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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACER3_chr11_76855918_77031797	76865810	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00597.hp2 HG02055.hp2 others(8): Show HG00423.hp1 HG00597.hp2 HG02055.hp2 HG02145.hp1 HG02602.hp1 HG04184.hp1 HG04184.hp2 NA18975.hp1 NA18991.hp1 NA19060.hp2 NA19087.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 others(1): Show a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 a0002c0004	a0001c0001t0018 a0001c0001t0038 a0001c0003t0130 others(7): Show a0001c0001t0018 a0001c0001t0038 a0001c0003t0130 a0001c0003t0138 a0002c0002t0001 a0002c0002t0019 a0002c0002t0039 a0002c0002t0040 a0002c0004t0006 a0002c0004t0015	a0001c0001t0018g0094 a0001c0001t0038g0093 a0001c0003t0130g0346 others(8): Show a0001c0001t0018g0094 a0001c0001t0038g0093 a0001c0003t0130g0346 a0001c0003t0138g0123 a0002c0002t0001g0296 a0002c0002t0001g0297 a0002c0002t0019g0226 a0002c0002t0039g0229 a0002c0002t0040g0239 a0002c0004t0006g0323 a0002c0004t0015g0324	11	346	0.0318	1	c.103 others(9): Show c.103+4748dupT	ACER3	ENSG00000078124.13	transcript	ENST00000532485.6	protein_coding	1/10	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr11	TogoVar
ACER3_chr11_76855918_77031797	76865991	G G	GT GT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00609.hp1 HG01106.hp1 HG01256.hp1 others(8): Show HG00609.hp1 HG01106.hp1 HG01256.hp1 HG01261.hp2 HG02129.hp2 HG02135.hp2 HG02148.hp1 NA18973.hp2 NA18975.hp1 NA18985.hp1 NA19055.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002	a0001c0001t0007 a0001c0001t0028 a0001c0001t0030 others(7): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0028 a0001c0001t0030 a0001c0001t0128 a0001c0003t0137 a0002c0002t0001 a0002c0002t0040 a0002c0002t0043 a0002c0002t0102 a0002c0002t0107	a0001c0001t0007g0185 a0001c0001t0028g0186 a0001c0001t0030g0015 others(8): Show a0001c0001t0007g0185 a0001c0001t0028g0186 a0001c0001t0030g0015 a0001c0001t0128g0072 a0001c0003t0137g0121 a0002c0002t0001g0243 a0002c0002t0001g0295 a0002c0002t0040g0239 a0002c0002t0043g0322 a0002c0002t0102g0238 a0002c0002t0107g0294	11	346	0.0318	1	c.103 others(9): Show c.103+4926dupT	ACER3	ENSG00000078124.13	transcript	ENST00000532485.6	protein_coding	1/10	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr11	TogoVar
ACER3_chr11_76855918_77031797	76867468	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00323.hp1 HG00423.hp1 others(51): Show HG00140.hp1 HG00323.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00597.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp2 HG00733.hp2 HG01071.hp2 HG01106.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01258.hp1 HG01993.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02300.hp2 HG02523.hp1 HG02602.hp1 HG02683.hp2 HG02717.hp1 HG02809.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG03017.hp2 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03239.hp1 HG03704.hp2 HG03831.hp2 HG04228.hp2 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18945.hp1 NA18946.hp1 NA18947.hp1 NA18948.hp1 NA18952.hp2 NA18960.hp1 NA18964.hp1 NA18964.hp2 NA18975.hp1 NA18980.hp2 NA18985.hp1 NA19055.hp2 NA19057.hp1 NA19068.hp1 NA19081.hp2 NA19084.hp1 NA19091.hp2 NA19240.hp2	a0002 a0003 a0002 a0003	a0002c0002 a0002c0004 a0003c0006 a0002c0002 a0002c0004 a0003c0006	a0002c0002t0001 a0002c0002t0009 a0002c0002t0019 others(25): Show a0002c0002t0001 a0002c0002t0009 a0002c0002t0019 a0002c0002t0024 a0002c0002t0039 a0002c0002t0040 a0002c0002t0041 a0002c0002t0042 a0002c0002t0043 a0002c0002t0044 a0002c0002t0046 a0002c0002t0094 a0002c0002t0099 a0002c0002t0101 a0002c0002t0103 a0002c0002t0106 a0002c0002t0107 a0002c0002t0108 a0002c0002t0109 a0002c0002t0110 a0002c0002t0112 a0002c0002t0113 a0002c0004t0002 a0002c0004t0006 a0002c0004t0015 a0002c0004t0089 a0002c0004t0090 a0003c0006t0009	a0002c0002t0001g0003 a0002c0002t0001g0211 a0002c0002t0001g0242 others(51): Show a0002c0002t0001g0003 a0002c0002t0001g0211 a0002c0002t0001g0242 a0002c0002t0001g0247 a0002c0002t0001g0249 a0002c0002t0001g0264 a0002c0002t0001g0265 a0002c0002t0001g0266 a0002c0002t0001g0268 a0002c0002t0001g0269 a0002c0002t0001g0271 a0002c0002t0001g0272 a0002c0002t0001g0275 a0002c0002t0001g0296 a0002c0002t0001g0297 a0002c0002t0001g0317 a0002c0002t0001g0318 a0002c0002t0009g0261 a0002c0002t0009g0325 a0002c0002t0019g0319 a0002c0002t0024g0262 a0002c0002t0039g0274 a0002c0002t0040g0239 a0002c0002t0041g0276 a0002c0002t0042g0302 a0002c0002t0043g0227 a0002c0002t0043g0322 a0002c0002t0044g0246 a0002c0002t0044g0260 a0002c0002t0046g0330 a0002c0002t0046g0331 a0002c0002t0094g0232 a0002c0002t0099g0273 a0002c0002t0101g0316 a0002c0002t0103g0263 a0002c0002t0106g0267 a0002c0002t0107g0294 a0002c0002t0108g0270 a0002c0002t0109g0300 a0002c0002t0110g0301 a0002c0002t0112g0320 a0002c0002t0113g0299 a0002c0004t0002g0212 a0002c0004t0006g0309 a0002c0004t0006g0310 a0002c0004t0006g0312 a0002c0004t0006g0313 a0002c0004t0015g0251 a0002c0004t0015g0307 a0002c0004t0015g0311 a0002c0004t0015g0324 a0002c0004t0089g0314 a0002c0004t0090g0308 a0003c0006t0009g0213	54	346	0.1561	1	c.103 others(9): Show c.103+6418dupA	ACER3	ENSG00000078124.13	transcript	ENST00000532485.6	protein_coding	1/10	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr11	TogoVar
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