03831.hp2 HG04199.hp2 NA18906.hp2 NA18963.hp1 NA18963.hp2 NA18964.hp1 NA19010.hp2 NA19030.hp1 NA19086.hp1 NA19088.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0002c0002 a0002c0005	a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0002c0002t0001 a0002c0005t0001	a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 others(38): Show a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0165 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0173 a0001c0003t0001g0353 a0001c0003t0001g0354 a0001c0003t0001g0364 a0001c0003t0001g0365 a0001c0004t0001g0379 a0001c0004t0001g0381 a0001c0004t0001g0382 a0001c0004t0001g0383 a0001c0004t0001g0384 a0001c0004t0001g0385 a0001c0004t0001g0386 a0001c0004t0001g0387 a0001c0004t0001g0388 a0001c0004t0001g0390 a0002c0002t0001g0007 a0002c0002t0001g0011 a0002c0002t0001g0167 a0002c0005t0001g0363	41	396	0.1035	1	c.93+ others(8): Show c.93+1192dupA	ACER1	ENSG00000167769.5	transcript	ENST00000301452.5	protein_coding	1/5			chr19	TogoVar
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ACER1_chr19_6301142_6338612	6335224	C C	CT CT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00621.hp2 HG01358.hp2 HG01433.hp2 others(12): Show HG00621.hp2 HG01358.hp2 HG01433.hp2 HG02040.hp1 HG02451.hp1 HG02615.hp1 HG02738.hp2 HG02886.hp2 HG02976.hp1 HG03209.hp2 HG06807.hp1 NA18981.hp2 NA18991.hp2 NA19030.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001 a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0004t0001	a0001c0001t0001g0227 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0264 others(12): Show a0001c0001t0001g0227 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0264 a0001c0001t0001g0309 a0001c0003t0001g0366 a0001c0004t0001g0378 a0001c0004t0001g0379 a0001c0004t0001g0380 a0001c0004t0001g0381 a0001c0004t0001g0382 a0001c0004t0001g0383 a0001c0004t0001g0384 a0001c0004t0001g0386 a0001c0004t0001g0387 a0001c0004t0001g0388	15	396	0.0379	1	c.-16 others(12): Show c.-1674_-1673insA	ACER1	ENSG00000167769.5	transcript	ENST00000301452.5	protein_coding		1613		chr19	TogoVar
ACER1_chr19_6301142_6338612	6336819	C C	CA CA	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00544.hp1 others(130): Show HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp2 HG00639.hp1 HG00741.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01123.hp2 HG01243.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01516.hp1 HG01884.hp1 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01952.hp2 HG01975.hp2 HG01993.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02145.hp2 HG02273.hp2 HG02293.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02615.hp2 HG02717.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03239.hp1 HG03453.hp1 HG03471.hp1 HG03486.hp2 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03669.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp1 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